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生信入门
文章平均质量分 66
李鍶鐸
这个作者很懒,什么都没留下…
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NCBI基因组下载工具(最终版?)
搁置了很久的项目,趁着最近有空终于把它给做完了,完结撒花🌸项目链接如下,在Linux系统下运行最佳(Mac可能在使用Rsync会有问题)该脚本便于从 NCBI Genank/Refseq 上批量下载基因组数据,可以根据需求选择下载格式,采用Rsync工具并行下载。原创 2023-07-27 23:32:23 · 1430 阅读 · 1 评论 -
NCBI 基因组数据下载:法二
NCBI 基因组数据下载原创 2022-11-17 23:42:59 · 665 阅读 · 1 评论 -
从NCBI refseq 中下载特定物种的蛋白质数据
由于NCBI奇奇怪怪的格式,导致我们下载特定物种(某个科、某个属)比较麻烦,手动一条条下载肯定是不现实的,而对于部分很少涉及干实验的生物研究人员来讲写代码也不容易。原创 2022-09-24 19:26:49 · 1863 阅读 · 0 评论 -
从NCBI 上下载 gbff 文件并得到 CDS 信息
最近入门学习生信,面临的一个问题就是如何下载和预处理海量的基因组数据,尤其是 NCBI 上的 gbff 基因组注释文件,网络上翻了很久也找到对新手比较友好的代码,索性自己写了一段~要处理的有两个问题,在此分别讨论:一. 如何下载指定的文件(压缩包)且压缩包不损坏?二. 是如何从注释文件中摘取自己想要的 CDS 注释信息。......原创 2022-07-14 09:27:38 · 5365 阅读 · 1 评论