【3D Slicer】的小白入门使用指南二

已于 2025-01-09 15:30:32 修改
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分类专栏： 医疗影像 文章标签： 人工智能 3D Slicer Segmentator 医学影像 可视化
于 2024-11-12 14:09:39 首次发布
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版权

3D Slicer中DICOM数据加载和三维可视化

任务

数据集下载和解压缩

 

加载和查看DICOM数据

1）将第一个数据集文件夹，整个往3Dslicer左侧拖动即可

得到

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3Dslicer软件操作指导
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3D Slicer 是一个免费的开源软件平台，用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。Slicer 的功能包括：（1）读/写DICOM图像和多种其他格式；（2）三维图像、多边形网格和体积渲染的交互式可视化；（3）手动编辑和标记图像；（4）使用刚性和非刚性算法融合和共同配准数据；（5）图像自动分割；（6）跟踪图像引导程序的设备。3D Slicer可以高效的帮助用户可视化各种类型的医学图像。安装打开后可以看到主页面如下。更多信息可以参考。
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本篇文章包含开始使用3D Slicer所需的信息，包括如何安装和快速开始使用基本功能，以及在哪里找到更多信息。
【3D Slicer】的小白入门使用指南一
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3D Slicer 是一个免费的开源软件平台，用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。Slicer 的功能包括：读/写。
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本教程演示了在Slicer的新分割编辑器模块中进行分割，以3D打印为目的。国家医学影像计算联盟作用举例：创建的脊柱模型的临床应用学习资料分割编辑器模块。
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定量成像教程定量成像是从医学影像中提取定量测量的过程。本教程基于两个定量成像的例子构建：- 形态学：缓慢生长肿瘤中的小体积变化- 功能：鳞状细胞癌中的代谢活动第1部分：使用变化跟踪模块测量脑膜瘤的小体积变化第2部分：使用PET标准摄取值计算模块测量鳞状细胞癌的代谢活动课程数据位于目录：/QuantitativeImaging- dataset1_MR_Head（头部MR数据集）- dataset2_ChangeTracker（变化跟踪数据集）
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3D Slicer 是一个免费的开源软件平台，用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。读/写DICOM图像和多种其他格式；三维图像、多边形网格和体积渲染的交互式可视化；手动编辑和标记图像；使用刚性和非刚性算法融合和共同配准数据；图像自动分割；跟踪图像引导程序的设备。所有的功能模块可在工具栏里找到，提供搜索，下拉选择，左右切换等功能。3D slicer的大概情况就介绍到这里。它的功能非常强大，也没有必要说掌握每个功能的使用。
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前言 本文章使用3D Slicer对输入数据进行三维重建，结合别人的经验以及自己的摸索，写成这一篇文章，只是简单的记录一下自己做过的事情，并没有多少深入的去研究，对一些东西可能理解的不够好，希望读这篇文章的人能够谅解，不喜勿喷。 参考资料 CT图片三维重建方法之3DSlicer篇 临床影像实践 B站视频–血肿及中线测量 补充说明 获取切片的间距，这里我用的是python的代码来实现的，所用的图片是使用LITS数据集由NII文件转为png图片来实现的，NII转PNG图片在我的博客另外一篇文章里面有，这里获取切
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要激活视图，请在视图内部 单击：如果您不想更改视图中的任何内容，只需激活它，然后 right-click 无需移 动鼠标即可。要激活视图，请在视图内部单击： 如果您不想更改视图中的任何内容，只需激活它，然后 right-click 无需移动鼠标 即可。1.导出到数据库：将场景中的数据保存到应用程序的 DICOM 数据库中 2.导出到文件系统：将 DICOM 文件从数据库复制到文件系统中的选定文件夹。2.加载：通过双击 DICOM 浏览器中的项目，将数据对象放入场景中。
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### 关于3D Slicer可视化功能的使用教程 #### 了解3D Slicer及其主要用途 3D Slicer是一款免费且开源的软件包，专门用于医学成像的可视化和图像分析[^2]。此应用程序支持多种操作系统，包括Windows、Linux以及macOS，在这些平台上能够无缝运行。 #### 初步探索界面与基本操作 对于初次接触3D Slicer的新手而言，《【3D Slicer】的小白入门使用指南》提供了详尽指导，特别是针对MRI数据及三维模型在切片器内的展示进行了互动性的简要说明[^1]。这有助于使用者快速熟悉环境并掌握基础技能。 #### 图像分割的具体实践 当涉及到具体的图像分割任务时，可以利用《3D Slicer中文教程（四）—图像分割》，其中介绍了如何运用切片查看器菜单调整标签贴图属性，比如设置其不透明度或是切换不同的显示模式——既可以只展现轮廓也可以完整呈现整个体积信息[^3]。 #### 进一步编辑分段对象 完成初步创建后，还可以进一步精细化管理各部分组件。例如，通过`Rename`命令更改名称；进入`Segment Editor`模块后，则能实现更多高级定制选项，如改变颜色、应用特定效果等。值得注意的是，“Effects”下拉列表包含了众多实用工具，可用于精确描绘所需区域，并可通过“Show Details”按钮获取更详细的帮助文档。最后，借助“Show 3D”，即可直观地观察到所选片段的空间形态[^4]。 ```python # 示例代码：假设这是Python脚本的一部分，用来加载DICOM文件夹作为输入源 import slicer input_folder_path = "/path/to/dicom/folder" loaded_volume_node = slicer.util.loadVolume(input_folder_path) # 显示3D视窗中的当前活动卷积节点 slicer.modules.volumerendering.logic().CreateDefaultVolumeRenderingNodes(loaded_volume_node) viewNode = loaded_volume_node.GetDisplayNode() viewNode.SetVisibility(True) ```
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