如何更新上传到genebank的信息

最新推荐文章于 2024-07-20 20:04:43 发布
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分类专栏： 菜鸡生信踩坑 文章标签： 数据库
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如何更新上传到genebank的信息

更新genebank记录

在这里插入图片描述

要更新单个 GenBank 记录，只需将所有更新信息直接包含在电子邮件文本中即可。例如，要更新现有记录 AB123456 的学名标识，只需发送电子邮件至 gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov ，文本如下：

您能否将GenBank记录AB123456（[添加链接很有帮助]）的“有机体”字段更新为“属物种”？

核苷酸序列也可以通过这种方式更新——无需附加 FASTA 文件即可更新单个 GenBank 记录。

对单个记录的出版信息添加或更新也可以通过这种方式完成。

https://sibarcodenetwork.readthedocs.io/en/latest/gb_update.html

liuwang_henu_ymu
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专栏目录
NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-XXXX0327.pptx
09-21
GenBank 是国际核苷酸序列数据库集团的成员，与日本 DNA 数据库（DDBJ）和欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（EMBL）一起，共同维护和更新基因序列数据库。 2.2 PubMed PubMed 是一个生物医学文献数据库，收录了...
已提交NCBI的叶绿体基因组序列应该如何更新
GXX8888的博客
06-28 935
第二次重新发送了fasta格式序列，回复邮件说新提交序列与原序列相同，无法修改（确实是同一条序列，但是重新注释后基因数量和类型不一样了，而在fasta格式下没有注释信息，可能二者没有差距？）这种情况应该怎么把原序列更新为新注释后的序列呢？请问一下，已经上传过的序列应该如何修改呢？（已经提交并且有序列号，但是重新注释修改过，应该如何把已存在的序列更改为新注释的序列呢？尝试过发送邮件，第一次发送了gb格式的新序列，但是回复邮件说需要提交fasta格式。
如何修改已经公布的SRA数据的元信息
xuzhougeng blog
03-21 1673
如何向NCBI的SRA上传数据介绍的是如何把本地的数据上传到SRA数据库上，这一篇介绍的是当你某天发现自己上传的数据的元信息中居然存在错误，比如说你把上传数据的单位写错了，那该如何修改呢？ 写一份邮件给sra@ncbi.nlm.nih.gov，委托他们帮忙修改，一般2个工作日内都能搞定。 一定要注意，邮件的标题里面一定要有你上传数据的编号，例如SUB#，SRP#, SRS#, SR...
为基因序列片段在NCBI的GenBank数据库申请登录号
HUANWEIFENXI的博客
09-05 7166
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！ 本文详细地介绍了如何为一个基因序列片段在NCBI的基因数据库GenBank上申请登录号。 微生物领域的研究者或许都有接触过菌的纯化培养，当培养出一个非常符合预期的菌，你一定会迫不及待地想知道这菌是一个什么属或什么种，或许还想为
生物信息数据库文库.pptx
10-14
2. 关系数据库（relational database）：基于实体联系模型（E-R模型），如GeneBank、Swiss-Prot等。关系数据库中的记录通过键（key）唯一确定，不同表之间的联系通过外键建立，使得信息查询更为灵活。 三、数据库...
稻瘟病菌基因信息查询下载APP
05-02
本APP属于个人开发，对接爬取NCBI信息，可查询单个基因信息，也可批量下载基因的大小，CDS，mRNA及序列，简单...（如果研究者对于genebank网页中的信息还有需要，可以留言，我可能会进一步更新，便于大家的研究工作。）
OAuth2.0 or Spring Session or 单点登录流程
最新发布
qq_53374893的博客
07-20 239
一句话精辟解释： 在过滤器放行的时候，偷偷的把原生的 request 和 response 对象换成了它的实现，也就是 调用getSession 的时候拿到的 其实是对redis 操作的Session。但其他的操作还是使用原生的，只不过重写的方法，调用的是子类的，也就是往 redis 里放入 Session，把原生的操作给替换了！分布式Session原理，使用子域名，的时候放入父域名的 JsessionId 然后将这个ID 的所存的内容放入Redis ，这样实现不同域名共享同一sessionID.
MySQL（事务、索引）&&MyBatis
hycccccch的博客
07-19 563
事务指的是一组操作的集合，是一个不可分割的工作单位。事务会将所有的操作作为一个整体一起向系统提交或撤销操作请求，即这些操作要么同时成功，要么同时失败默认MySQL的事务是自动提交，即当执行一条DML语句时，MySQL会立即隐式的提交事务开启事务后运行事务不会对数据改变，commit后才会改变数据如果有命令发生错误，需要进行rollback进行回滚、
Spring框架之DI依赖注入
G81948577的博客
07-18 970
我们在下面构建spring的过程中体会依赖注入；从上面的图中我们知道，在ssm框架中服务层（server）无法直接操作数据库，持久层（dao）是直接操作数据库进行数据处理的，但是我们如果在服务层有一个持久层的对象，然后我们在服务层通过对象去调用持久层的方法就可以操作数据库了。@OverrideSystem.out.println("持久层，你好");UserServiceImpl类中的代码如下@Override。
深入 Dify 源码，洞察 Dify RAG 核心机制
易迟的专栏
07-17 1129
之前深入源码对 Dify 的完整流程进行了解读，基本上梳理了 Dify 的实现流程与主要组件。但是在实际部署之后，发现 Dify 现有的 RAG 检索效果没有那么理想。因此个人结合前端页面，配置信息与实现流程，深入查看了私有化部署的 Dify 的技术细节。将核心内容整理在这边，方便大家根据实际的业务场景调整 Dify 知识库的配置，或者根据需要进行二次开发调优。
Apache AGE的WITH子句
oscube的博客
07-17 305
使用 WITH，您可以在将输出传递给以下查询部分之前对其进行操作。这些操作可以是结果集中条目的形状和/或数量。WITH 也可以像 RETURN 一样，使用别名对引入结果的表达式进行别名，使用别名作为绑定名称。WITH 还用于将图的读取与图的更新分开。查询的每个部分必须是只读的或只写的。从写入子句转到读取子句时，可以使用可选的 WITH 进行此操作。
怎样在 PostgreSQL 中实现数据的异地备份？
技术笔记
07-19 898
总而言之，在 PostgreSQL 中实现数据的异地备份不是一件难事，但也需要我们认真对待，精心规划。选择合适的备份方法和异地存储方式，制定合理的备份策略，定期进行测试和恢复演练，才能确保我们的数据在任何情况下都能“安然无恙”。🎉相关推荐🍅关注博主🎗️带你畅游技术世界，不错过每一次成长机会！📚领书：PostgreSQL 入门到精通.pdf📙PostgreSQL 中文手册📘PostgreSQL 技术专栏🍅CSDN社区-墨松科技。
Java并发编程与高并发解决方案笔记
tuku0801的专栏
07-17 1012
将结合大量图示及代码演示，带你掌握多线程并发编程（线程安全，线程调度，线程封闭，同步容器等）与高并发处理思路与手段（扩容，缓存，队列，拆分等），构建完整的并发与高并发知识体系
linux系统 mysql-8.0.32安装
w20228396的博客
07-16 382
检查系统是否安装了mariadb数据库， mariadb数据库是mysql的分支，是免费开源的。初始化数据库，安装加密算法（初始化时候，密码将在log-error=/data/mysql-8.0.32/error.log中产生）若linux中安装了mariadb数据库，先卸载掉， mariadb数据库可能与安装mysql发生冲突。再去bin目录下，执行 mysqld_safe --skip-grant-tables &然后mysql -uroot -p登陆，直接回车，不需要密码可登陆进去。
云计算数据中心（三）
Morse_Chen的博客
07-18 1204
本文讲解云计算数据中心，介绍云数据中心的自动化管理和容灾备份。
redis基本类型和订阅
m0_62975692的博客
07-16 1010
Redis支持发布订阅模式，可以将多个客户端连接到同一个频道，然后将消息发布到频道中，所有订阅该频道的客户端都能收到消息。其中，< host>是Redis服务器的主机名或IP地址，< port>是Redis服务器的端口号，< password>是Redis服务器的密码（如果有的话）。列表是一种有序的字符串集合，可以在列表的两端进行插入和删除操作。lrange # 获取列表指定范围的元素。lpush # 在列表左端插入元素 ，这里的。
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07-17 277
在Oracle数据库中设计经营范围通常涉及创建相关的数据库表来记录和管理经营范围内的数据。这个设计可以扩展为包括更多的字段，比如地址、联系方式、状态等，以满足具体业务需求。表用来记录每个经营单位的信息，包括单位ID、单位名称和父单位ID。字段关联，以确保所有父单位ID都存在于该表中。
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Hai990218的博客
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索引是一个排序的列表，在列表当中存储索引的值以及索引值对应数据所在的物理行。索引值和数据是一个映射关系。
怎么理解redis持久化？
琳琳的博客
07-18 316
在实际使用中，你可以根据应用场景的需求来选择使用 RDB 还是 AOF，或者同时使用它们来提高数据的可靠性和恢复速度。+ 在 RDB 文件生成过程中，Redis 仍然处于处理请求的状态，因此可能存在数据丢失的风险（丢失最后一次快照后的数据）。+ 数据更可靠，因为 AOF 文件保存了所有写操作的日志，只要日志文件不丢失，就可以通过重新执行这些日志来恢复数据。+ 恢复数据时，需要重新执行 AOF 文件中的所有命令，因此恢复速度可能会比 RDB 慢。+ AOF 文件是一个追加写入的文件，因此写入性能非常高。
python 生物信息
08-15
Python在生物信息学中有广泛的应用。通过使用生物信息学包Biopython，可以方便地处理基因序列和进行序列分析。Biopython提供了许多功能强大的工具，包括从不同格式（如fasta和GeneBank）中读取和写入序列数据，以及进行序列比对、转录、翻译等操作。此外，Python还可以用于生物信息学中的数据挖掘和机器学习任务，如基因表达数据的分析和预测等。因此，学习Python对于从事生物信息学的研究和开发是非常有帮助的。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列](https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/88542836)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [生物信息Python-从入门到精通？](https://blog.csdn.net/weixin_34248849/article/details/86452584)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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