在 Rmd 中运行 python 代码

最新推荐文章于 2024-08-31 20:08:17 发布

Mr_Vague

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分类专栏： R 文章标签： python r语言

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_37952030/article/details/114013559

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该博客介绍了如何在R Markdown文档中利用reticulate包实现R与Python的交互。通过设置rsetup块指定Python路径，可以调用Python代码处理数据，如加载pandas库和读取CSV文件。然后，可以在R中直接使用py$flights引用Python处理后的数据进行绘图。博客强调虽然互操作性可行，但建议尽量在单一语言中完成数据处理以避免复杂性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

rmd 支持调用多种编程语言，使用 reticulate 包可以让 r 与 py 相互交互。

在 rmd 中的 setup 块加入以下命令，来使用本地安装的 py3。例如：注意以下代码块复制粘贴后要去掉 ` 前的 " （代码块显示 ` 有些麻烦）

"```{r setup, include=FALSE}
# 使用 python
library(reticulate)
use_python("/usr/bin/python3")
"```

使用 r 命令 py_config() 显示 r 识别的py环境

"```{r}
py_config()
"```

在运行 python 的地方写 py 代码：

"```{python}
import pandas
flights = pandas.read_csv(
  "https://raw.githubusercontent.com/mwaskom/seaborn-data/master/flights.csv"
  )
flights = flights.dropna()
"```

在调用 python 变量的地方用 py$变量名，r 针对 numpy 和 pandas 数据类型做了识别和优化：

"```{r,fig.width=7,fig.height=3}
library(ggplot2)
ggplot(py$flights, aes(year, passengers)) + geom_point() + geom_jitter()
"```

其他：

如果没有指定本地的 py，而且使用 r 命令 Sys.which("python") 是空串，那么 reticulate 会提示下载安装 miniconda。所以本地安装了 py 的话就指定一下。
python 也可以使用 r 的变量，例如 r 的内置数据集 cars 可以被 py 块用 r.cars 调用，且数据框可以自动转化
更多细节内容参考：https://rstudio.github.io/reticulate
不是很建议 r 与 py 在一个脚本中互用。大部分情况应该是在一个编程语言中处理数据，把结果输出再放到另一个语言继续处理；或者完全用一个语言处理数据更直接。
以下为完整例子
Rmd 输入内容：

PDF 输出结果：