conda 安装与管理

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

• conda https://www.anaconda.com/
• Bioconda http://bioconda.github.io/
• 官方教程 https://conda.io/docs/user-guide/index.html
• 清华源 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
• 教程 http://www.jianshu.com/p/a9a65e868dca
• 教程2 https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445

安装 conda

# miniconda
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc

# anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh

配置 ~/.condarc

建议使用清华源 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels defaults
conda config --set show_channel_urls yes
#配置文件在 ~/.condarc

condarc最后文件如下

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda 
  - conda-forge
  - r
  - bioconda
  - defaults
show_channel_urls yes
ssl_verify: true

常用命令

#安装R内核
conda install -c r r-essentials


conda info -e  #查看所有环境
conda info  #当前环境

#创建虚拟环境 py35
conda create -n py35 python=3.5
source activate py35  #进入 py35 这个虚拟环境
source deactivate     #退出
conda remove -n env_name --all  #移除虚拟环境

conda list  #列举当前活跃环境下的所有包
conda list -n your_env_name  #列举一个非当前活跃环境下的所有包
conda install numpy pandas  #安装
conda install -n env_name pandas
conda uninstall pandas  #删除

conda search pyqtgraph  #查找包
conda update numpy      #更新包
conda remove numpy      #卸载包
conda install 软件名=版本号  #安装指定版本