assembly-stats 对序列组装结果进行评估

• github地址： https://github.com/sanger-pathogens/assembly-stats.git

安装conda install assembly-stats

使用介绍，如果是多个结果，为了阅读方便，可以存为csv格式

# 列头
echo faname,sum,ave,largest,N50,N60,N70,N80,N90,N100,N_count,Gaps > assembly-stats.csv
# 拼接结果 t.fa 的各项信息
assembly-stats t.fa |xargs|sed 's/,//g'|awk 'BEGIN{OFS=","}  \
 {print $3,$6,$12,$15,$18,$24,$30,$36,$42,$48,$54,$57}' >> assembly-stats.csv