3DSlicer教程（1）简介

1.什么是3DSlicer

3DSlicer用于医学图像分析（包括配准和交互式分割）和可视化（包括3D渲染）以及用于图像引导治疗研究的软件平台。

支持的操作系统：Linux，Mac OSX和Windows

2.相关网址

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3.3DSlicer能够应用那些数据格式

3DSlicer能够应用的最基本格式是DICOM，DICOM格式包含患者姓名、医院、检查日期、扫描方式、层厚等参数，通常CT和MRI扫描都会生成DICOM格式。我们要取得这些数据最简洁的方式是通过PACS系统，或者到影像科刻录光盘。其次3DSlicer也可以处理nii、nii.gz、nrrd、img等格式。

3DSlicer也可以处理一系列的jpg、tiff或者png格式数据，但需要知道图像的比例尺和层厚数据，处理的效果远远不如DICOM。

4.轴位图（横断面）很清晰，但是冠状位图和矢状位图模糊原因

应用于3DSlicer三维重建的数据仅需要轴位、矢状位或冠状位其中之一即可。如导入到3DSlicer中的图像为轴位图像时候，3DSlicer会根据轴位图像重建矢状位和冠状位图像，此时如果轴位图像扫描层厚偏大时，轴位图像为原始图像，一般会很清晰，而重建后的矢状位和冠状位图像则模糊。要想达到满意的重建效果，建议影响扫描层厚1mm以下，血管重建建议0.625mm。

如下图所示为扫描层厚5mm的头颅CT数据重建效果，原始数据为24幅轴位图像。

下图为扫描层厚0.625mm的头部CTA数据重建效果，原始数据为579幅轴位图像（包括头颈部）。

5.数据保存

• 1.保存MRML文件（场景文件）：MRML Scene（.mrml）
• 2.保存MRB文件（医疗现实束）：Medical Reality Bundle（.mrb）
• 3.保存Volume（体数据）：格式可为nrrd、nii、nii.gz、img等

5.1数据格式之间的关系

• 1.mrml与nrrd格式之间的关系
  mrml为场景数据类型，为3DSlicer特有的一种文件类型，保存时需要与其他数据一同保存，下次直接导入mrml数据即可进入到上次退出时的视图界面，因mrml数据包含有应用程序的状态和可视化参数。
  nrrd为体数据文件，其他数据是在体数据的基础上生成的，单纯保留的nrrd格式文件可以应用，而单纯保存的mrml文件是不能应用的。
• 2.nii与nii.gz格式之间的关系
  nii是NIfTI格式文件的扩展名，是未压缩格式，nii.gz为压缩之后的数据，两种数据都是体数据。
• 3.如何保存为img文件格式
  Analyze格式储存的每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据。

3D Slicer除了对DICOM数据支持外，还对Analyze和NIfTI数据提供支持。

Analyze格式储存的每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据。

Analyze格式是fMRI早期最常用的格式，现在逐渐被NIfTI格式所取代。Analyze格式的缺点是头文件不能真正反映元数据。

NIfTI格式最重要的特征是能反应MRI的像素指数与空间位置。标准NIfTI图像的扩展名是.nii，包含了头文件及图像资料。

单独的.nii格式文件的优势就是可以用标准的压缩软件（如gzip），而且一些分析软件包（如FSL）可以直接读取和写入压缩的.nii文件（扩展名为.nii.gz）。

6.学习数据素材

百度云链接：https://pan.baidu.com/s/1kiyBGhtN6ZMQNFUu6vyCUA 提取码:mlcx

3DSlicer示例数据离线数据包:
链接：https://pan.baidu.com/s/1ziAcnOvWesmWIdCeaqqGog 2
提取码：1234

参考目录

3DSlicer扫描18问
https://forum.slicercn.com/t/topic/271