使用prodigal预测基因

prodigal可用于对基因组核苷酸文件(.fna) 进行预测基因，可以生成基因的核苷酸格式文件、氨基酸格式文件和结构注释文件。

prodigal -a out.faa -d out.fna -p meta -o out.gff -f gff -i GCA_000008085.1_ASM808v1_genomic.fna

-a #预测的基因蛋白质文件
-d #预测的基因的核苷酸文件
-p #数据类型，single or meta
-o #基因结构注释文件, 输出基因位置等信息
-f #默认是gbk格式，选择gff格式会使out.gff文件的格式更可读

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批量：

for file in *.fna
do
file_name1=`echo $file | awk -F ".fna" '{print $1 ".faa"}'`
file_name2=`echo $file | awk -F ".fna" '{print $1 ".gff"}'`
prodigal -a faa/$file_name1 -o gff/$file_name2 -d fna/$file -g 11 -p meta -i $file  # 输出结果分别保存到fna、faa和gff文件夹
done

直接对输出文件重命名了！

注意：程序不会自动创建文件夹，需提前创建文件夹fna、faa和gff

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