基因组生物信息学实验（三）：基因组模拟测序（1）

基因组模拟测序（1）：主线的内容

step1：方法
通过 NCBI 的子库 Genome 获得 YJM1386 菌株的基因组测序数据。
使用 art 系列软件中的 art_illumina 程序,对下载基因组序列进行
测序平台为 Hiseq2000 的全基因组测序模拟 5 次,
参数设置见下表。统计模拟结果,计算理论覆盖度(m)、丢失率和覆盖率。

	-l	-f	-m	-s
第一次	100	2	150	10
第二次	100	4	150	10
第三次	100	6	150	10
第四次	100	8	150	10
第五次	100	10	150	10

step2：涉及的脚本

#其它参数保持一致,修改 f 值做 5 次测序模拟,f=2,4,6,8,10
art_illumina -ss HS20 -sam -i ./GCA_000977445.2_Sc_YJM1386_v1_genomic.fna -p -l 100
-f 2 -m 150 -s 10 -o ./result/Sc_paired_dat_a
art_illumina -ss HS20 -sam -i ./GCA_000977445.2_Sc_YJM