NCBI 基因组数据下载：法二

最新推荐文章于 2025-03-05 14:20:05 发布
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分类专栏： 生信入门 文章标签： ubuntu linux 大数据
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本文链接：https://blog.csdn.net/LSD_1943/article/details/127914351
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本文分享了一套改进后的NCBI基因组数据批量下载方案。作者针对先前版本中存在的bug进行了修正，并将最新的代码上传到了gitcode，确保了数据下载过程的高效与稳定。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

鉴于上一篇NCBI 基因组数据下载有诸多bug，我重新改写了代码放在了 gitcode 上（其实是从自己的gitlab传过来的）。经测试，能有效批量下载数据。

详情见李鍶鐸 / NCBI Genome Data Download · GitCode

基因组学的大数据分析：生命密码的数学解读
AI天才研究院
01-20 847
基因组学的大数据分析：生命密码的数学解读 关键词 基因组学 大数据分析 数学解读 生命密码
基因组科学数据的安全管理与应用
weixin_45585364的博客
03-02 7467
基因组科学数据的安全管理与应用李茹姣1,张欣1,宋述慧1,王彦青1,邹东1,肖景发1,2,赵文明1,2,章张1,2,鲍一明1,21中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息...
从 NCBI 批量下载基因组文件
Xylonwin的博客
09-02 3598
一个简单的思路通过 Bash 脚本从 NCBI 的 FTP 服务器批量下载基因组文件，无需任何依赖
ncbi-genome-download批量下载基因组数据
hgz2020的博客
10-11 8586
ncbi-genome-download
【教程】如何在ncbi下载基因组序列
最新发布
weixin_45026226的博客
03-05 502
③下载genome sequences和annotation features这两个文件（其中fasta文件是此物种全基因组序列，gff是全基因组序列的注释文件）①进入ncbi官网，搜索植物的拉丁名或者英文名。在搜索结果里，点击assembly对应的records number数字。②点击GFF右边的三个小点，在里面选择download refseq。
NCBI基因组下载工具（最终版？）
LSD_1943的博客
07-27 2002
搁置了很久的项目，趁着最近有空终于把它给做完了，完结撒花🌸项目链接如下，在Linux系统下运行最佳（Mac可能在使用Rsync会有问题）该脚本便于从 NCBI Genank/Refseq 上批量下载基因组数据，可以根据需求选择下载格式，采用Rsync工具并行下载。
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
热门推荐
m0_55059521的博客
05-04 1万+
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
如何从NCBI上的Gene数据库批量下载基因序列数据
qq_65680034的博客
03-01 1万+
昨天先尝试了python脚本，为了保险起见，先编写了下载一个基因的压缩包数据，后续批量下载只需改一下ID的提供。但是比较有趣的是与官网直接手动下载相比，我编的程序下载的数据刚刚好缺了我最想要的gene.fna数据，也就是做了大半天无用功，真是drama哈哈哈。实现，但是通过Gene和Nucleotide数据库进行检索得到的结果不同，即Gene数据库检索结果不能直接得到fasta序列，它需要手动点击Download Datasets键获得基因数据压缩包，里面包含基因的fasta序列gene.fna文件。
NCBI 数据下载
小猪打呼噜
04-12 1470
网上介绍的那几种直接下载NCBI数据的方法大都下载速度很慢，但是EBI (European Bioinformatics Institute) 下载很快，而且它的数据库和NCBI是共享的，所以我们可以直接从 EBI 下载。1 、 确定要下载的 SRA 编号；
RNA-seq(2):下载参考基因组及基因注释，及测序数据-学习笔记
leo12354的博客
05-05 5042
今天学习了如题的一些操作。但是并不算成功。本来打算做到quality control，结果卡在了下载测序数据上，硬生生地卡在这儿。 参考网站： （RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释） 1.安装ASPERA 1）wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727...
基因组组装与注释流程 .ppt
12-01
二、基因组组装 基因组组装是将测序得到的短片段（reads）拼接成连续的序列，形成contigs和scaffolds的过程。组装流程主要包括： 1. Reads校正：使用软件如Hifi或CCS对三代测序数据进行校正，减少错误。 2. 初步组装...
【NCBI SRA数据的宏基因组分析】：微生物组数据处理分析秘籍
本文详细介绍了宏基因组数据处理和分析的流程，包括数据的下载、预处理、功能注释、物种组成分析、关联分析以及数据的可视化和解读。通过一系列步骤，如质量控制、数据清洗、格式转换、功能和物种注释、丰度分析、...
Genome Downloader:根据搜索词从 NCBI 下载基因组数据。-开源
06-29
GenomeDownloader 是一个命令行 Perl 程序，用于从 NCBI 下载基因组数据（使用 wget）。 最近（2017-10）已完全重写，以与 NCBI 的“新”数据组织结构一起使用。 也可以选择组装完成水平（即 Contig、Scaffold、Chromosome 或 Complete Genome）作为下载数据的标准。 基因组数据可以从属于某个分类群（例如哺乳动物或 40674）的所有生物体中下载，并且下载可以限于某些类型的文件（例如，faa 或 faa、gbff 等）。 搜索词也可用于进一步限制结果。 该程序在 Linux 上运行，但也可以在 Mac OS 上运行（可能需要做一些修改，并且满足相关性）。
基因组数据库
07-03
基因组数据库，1.3G，包括图像，数据太大，放在百度网盘，资源内附链接和密码
深度学习基因数据
05-26
1000个基因组表达数据由来自Illumina RNA SEQ平台的462个淋巴母细胞系样品的基因表达谱〔22〕组成。每个基因的表达水平也基于基因编码V12注释（22）以RPKM格式进行测量。
NCBI基因组下载脚本：科研工作者的得力助手
gitblog_00894的博客
08-09 895
NCBI基因组下载脚本：科研工作者的得力助手 ncbi-genome-downloadScripts to download genomes from the NCBI FTP servers项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/nc/ncbi-genome-download 在生物信息学领域，获取高质量的基因组数据是进行深入研究的基础。今天，我们将介绍一个强大...
linux下载NCBI基因组数据
k7586556的博客
10-12 1768
fastq-dump --gzip --split-3 SRR25474921.sra，#使用fastq-dump将sra转换为fastq格式，--split-3 参数可以把双端测序的reads提取出来，左端标示为*_1.fastq；右端标示为*_2.fastq。安装之后转到NCBI网页搜索需要的数据或者到SRA数据中查找，我下载的是SRA数据库中的SRR25474921（SRA中是原始测序数据）prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载多个SRA文件。
从 NCBI 上下载基因组、cds、pep以及注释文件以大黄鱼为例
Vicbear的博客
10-17 3365
选择genome 后面搜索栏输入该物种拉丁学名。选择download下载基因组。选择下载的基因组及其注释文件。
ncbi-genome-download在NCBI上批量下载基因组
xq_ing的博客
10-12 3992
ncbi-genome-download在NCBI上批量下载基因组
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