基因组
楚鸿
这个作者很懒,什么都没留下…
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基因组生物信息实验(一):分析平台
**基因组生物信息实验(一):分析平台**1、硬件平台Intel® Core™i7-5500U CPU @ 2.40GHz2、操作系统Windows 8.1中文版、Ubuntu 16.043、分析软件ART(2016.06.05版)、QUAST(web版)、Samtools(1.2版)、bowtie2(2.3.5版)、Fastqc(0.11.8版)、SOAPdenovo(2.04版...原创 2019-06-10 15:29:29 · 667 阅读 · 0 评论 -
基因组生物信息实验(二):整体流程概述
本次基因组实验对象为 Saccharomyces cerevisiae(YJM1386);实验主线为两条,第一为基因组测序模拟,用模拟后的结果进行序列组装;第二为基因组注释,并将注释结果可视化。step1:基因组模拟测序和组装及其分析使用 art_illumina 程序,对下载基因组序列进行测序平台为 Hiseq2000 的全基因组测序模拟。实验结果发现随着测序深度(f)的增大,覆盖率...原创 2019-07-09 14:10:41 · 889 阅读 · 0 评论 -
基因组生物信息学实验(三):基因组模拟测序(1)
基因组模拟测序(1):主线的内容step1:方法通过 NCBI 的子库 Genome 获得 YJM1386 菌株的基因组测序数据。使用 art 系列软件中的 art_illumina 程序,对下载基因组序列进行测序平台为 Hiseq2000 的全基因组测序模拟 5 次,参数设置见下表。统计模拟结果,计算理论覆盖度(m)、丢失率和覆盖率。-l-f-m-s第一次...原创 2019-07-09 20:01:04 · 1821 阅读 · 1 评论