如何更新上传到genebank的信息

最新推荐文章于 2024-07-13 18:10:19 发布
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分类专栏： 菜鸡生信踩坑 文章标签： 数据库
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如何更新上传到genebank的信息

更新genebank记录

在这里插入图片描述

要更新单个 GenBank 记录，只需将所有更新信息直接包含在电子邮件文本中即可。例如，要更新现有记录 AB123456 的学名标识，只需发送电子邮件至 gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov ，文本如下：

您能否将GenBank记录AB123456（[添加链接很有帮助]）的“有机体”字段更新为“属物种”？

核苷酸序列也可以通过这种方式更新——无需附加 FASTA 文件即可更新单个 GenBank 记录。

对单个记录的出版信息添加或更新也可以通过这种方式完成。

https://sibarcodenetwork.readthedocs.io/en/latest/gb_update.html

liuwang_henu_ymu
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专栏目录
国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA
sisichen
04-25 1万+
在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国国立生物技术信息中心（NCBI）、欧洲生物信息学研究所（EBI）、日本核酸数据库(DDBJ)，现在中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心 (CNCB-NGDC)—中国的 "NCBI" 已经建立并日渐完善。组学原始数据归档库（GSA）是组学原始数据汇交、存储、管理与共享系统，是国内首个被国际期刊认可的组学数据发布平
生物数据库
yhhhygge的博客
04-20 2232
生物数据库之核酸数据库 参考：山东大学生物信息学MOOC（学习笔记） 一、为什么需要生物数据库？ -上图这密密麻麻是啥？ -答对了，就是DNA 事实上，**这是HIV I病毒的整个基因组，包含9752个碱基，编码9个基因。**差不多一页A4纸，正反面打印，就能讲这九千多个碱基记录下来。 当然病毒的基因组很小，与之相比，我们人类的基因组要大得多啦！ 人的基因组有3G bp, 也就是3,0...
已提交NCBI的叶绿体基因组序列应该如何更新
GXX8888的博客
06-28 924
第二次重新发送了fasta格式序列，回复邮件说新提交序列与原序列相同，无法修改（确实是同一条序列，但是重新注释后基因数量和类型不一样了，而在fasta格式下没有注释信息，可能二者没有差距？）这种情况应该怎么把原序列更新为新注释后的序列呢？请问一下，已经上传过的序列应该如何修改呢？（已经提交并且有序列号，但是重新注释修改过，应该如何把已存在的序列更改为新注释的序列呢？尝试过发送邮件，第一次发送了gb格式的新序列，但是回复邮件说需要提交fasta格式。
如何修改已经公布的SRA数据的元信息
xuzhougeng blog
03-21 1663
如何向NCBI的SRA上传数据介绍的是如何把本地的数据上传到SRA数据库上，这一篇介绍的是当你某天发现自己上传的数据的元信息中居然存在错误，比如说你把上传数据的单位写错了，那该如何修改呢？ 写一份邮件给sra@ncbi.nlm.nih.gov，委托他们帮忙修改，一般2个工作日内都能搞定。 一定要注意，邮件的标题里面一定要有你上传数据的编号，例如SUB#，SRP#, SRS#, SR...
为基因序列片段在NCBI的GenBank数据库申请登录号
HUANWEIFENXI的博客
09-05 7029
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！ 本文详细地介绍了如何为一个基因序列片段在NCBI的基因数据库GenBank上申请登录号。 微生物领域的研究者或许都有接触过菌的纯化培养，当培养出一个非常符合预期的菌，你一定会迫不及待地想知道这菌是一个什么属或什么种，或许还想为
管理序列+序列的伪列+修改序列+删除序列
zhou920786312的博客
06-02 761
管理序列 测试的数据create sequence zhou.stu_squ increment by 1 start with 1 maxvalue 100 minvalue 1 nocycle create table stu( id number, num number, dname varchar2 ( 20 ) ) ;序列的伪列 1）sequence_name.nextv
biopython 根据关键词在NCBI上查找文献
Cassiel60的博客
06-26 989
Biopython是python的一个库，帮助生物学家解决感兴趣的事情。功能很多，比如：处理序列，解析序列文件格式（FASTA,GENEBANK），连接生物学数据库（NCBI，ExPASY，SCOP）。 如：我们想在NCBI的PubMed数据库中查找与epilepsy相关的文章，然后输出title,author,source这些信息，这些对于在报告中显示参考文献时，很有必要。不用biopytho...
使用GENBANK数据进行分子系统发育树的构建
zhanyongjia_cnu的专栏
01-25 8938
一、引言     GENBANK是目前最大而权威的分子序列数据库，调用其中数据可以进行分子系统发育树的构建。 1、序列数据获取（以皿蛛系统发育树为例）      在GenBank中，每一个物种或阶元都有一个taxid，他是taxa的ID。而且taxa之间存在父子关系。我们的研究对象是蜘蛛目（Aranaea），其taxaid为6893，其父级阶元是蛛形纲（Arachnida），taxaid
NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-XXXX0327.pptx
09-21
GenBank 是国际核苷酸序列数据库集团的成员，与日本 DNA 数据库（DDBJ）和欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（EMBL）一起，共同维护和更新基因序列数据库。 2.2 PubMed PubMed 是一个生物医学文献数据库，收录了...
生物信息数据库文库.pptx
10-14
2. 关系数据库（relational database）：基于实体联系模型（E-R模型），如GeneBank、Swiss-Prot等。关系数据库中的记录通过键（key）唯一确定，不同表之间的联系通过外键建立，使得信息查询更为灵活。 三、数据库...
稻瘟病菌基因信息查询下载APP
05-02
本APP属于个人开发，对接爬取NCBI信息，可查询单个基因信息，也可批量下载基因的大小，CDS，mRNA及序列，简单...（如果研究者对于genebank网页中的信息还有需要，可以留言，我可能会进一步更新，便于大家的研究工作。）
JavaFx+MySql学生管理系统
2301_81253185的博客
07-11 1105
上个月学习了javafx和mysql数据库,于是写了一个学生管理系统,因为上个月在复习并且有一些事情,比较忙,所以没有更新博客了,这个项目页面虽然看着有点简陋了,但是大致内容还是比较简单的,于是现在跟大家分享一下我的学生管理系统,希望对这方面有兴趣的同学提供一些帮助。
set user & password for database 设置数据库 用户和密码
DavidsonGong的博客
07-12 151
USE sbms;
7.10飞书一面面经
东篱君的博客
07-10 1207
B+树的⾮叶⼦节点不存放实际的记录数据，仅存放索引，所以数据量相同的情况下，相⽐存储即存索引⼜存记录的 B 树，B+树的⾮叶⼦节点可以存放更多的索引，因此 B+ 树可以⽐ B 树更「矮胖」，查询底层节点的磁盘 I/O次数会更少。主从复制：单节点Redis的并发能力是有上限的，要进一步提高Redis的并发能力，可以搭建主从集群，实现读写分离。B+ 树有⼤量的冗余节点（所有⾮叶⼦节点都是冗余索引），这些冗余索引让 B+ 树在插⼊、删除的效率都更⾼，⽐如删除根节点的时候，不会像 B 树那样会发⽣复杂的树的变化；
mysql笔记1
m0_62975692的博客
07-11 380
首先查看systemctl status mysqld，如果是关闭的可以进入的配置文件打开mysql，我的mysql配置文件就是在/usr/local/mysql/support-filess/下，在此目录下执行./mysql.server start,打开mysql服务，也可以通过systmectl start mysqld，如果你嫌麻烦的话可以systemctl enable mysqld 一直打开mysql的服务;重新给字段添加约束的时候不可以添加not null约束的！
Redis集群和高可用
最新发布
xiaogengtongxu的博客
07-13 412
主从架构无法实现master和slave角色的自动切换，即当master出现redis服务异常、主机断电、磁盘损坏等问题导致master无法使用，而redis主从复制无法实现自动的故障转移(将slave 自动提升为新master)，需要手动修改环境配置,才能切换到slave redis服务器，另外当单台Redis服务器性能无法满足业务写入需求的时候,也无法横向扩展Redis服务的并行写入性能。master和slave角色的无缝切换，让业务无感知从而不影响业务使用。
docker-compose安装PolarDB-PG数据库
wnfff的博客
07-12 293
docker-compose安装PolarDB-PG数据库
Redis数据结构-String篇
时间如瑾 代码如诗
07-12 898
对⼀个内部表示成long型的string执行append, setbit, getrange这些命令，针对的仍然是string的值（即⼗进制表示的字符串），而不是针对内部表⽰的long型进⾏操作。因此，在这些命令的实现中，会把long型先转成字符串再进行相应的操作。String 的内部存储结构⼀般是 sds（Simple Dynamic String，可以动态扩展内存），但是如果⼀个String 类型的 value 的值是数字，那么 Redis 内部会把它转成 long 类型来存储，从⽽减少内存的使用。
python 生物信息
08-15
Python在生物信息学中有广泛的应用。通过使用生物信息学包Biopython，可以方便地处理基因序列和进行序列分析。Biopython提供了许多功能强大的工具，包括从不同格式（如fasta和GeneBank）中读取和写入序列数据，以及进行序列比对、转录、翻译等操作。此外，Python还可以用于生物信息学中的数据挖掘和机器学习任务，如基因表达数据的分析和预测等。因此，学习Python对于从事生物信息学的研究和开发是非常有帮助的。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列](https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/88542836)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [生物信息Python-从入门到精通？](https://blog.csdn.net/weixin_34248849/article/details/86452584)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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