assembly-stats 对序列组装结果进行评估

最新推荐文章于 2025-01-25 09:42:38 发布

quan575

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分类专栏：生信软件文章标签：生信软件评估

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本文介绍了如何从GitHub获取并使用Assembly-Stats工具，通过conda安装，并提供了将多个结果汇总成CSV文件的方法。该工具主要用于生物信息学领域，帮助用户统计和分析基因组组装的质量指标。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

github地址： https://github.com/sanger-pathogens/assembly-stats.git

安装conda install assembly-stats

使用介绍，如果是多个结果，为了阅读方便，可以存为csv格式

# 列头
echo faname,sum,ave,largest,N50,N60,N70,N80,N90,N100,N_count,Gaps > assembly-stats.csv
# 拼接结果 t.fa 的各项信息
assembly-stats t.fa |xargs|sed 's/,//g'|awk 'BEGIN{OFS=","}  \
 {print $3,$6,$12,$15,$18,$24,$30,$36,$42,$48,$54,$57}' >> assembly-stats.csv