vaspkit生成vasp的POSCAR输入文件

POSCAR是vasp模拟结构的坐标文件,包含体系的原子坐标。

POSCAR的生成方式较多,比较简便的是利用Materials Studio(MS)创新3D模型,然后从3D模型中获得POSCAR文件。

方法一:直接从MS中保存出.cell文件,再直接在.cell文件基础上改名字,修改其中的内容,获得POSCAR文件,此方法需要自己手动修改,比较麻烦。

方法二:通过MS保存出.cif或.xsd文件,再通过vaspkit自动生成POSCAR文件。推荐使用.xsd文件,它是MS自己的3D模型文件格式,通过它生成的POSCAR文件保留了原子是否被固定的信息,这是其他方法不具有的。

 使用vaspkit从test.xsd生成POSCAR文件的方法如下:

在终端进入test.xsd所在文件夹,

输入 vaspkit

选择 1

再选择 106

最后输入文件名 test.xsd

POSCAR文件将自动生成,POSCAR文件内容如下

Converted by xsd2pos.py

1.0

     7.99476140     0.00000000     0.00000000

     0.00000000    15.98952280     0.00000000

     0.00000000     0.00000000    24.89301250

  As  Ga  H

  28  22  8

Selective

Direct

    -0.00000000     0.12500000     0.05677447   F F F

     0.50000000     0.37500000     0.05677447   F F F

     0.00000000     0.12500000     0.28387233   T T T

     0.50000000     0.37500000     0.28387233   T T T

     0.75000000    -0.00000000     0.17032340   F F F

     0.25000000     0.25000000     0.17032340   F F F

     0.30162217     0.25000000     0.39742126   T T T

     0.25000000    -0.00000000     0.17032340   F F F

     0.75000000     0.25000000     0.17032340   F F F

     0.69837783     0.25000000     0.39742126   T T T

这是一个7层原子的GaAs beta2(2x4)表面,最下面一层用H原子固定

第一行为名字,可以随便改,一般可改成自己体系的名称,便于后面查看

第二行为缩放系数,会对所有的格矢和原子坐标进行缩放,默认为1

第三、四、五行为晶格矢量a1, a2, a3,即组成格子的三条边的矢量坐标信息,缩放系数就在这里起作用,这三个矢量就是用来确定元胞的基矢。

第六、七行为元素名字和对应原子数量,此处表示有28个As原子,22个Ga原子,8个H原子

第八行 设置在离子弛豫过程中原子的位置是否要保持不动(这个一个可选参数,默认下也可以不设置),此处selective表示选择性设置某些原子被固定

第九行为坐标表达方式,此处为Direct表示为分数坐标。

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