Prodigal基因预测

Prodigal基因预测

在做完宏基因组组装这一步后，接下来要进行基因预测。orf预测的软件有很多，比如MetaGene用的很多，但是这个软件输出结果单一，只有一个文件。后续的orf序列提取和翻译需要自己写脚本完成。因此我选择了Prodigal这个软件，Prodigal预测结果文件十分丰富，包括orf的核酸序列文件、氨基酸序列文件、gff文件等，需要注意的是用于宏基因组orf预测的时候得加-p meta参数。

Prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测。更多信息见：https://github.com/hyattpd/Prodigal/wiki/introduction

软件安装

wget https://codeload.github.com/hyattpd/Prodigal/tar.gz/v2.60
tar -zxvf Prodigal-2.6.1.tar.gz
make install

安装完后输入prodigal -v，出现如下帮助文档则安装成功。