ssh远程提交vasp后台任务

ssh远程连接linux后提交任务后,断开连接后,任务会自动中断。这是因为当用户注销(logout)或者网络断开时,终端会收到 HUP(hangup)信号从而关闭其所有子进程。

可在提交任务的命令前加入nohup,让提交的命令忽略 hangup 信号。并在命令后面加上“&”,将命令同时放入后台运行。

提交vasp任务示例:

nohup mpirun -np 50 vasp &

输出结果将会保存在nohup.out文件中。

实时查看nohup.out 最后10行,了解任务运行情况。

tail -f nohup.out

查看所有作业列表的命令:jobs

查看所有进程的命令:ps -A

查看CPU使用情况的命令:top

停止正在运行的vasp后台任务:

获得PID,然后通过PID停止

ps -ef | grep mpirun
kill -9 PID

或者直接通过name停止

killall mpirun
killall vasp

VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一款用于计算材料结构和性质的第一性原理计算软件。批量提交任务脚本可以用于简化VASP计算的流程,提高计算的效率。下面是一个用于批量提交任务的脚本示例: ```shell #!/bin/bash # 设置计算所需的参数 work_dir="/path/to/your/work/directory" vasp_exec="/path/to/your/vasp/executable" input_files="INCAR POSCAR KPOINTS" job_name="VASP_Job" # 创建任务目录 mkdir -p $work_dir/$job_name cd $work_dir/$job_name # 复制输入文件到任务目录 for file in $input_files do cp /path/to/your/input/files/$file . done # 循环提交任务 for i in {1..10} # 根据需要修改任务数量 do # 创建任务子目录 mkdir -p $i cd $i # 复制输入文件到任务子目录 for file in $input_files do cp ../$file . done # 修改输入文件中的一些参数,如必要 # sed -i 's/param1/param2/g' INCAR # 提交任务 $vasp_exec > vasp.out # 返回上一级目录 cd .. done ``` 以上脚本中,首先设置了计算所需的参数,包括工作目录、VASP可执行文件路径、输入文件列表和任务名称。然后,在工作目录下创建了一个名为`VASP_Job`的目录。接下来,将输入文件复制到任务目录中,并循环提交指定数量的任务。每个任务都在任务目录下创建一个子目录,并将输入文件复制到子目录中。如果需要修改输入文件中的参数,可以使用`sed`命令实现。最后,通过执行VASP可执行文件运行任务,并将输出重定向到`vasp.out`文件中。 需要注意的是,该脚本只是一个示例,具体使用时需要根据实际情况进行修改。
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