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RSS订阅原创 marker基因注释热图可视化函数（视频教程-通用函数）
这里我们可能会发现一个问题，明明是每个celltype10个gene，为什么行注释好像不是很对，这是应为有些基因不仅在一 中celltype中高表达，而数据是按照表达从高到低排序的，所以才会出现这个问题，可以自行调整注释的数目，或者不采用注释等。接下来我们看看函数具体的使用，首先我们用一个ATAC TF分析的数据，这个矩阵是已经导出的，行是celltype，列是TF。需要注意一下，函数有一个参数data_scale，假设你的数据不需要scale标准化，那么参数选择T，作图使用你的原始数 据。
2023-10-11 14:18:55
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原创 (视频教程）Complexheatmap做热图之设置不一样的注释效果
热图我们号的热图系列已经写的很完善了，也写过其他的热图，随便在公众号检索关键词”热图“就有很多，这里就不再列举了。近期关注我们号的小伙伴应该了解，我们最近出的作图函数基本上都是采用点的注释，而很多文章中的热图也是这种形式，可能是有PS，但是我们还是可以使用函数代码实现，所以这里我们写一下。这里我们的示例数据是单细胞，其他数据也是一样的，我们只不过是利用单细胞数据构建一个作图的矩阵而已，作图使用的是Heatmap函数。调整下列的顺序：。作图：。
2023-10-11 14:10:04
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原创 （视频教程）单细胞转录组多组差异基因分析及可视化函数
接下来我们测试一下：这里差异基因的分析使用的是Seurat的Findmarkers函数，所以一些参数和Findmarkers是一样的，自行调节。最好可以将logfc.threshold和min.pct设置为0，这样就可以获得所有的基因，这个结果我们函数是直接保存在相关路径中的，那么这么做有什么用呢？很显然，由于不知道差异结果如何，所以上面的图参数没有调整，不是很好，我们需要进行细节调整。显然是很麻烦的，我们可考虑到这个问题。此外，我们直接将差异基因的分析和可视化包装成一个通用的函数，函数有一定的可调节性。
2023-08-28 14:12:06
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原创 （视频教程）单细胞marker基因展示值等高线密度图
原文作者有很多的函数上传到github，自行下载原文查看，还是有很多好代码的，但是它的代码并不能满足我们复杂的作图。而且数据完全不一样。不过它图的修饰和颜色可以参考。但是小伙伴发现这个图只有表达的细胞上面添加了等高线密度。所以这里我们修改一下，其实很简单，只需要调整密度的表达量阈值即可。然后是多个marker的展示：增加ncol参数。最后看一下UMAP降维的数据：。接下来我们看看具体的效果。
2023-08-28 14:09:13
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原创 专治疗懒病：GO、KEGG富集分析一体函数
演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统，将KEGG、GO（BP、CC、MF）的分析封装为一个函数，您只需要提供gene，选择物种即可，只有human和mouse。而且一次性完成KEGG和GO分析结果，免去了分析两次的麻烦。这里我们直接用向量提供了基因。如果您的文件是差异基因，很好弄，只需要$符号传入gene symbol那一列即可。有需要的可以试一下，总之是为了省时省力，那些在线的分析工具的底层原理也就是这样。
2023-08-10 20:20:23
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原创 复现Cell图表：pyscenic分析之转录因子二项值热图
今天我们复现一篇cell子刊的图表，这篇文章有一副关于转录因子的图表，观察这个图有什么特点呢？第一是热图是二项值热图，只有0，1两个值，我们知道，在R语言版本的SCENIC分析中，最后可以得到二项值热图，那么pyscenic的分析结果中也是可以进行二项值分析并做热图的。第二是热图左侧注释有auc值的注释，热图是按照分组split的，而且两组的celltype分布是对称的。第三则是左侧行名的展示。我们的复现结果如下，因为数据是随意挑选的，所以结果看上去没有原图那么明显，但是所有的元素我们都完成了。
2023-08-10 20:18:43
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原创 pyscenic分析：视频教程
我们也说过，我们号是放弃R语言版的SCENIC的分析了，因为它比较耗费计算资源和时间，所以我们的单细胞转录因子分析教程都是基于pyscenic的分析进行的。有些说想知道整个运行过程是怎么样的，所以我们出了这个视频教程，演示整个pyscenic的流程。我们的这个视频从数据准备、软件安装、步骤分析、镜像分析等等方面，展示了pyscenic分析的过程，最终得到分析结果。得到分析结果之后，那么后续的内容也就好办了，我们也写了很多的R语言版的分析和可视化，以及python版本的分析可视化。
2023-08-10 20:17:44
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原创 玩转单细胞(10)：替换单细胞Seurat对象UMAP坐标
今天这个帖子的起因是这样的。有小伙伴说自己在GEO数据库上看中了一个单细胞数据，作者提供了样本的表达矩阵，还提供了注释好celltype和坐标信息的metadata。小伙伴利用这个数据并不是想重新分析，而是想要原文作者一模一样的聚类降维，然后进行一些比较，所以说是想还原这个数据。如果不是原文作者提供了包含cell type和细胞坐标信息的metadata，那么还真不能，但是有数据就好办了。看这个图和原文还有差距比较大的，我们将原文作者的celltype信息合UMAP坐标信息替换一下。
2023-07-19 13:57:15
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原创 ggraph做环形网络互作图---一个简单的例子
这里我们以基因互作演示一个简单的网络图示意。第一：基因按照分组展示。第二：上下调基因也区分展示出来。其实，就是一个非常简单的网络图，很基础，主要是为了熟悉下网络的设置等等。首先准备网络数据，我这里是 STRING网络分析的结果。最后构建ggraph作图数据。ggraph作图重要的是构建好作图数据。ggraph是ggplot2的拓展包，所以作图设置和ggplot类似。不同组的基因按照不同的颜色区别，上下调基因按照节点边框颜色区分。本贴示例数据及详细注释代码已上传群文件，请自行下载。
2023-07-19 13:55:31
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原创 注释气泡图函数（更新）
主要更新的内容是一些之前遗留的疏忽错误，例如气泡过大的问题等等。此外小伙伴反应之后，我们也发现，之前的函数在做单细胞气泡图的时候函数没有提供修改因子顺序，因为order=T设置之后导致气泡是按照从大到小排列的。这个函数还是受到很多小伙伴的喜爱的。可以看到，顶部分组排序是按照首字母排序的，数据不是从到大到小从左到右排列。那么order参数选择F，用level设置自己需要的顺序，groups也是可以设置的。为了演示，我们换一个数据，其他的内容不变，只演示单细胞的内容。我们先按照默认的做一下，order=T。
2023-07-19 13:53:48
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原创 复现Nature图表：GSEA分析及可视化包装函数
后来干脆一不做二不休，写一个函数吧，有差异分析结果即可，可视化也是一键出结果。我们此部分一共有两个函数，一个是KS_GSEA，作用是进行转录组数据GSEA分析，提供clusterProfiler和fgsea两种R包分析方式，KS_GSEA适用于human和mouse两个物种，支持KEGG、GO（BP）的GSEA分析。NES
2023-07-19 12:22:39
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原创 复现SCI图表：Cellchat多组结果受配体结果气泡图可视化
其实到这里就差不多了，x轴的label、已经legend都可以通过AI的形式修饰，这样还最简单，当然了，提取数据后用ggplot2按照我们之前很多帖子的方式，也是可以完成的，但是我觉得没必要了。小伙伴的问题所在于横坐标是每个celltype下包含每个分组，其实但凡思考一下，或者自己摸索过就会一眼看出，这就是cellchat多组结果的可视化，这也就是我第一眼就说这是cellchat默认做的图。可是我们也知道，cellchat流程很繁琐，如果我一个一个的去做太费劲，这里3各样本还好，假设是5个六个不得烦死。
2023-07-06 18:25:29
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原创 GO、KEGG（批量分组）分析及可视化
第二个问题是有小伙伴发来图让复现，是富集结果的展示，乍一看很复杂，既是网络图，又是多组的，其实很简单，clusterProfiler多组富集分析和enrichplot早就解决了这个问题。我们演示的时候都是直接提供了富集的结果文件，一般演示为了图方便，也是利用在线工具cytoscape做的。是网络的形式，GO、KEGG结果都可以展示，还是可以。首先我们做一下单独的GO、KEGG分析，这里我们使用的是引用很高的，基本上人人都在用的余老师的R包-clusterProfiler，相信大家都很熟悉了。
2023-06-29 11:02:15
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原创 复现Immunity文章图表：分组雷达图展示富集结果
首先我们分析了一组数据的差异基因，利用上下调差异基因做了GO富集，展示相关的结果。后来有小伙伴反应说有比这个更好的雷达图，是一篇Immunity上的文章，也是利用雷达图展示通路富集的结果，其实也是一样，只不过是分组了，我们还是用fmsb包进行复现。当然了也有其他的包做雷达图，例如ggradar或者ggplot2也能实现，感兴趣的可以自行探索，我们就不再深究了，这个展示应用还是可以的。我们整理一下，挑选需要的通路进行展示。复现基本上90%是完成了，但是有一点没有，就是点用渐变来实现，不知道这个包有没有办法。
2023-06-25 16:30:17
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原创 UMAP/TSNE降维图结合细胞比例饼图
总之，这个图还是很有用的，一个图展示了多个信息，但是凑图这个路被堵死了[图片上传中...(image-152128-1687142947490-4)]然后计算细胞比例，添加上每个细胞群中心位置，用于添加饼图。也可以添加上细胞群的数量，后面做一个相对化处理，用来表示饼图大小，这个图就会更加生动。在这样就完成了，感兴趣的小伙伴可以在自己文章里面展示起来了。本来是一个简简单单的小破图， 可是需求这个东西是无穷无尽的，以后可不敢乱提了。最后，将细胞比例也展示在饼图山，这样就完美了。
2023-06-19 10:51:47
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原创 复现Science图表：细胞通讯受配体配对连线表达图（cellchat、cellphonedb）
之前微信群发布了一个图希望我们复现，是一篇science子刊的文章。展示的是细胞通讯的受配体对的表达情况。原文的方法部分描述如下，可以看出，作者展示的是cellchat结果的受配体对。但是我想cellphonedb的结果也是可以这样展示的。学习这一节的内容，其实不仅仅是这个图的复现，还是对ggplot2作图各种情况的处理，以及学习拼图。学习的时候也可以注意这些细节。复现这个还是花费了一番功夫，复现结果如下，结果最后需要用AI稍微排版一下，效果就更完美了。详情请至我们的公众号---KS科研分享与服务。
2023-06-16 13:16:10
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原创 scPred：单细胞数据集有监督细胞聚类注释
假设这样一个场景，我们预先对某一个数据进行了完美的分群注释，尤其是细胞亚群，当我们要对另外一个数据集进行注释的时候，就可以将之前注释好的数据当作training数据，当前数据作为test数据，根据之前的注释对当前数据集进行分类。还有，做类器官发育的时候，需要要发育阶段的细胞进行分群注释，我们这个时候可以参考相同物种的正常发育顺序的单细胞数据集，对自己的数据进行注释。我们利用前面的数据对我们的数据集进行注释。鉴定到的细胞聚类还是可以的。接下来对一个新的数据进行正常的降维分析，然后利用之前的数据集对其注释。
2023-06-13 17:30:48
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原创 UCell:单细胞评分分析R包及可视化应用
最近看到一个评分R包，感觉还是挺好的这里分享一下。Ucell是基于Mann-Whitney U统计的单细胞评分R包，灵感来源于SUCell，使用起来稳定性较好，且与其他的方式相比较，Ucell计算所需的时间和耗费的内存更小。Ucell在高分SCI文章的应用还是挺多的，我们在自己的分析中也可以视情况选择使用。这里卖个关子，我们做了那么多的ggplot可视化，给大家思考一下，细胞数是如何添加上的（纯代码，简单的方式）。
2023-06-13 17:30:11
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原创 pySCENIC单细胞转录因子分析更新(2)：python版分析及可视化
最近公众号小伙伴好像扎堆做单细胞转录因子富集分析，这里还是建议使用服务器，因为自己电脑可能跑起来比较费劲。我们也在上一篇内容里面对分析进行了更新，我们提供的方法都在liunux终端的conda环境中运行。我们是在R语言里面提取的seurat单细胞的矩阵去python中分析，所以最后可视化的时候需要将R里面的文件转化为python可读可操作的对象。我们封装了两个函数，第一个是R里面数据提取seurat_to_adata.R，第二个是python中数据构建函数seurat_to_adata.py。
2023-06-13 17:29:25
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原创 pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新
**pySCENIC全部往期精彩系列首先说一句，我们之前也发过R语言版本的SCENIC，但是后来我们感觉容易出错，而且费时，所以就没有再探究过。可是总是有小伙伴喜欢跑R，然后说这里错了，那里找不见，其实我们的帖子写于2022年，但是数据库已经更新了，去官网下载新的数据库，不能无脑跑代码。回到pySCENIC,之前我们写过整个系列4篇帖子，分析可视化都是很完善了。可是近期跑的时候发现在第一步有点问题，要么跑不动，要么出错，怀疑是软件和数据库没有更新的缘故，故而更新一下测试。这个帖子主要有两部分内容。
2023-06-13 17:28:38
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原创 scMetabolism：一个简单的单细胞代谢分析R包
最近微信群有小伙伴说想让出一期scMetabolism单细胞代谢，之前我也接触过这个R包，其实非常简单，而且这个R包不是很完善，也有很大的局限性，例如只能做人的，其他物种的需要同源转化。之后做小鼠的，只需要source这个函数，依据代码就完成了。这个包其实很简单也没有什么好说的了，可能有些小伙伴的mouse数据做的时候还是会出错，需要自己去修改函数了哦。人的数据分析很简单，主要的问题是别的物种，需要同源转化，这里我们演示小鼠的，直接将同源转化和代谢分析包装在一个简单的函数里面，运行就可以得到分析结果了。
2023-06-13 16:15:34
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原创 Monocle2拟时基因富集分析
然而呢，由于上图是分裂的，所以这个函数效果不好，那么办法要么就是修改这个添加基因的函数，另一个方法就是修改plot_pseudotime_heatmap函数。这里的演示我们不再使用修饰，用monocle2本来的拟时热图绘制函数进行，然后通过聚类不同的module提取基因进行富集分析。接下来就是提取module基因进行富集分析了，我们直接包装为一个函数Monocle2_gene_enrichment.R，直接运行即可，当然有个限制我们只写了GO富集分析，感兴趣可以自己添加KEGG或者其他的分析。
2023-06-13 16:12:53
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原创 Monocle3个性化分析作图：拟时热图/拟时基因GO分析/拟时基因趋势分析
但是很多小伙伴钟情于Mnocle2的那种形式的热图，一致再问monocle3可以不可做那种图，这里我们也提供做法，是可以实现monocle2拟时热图的效果的，而且我们增添了内容，对拟时进行分块，并作一下GO富集分析，最后使用AI将两者结合，就是一幅完美的展示图。Mnocle3往期精彩内容，因为monocle2有问题，且官网也放弃了monocle2，目前用的比较主流的拟时方法就是monocle3了。Monocle2个性化分析内容我们做过基因随拟时变化的趋势分析及可视化（
2023-06-13 16:09:42
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原创 KEGG注释：KEGG富集可视化柱状图
用到的数据就是分析完成的KEGG富集通路，关键的两列一个是KEGG同类名称，一列是counts，当然这个counts也可以选择展示怕值。我们知道GO分为BP、MF、CC三个，但是在BP中能不能继续注释，我是没有看到官方的文件，但是需要自己注释和作图可以参考我们这个帖子。需要的文件一个是我们分析的富集通路文件，另外一个就是KEGG注释分类，这个文件在KEGG官网可以整理，当然了，网上也有别的形式的注释，这里不再演示，大概样子就是在柱状图y轴添加了分类的名称，有了注释文件就可以构造了。
2023-06-13 16:08:56
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原创 单细胞RNA速率分析(2):R语言版RNA速率分析分析及可视化
*R语言版本的RNA速率分析是有专门的R包，不过在文献中的出现率不如python高，但还是有文献在用。它在速率分 析和评估上的分析没有问题，结果可以结合其他的拟时工具进行解读。RNA速率分析使用的R包是velocyto.R，但是这个包只适用于linux下的R，windows环境下的R安装会失败，当然也有解决办法，自行百度。如果你用的服务器那就不会担心这个问题了，在服务器的R上正常安装即可。不过我们后面python版本的RNA速率分析也是有新的内容，不仅解决RNA速率问题，还有其他的。
2023-05-09 16:47:25
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原创 单细胞RNA速率分析(1):上游分析获得Spliced/unspliced矩阵
准备分析文件：1、参考基因组（10X官网下载，对应于你跑cellranger时候的版本，注意物种，这里的示例是人的），当然了，如果你自己 跑了cellranger流程，这个文件肯定下载了，也知道它的路径。对于10x的cellranger，在outs文件夹里面已经生成了这样的文件，也就是说，你只需要这个bam就可以分析了，不 需要上述的所有文件。做完这些，对于RNA速率分析来讲，就算是完成一半的工作了，前面的分析倒是不难，就是比较耗费时间和耗费内存！
2023-05-09 16:43:49
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原创 玩转单细胞(7)：修改Seurat对象基因名称
之前的玩转单细胞系列，还是受到很多人的喜欢的，这里的都是一些小问题，但是遇到的话一时半会觉得无从下手，因为都是写细枝末节的问题，学习了也是锦上添花。同样的，今天的问题也是一直以来没有想过的，只不过是在做项目的时候需要，查询了相关的解决办法，这里分享验证一下。问题：我们在构建seurat对象的时候，使用表达矩阵，基因名一般是gene symbol，如果是ID的话，网上的教程也是建议转为symbol再构建，因为构建好seurat后无法修改，确实是，因为seurat没有专门的函数进行修改。
2023-05-09 16:40:55
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原创 nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）
，很多小伙伴购买函数，在使用过程却出现问题，主要的原因是我们在帖子里写的不够清楚，小伙伴也没有理解代码的意思，鉴于一个一个解释太费时间，我们决定写函数的帖子一律录制视频解说(视频在B站，搜索：KS科研分享与服务)，方便大家使用。接下来看看bulk的效果，对于bulk表达数据，bulk基因表达量那一列列名要修改命名成exp，对于非单细胞的数据， 首先要进行设置的一个参数就是single_type=F，表明我们的对象不是单细胞对象。这就是这个函数的作用了，使用起来还是可以的，希望对您的学习有用。
2023-05-09 16:39:12
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原创 复现nature medicine图表：pheatmap结合ggplot
本文作者提供了部分数据和部分代码，他这个图是先用pheatmap做了一个聚类热图，然后利用热图的聚类使用ggplot做的气泡图，最后用AI或者PS修饰组合在一起。其实很多小伙伴觉得在ggplot做聚类不太顺手的话，可以借鉴这个思路，很不错。然后两个修饰组合一下就可以了。第二步，做一个气泡图，气泡图的行列排序和热图一样。
2023-05-09 16:38:05
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原创 重启之普通R转录组分析(3)：写一个通用的Deseq2多组差异分析函数
前面我们已经进行了Bulk转录组上游分析，拿到了count矩阵，那么下一步的重要工作就是进行差异分析。如果你的样本只有两组，那么用DEseg分析很简单，但是如果像我们这次的示例，有很多组，例如是4组，那么要进行差异分析两两比较的时候，跑起来或者数据整理就比较麻烦。尤其是有的时候，有些样本的重复数量并不一致。这里我们提供了一种通用的函数，用来简易、通用的进行差异分析。没什么说的，很简单，只不过我们的函数解决了两人问题，第一样本数量不一致的情况。1、首先是两组样本的比较。2、多组样本的差异分析。
2023-05-09 16:36:15
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原创 Cellchat和Cellphonedb细胞互作一些问题的解决(error和可视化）
没错，主要的原因是igraph包更新了，如果你igraph是1.4.0或者以下就不会有问题。或者cellchat也提供了办法，就是更新object，就不会有问题了。今日的内容主要解决两个问题，一个是cellchat的代码报错问题，因为已经有很多人提出这个问题了。第二个是Cellphonedb结果的可视化，这里提供一种免费的很实用的快捷可视化方法。但是总是有人嫌弃这个包的图臭，也一直问我问题，因为这个包的函数legend设置的不太好。好了，这就是所有内容了，希望对你学习有帮助。也希望你能多多思考。
2023-03-30 13:35:31
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原创 ggplot修饰monocle2拟时热图：一众问题全部解决
上周微信小伙伴问了一个图，想要用ggplot做拟时热图，其实我在看文献的时候，已经想要复现了，所以这里写一篇帖子，将一众问题一网打尽。**这是一篇超长贴，我们的内容还是一如既往的不仅实现了修饰，更多的是让你学到新的内容：（reference：Single-cell sequencing of ascites fluid illustrates heterogeneity and therapy-induced evolution during gastric cancer peritoneal metast
2023-03-30 13:34:28
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原创 ggplot作图问题：科学计数法和标题换行
真的是实践出真知啊，很多小细节问题，平时自己作图的时候也没有注意过，更没有思考过。最近小伙伴找作图，在小伙伴的仔细琢磨下，也是发现了平时没有注意的小问题，这里提示下，希望对你的学习有帮助。示例数据我们使用批量箱线图（有时候，会自动进行科学计数法的坐标轴，如果强制所有都不需要，只需要一句代码：options(scipen=200)。这所有内容了，解决了一些细节问题，在实际的使用中还是挺有用的。），数据代码在我们的QQ群文件，这里不再说明。
2023-03-30 13:31:52
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原创 Seurat单细胞基因显著性检验函数及批量添加显著性
我们的回答是你需要提取相关组的表达量，进行检验后再用ggplot函数添加即可；或者直接提取数据用ggplot作图那么显著添加也就不成问题了。时隔3月，我们这里提供 了一种函数，可以进行基因在两组之间的显著性分析。同时可进行批量的基因分析。这就是所有内容了，其实这样检验你用不用得到倒是其次，主要是这里面包含一些小的细节知识点，学会了就能和其他内容融汇贯通了，自己感悟吧！更多精彩内容请至KS科研分享与服务公众号。显著性检验函数，有点长，可自行保存成R文件，然后每次使用的时候source一下就可以了。
2023-03-21 12:24:51
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原创 ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数）
最近沉迷于写函数，所以写一个堆叠的函数，拼图无缝衔接，图还是很好看的，这里解决了ggplot拼图无缝衔接，网上有些函数很复杂，且没用。**本来这个帖子已经写完，然后刚好小伙伴问了一个问题，我就先抛出了，结果又有人提出加显著性的要求。事情的起因是我要复现一个文章的堆叠小提琴图，只不过堆叠小提琴用的是Split小提琴图，不仅展示细胞中基因的表达，也将分组展示了。此外，有了这个启发，我们是不是可以对一些基本的图进行无缝拼接呢，堆叠展示跟更体现效果，颜值也是拉满。
2023-03-21 12:22:12
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原创 iTALK：受配体差异分析
，而且还拓展了一下，利用这个包的函数进行cellchat或者cellphonedb的可视化。当时我们也提到了ITALk除了分析受配体作用之外，还有一个功能就是进行差异受配体的分析。之前我们就说过，我们号从来不用R包的示例数据，都是有应用场景的，例如这个，作者的示例数据所有人都能跑出来，但是具体到自己的数据中，又不会下手了。should contain names of all sectors.****），github有人给出的方式简直是复杂极致，我也回复了自己的方式，简单的一个处理。
2023-03-21 12:21:23
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原创 复现NC图表：ggplot做配对连线云雨
本着我看图是拿显微镜的优秀品质，我找到了这篇文章当初上传在预印本上的版本，发现这个图其实很拙劣，之所以小提琴图和箱线图都是一半，是因为作者在中间加入了一个很明显没有p掉的矩阵。在一篇《nature communication》文章上看到这个图表，乍一看，这不就是云雨图嘛，所以准备复现一下。这个图的特点是：1、云雨图但是连中间的箱线图都是一半（这个一般云雨图包办不到）。至于云雨图啥的，百度一下，有X种做法，感兴趣的可以学习。说干就干，上图：效果杠杠的。
2023-03-09 14:01:09
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原创 ggplot2个性可视化monocle2结果
这个图有几个问题需要实现，首先肯定不是monocle自带函数完成的，其次我们要解决的就是提取monocle数据，在ggplot中实现轨迹和散点的完成，以及添加饼图。这个图其实很有意义，这里可以明确的看出来不同state拟时区间不同样本的比例，对于解释生物学意义很有帮助。接着，我们将需要的数据全部提取出来，在ggplot中重构这个图：需要做的就是提取数据和ggplot作图，更多精彩请至我的公众号-KS科研分享与服务。故事起因是一篇文献的monocle分析结果（如下图），这篇文章之前我们公众号还投稿解读过（
2023-03-09 13:53:15
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原创 复现SCI文章：配对连线、散点箱线图
当然还有很多细节问题，能让你学到ggplot2作图技巧和处理方式，相关注释代码及数据已上传群文件！），但是有一个细节没有处理，那就是使用抖动点。这次的复现让你加深印象，帮助对同类图形作图的理解。今天我们要复现的是一篇SCI文章的配对连线箱线图，配对箱线图、或者说配对连线图我们之前有写过（效果很好，可以应用到配对数据的可视化和分析。第三步，抖动点和连线设置一致的位置，就完成了。
2023-02-24 17:04:28
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