R语言基础 - 饼图piechart

R语言基础绘图 —— 饼图piechart

数据准备

这里展示变异注释类型所占百分比：

filename <- "data/Count_by_effects.csv"
df <- read.csv(filename)
# 去除百分比符号，并转换为数值
df$Percent <- as.numeric(gsub("%", "", df$Percent))
# 四舍五入到4位小数
df$Percent <- round(df$Percent, 2)
df <- df[order(-df$Percent), ][1:10, ]
head(df)

baseR绘制饼图

调用 pie() 函数即可：

library(Cairo)
library(paletteer)

colors <- paletteer_d("ggthemes::Classic_Green_Orange_12")

CairoPDF("test.pdf", width=7, height=2.5)
par(mar=c(0, 0, 0, 8), oma=c(0, 0, 0, 15))
# 增加科学计数法的惩罚值
options(scipen = 999)
pie(x = df$Count, 
    labels = "", 
    cex = 1, 
    radius = 1, 
    clockwise = TRUE, 
    col = colors,
    border = NA,
    main = NA)

# 添加图例
legend(x = 1.2,
       y = 1,
       legend = paste0(df$Type, " (", df$Percent, "%)"),
       bty = "n",
       fill = colors,
       border = NA,
       #title = "SNP effect",
       xpd = NA,
       cex = 1)

dev.off()

• x: 这个参数接受一个数值向量，表示每个饼图片段的大小。

• labels: 用于指定每个饼图片段旁边显示的标签。这里因为我们的类别太多，如果都展示的话会显得很拥挤，所以这里给一个空的字符串。

• cex: 字符扩展大小（Character EXpansion size）。这个参数用于控制标签的字体大小，其中**1是默认大小，小于1的值会缩小字体，大于1**的值会放大字体。

• radius: 饼图的半径，可以用来控制饼图的大小。在这里，**radius = 1**表示使用默认的半径大小。

• clockwise: 一个逻辑值（TRUE或FALSE），用于指定饼图的绘制方向。**TRUE表示饼图的片段将按顺时针方向绘制，而FALSE**（默认值）表示按逆时针方向绘制。

• col: 为饼图的每个片段指定颜色。**colors是一个颜色向量，它的长度应该和x**参数的长度相匹配。每个饼图片段将按照这个向量中颜色的顺序进行着色。

• main: 指定饼图的主标题。

注意：我们这里绘制的图例标签非常长，为了将其完全展示出来，需要设置这几个参数：

• 图片长宽

• 使用**par(mar=c())或par(oma=c())调整边界。mar用于设置图形四周的边界大小，而oma**用于设置外边界大小。

• **inset=c(-0.3, 0)和xpd=NA**参数确保图例即使很长也不会被裁剪，且能够完全展示在绘图区域之外。

ggplot2绘制饼图

ggplot2 可以通过设置坐标轴的方式将条形图转换为饼图。

用 ggplot2 绘制饼图的优势在于我们可以更精细的控制图形的细节，例如特定主题，图例标题的位置等，但由于 ggplot2 并没有原生的饼图函数，所以我们无法很方便的像 baseR 绘图那样为饼图的每个区域添加指定的文本标签。

library(ggplot2)
library(dplyr)

df$Type <- factor(df$Type, levels = df$Type)

p <- ggplot(df, aes(x = "", y = Count, fill = Type)) +
  geom_bar(stat = "identity", width = 1) +
  coord_polar("y", start = 0) +
  scale_fill_manual(
    values = colors,
    labels = paste0(df$Type, " (", df$Percent, "%)")
  ) +
  labs(fill = "SNP effect type") +
  theme_void() +
  theme(
    legend.text = element_text(size = 12),
    legend.key.size = unit(0.5, "cm"),
    legend.title = element_text(size = 14, face = "bold"))

CairoPDF("test2.pdf", width=7, height=3)
print(p)
dev.off()

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