DeepSmith和Gated Graph Neural Network环境搭建

最新推荐文章于 2024-08-18 10:29:32 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/lln_lln/article/details/82896165
版权
本文档详细介绍了如何在Ubuntu 18.04上配置DeepSmith和Gated Graph Neural Network的环境，包括安装Docker、Ubuntu依赖、Bazel、Julia、CxxWrap以及解决在安装和构建过程中遇到的各种问题，如Docker中的julia安装、Python库rdkit的安装及其依赖库的缺失问题等。
摘要由CSDN通过智能技术生成

查看系统版本：
在这里插入图片描述
1.docker(docker ce)安装（是否运行在容器中取决于自己）
下载：https://www.docker.com/products/docker-engine
安装：https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/ubuntu/
2.Installing Ubuntu(18.04) requirements（若使用docker，去掉sudo）

$ sudo apt-get update
$ sudo apt install -y --no-install-recommends \
   ca-certificates curl g++ git libmysqlclient-dev ocl-icd-opencl-dev \
   pkg-config python python-dev python3.6 python3.6-dev python3-distutils \
   unzip zip zlib1g-dev openjdk-11-jdk  m4 libexempi-dev rsync texlive-full \
   python3-numpy build-essential libsdl2-dev libjpeg-dev nasm tar libbz2-dev \
   libgtk2.0-dev cmake libfluidsynth-dev libgme-dev libopenal-dev timidity \
   libwildmidi-dev libboost-all-dev julia libsdl2-dev

出现问题：
在这里插入图片描述
解决：去掉julia重新执行，由于ubuntu下无julia软件包，所以安装如下：
下载：https://julialang.org/downloads/
安装：注意1.0和0.6版本的区别及使用
1.0版本文档：https://docs.julialang.org/en/v1/

解压：tar -zxvf julia-1.0.0-linux-x86_64.tar.gz -C /home/lln/software
创建软链接：sudo ln -s /home/lln/software/julia-1.0.0/bin/julia  /bin/julia

在这里插入图片描述
3.install Bazel:
Bazel:https://docs.bazel.build/versions/master/install-ubuntu.html#installing-baz

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