POSCAR是vasp模拟结构的坐标文件,包含体系的原子坐标。
POSCAR的生成方式较多,比较简便的是利用Materials Studio(MS)创新3D模型,然后从3D模型中获得POSCAR文件。
方法一:直接从MS中保存出.cell文件,再直接在.cell文件基础上改名字,修改其中的内容,获得POSCAR文件,此方法需要自己手动修改,比较麻烦。
方法二:通过MS保存出.cif或.xsd文件,再通过vaspkit自动生成POSCAR文件。推荐使用.xsd文件,它是MS自己的3D模型文件格式,通过它生成的POSCAR文件保留了原子是否被固定的信息,这是其他方法不具有的。
使用vaspkit从test.xsd生成POSCAR文件的方法如下:
在终端进入test.xsd所在文件夹,
输入 vaspkit
选择 1
再选择 106
最后输入文件名 test.xsd
POSCAR文件将自动生成,POSCAR文件内容如下
Converted by xsd2pos.py
1.0
7.99476140 0.00000000 0.00000000
0.00000000 15.98952280 0.00000000
0.00000000 0.00000000 24.89301250
As Ga H
28 22 8
Selective
Direct
-0.00000000 0.12500000 0.05677447 F F F
0.50000000 0.37500000 0.05677447 F F F
0.00000000 0.12500000 0.28387233 T T T
0.50000000 0.37500000 0.28387233 T T T
0.75000000 -0.00000000 0.17032340 F F F
0.25000000 0.25000000 0.17032340 F F F
0.30162217 0.25000000 0.39742126 T T T
0.25000000 -0.00000000 0.17032340 F F F
0.75000000 0.25000000 0.17032340 F F F
0.69837783 0.25000000 0.39742126 T T T
这是一个7层原子的GaAs beta2(2x4)表面,最下面一层用H原子固定
第一行为名字,可以随便改,一般可改成自己体系的名称,便于后面查看
第二行为缩放系数,会对所有的格矢和原子坐标进行缩放,默认为1
第三、四、五行为晶格矢量a1, a2, a3,即组成格子的三条边的矢量坐标信息,缩放系数就在这里起作用,这三个矢量就是用来确定元胞的基矢。
第六、七行为元素名字和对应原子数量,此处表示有28个As原子,22个Ga原子,8个H原子
第八行 设置在离子弛豫过程中原子的位置是否要保持不动(这个一个可选参数,默认下也可以不设置),此处selective表示选择性设置某些原子被固定
第九行为坐标表达方式,此处为Direct表示为分数坐标。