在 Rmd 中运行 python 代码

rmd 支持调用多种编程语言，使用 reticulate 包可以让 r 与 py 相互交互。

在 rmd 中的 setup 块加入以下命令，来使用本地安装的 py3。例如：注意以下代码块复制粘贴后要去掉 ` 前的 " （代码块显示 ` 有些麻烦）

"```{r setup, include=FALSE}
# 使用 python
library(reticulate)
use_python("/usr/bin/python3")
"```

使用 r 命令 py_config() 显示 r 识别的py环境

"```{r}
py_config()
"```

在 运行 python 的地方写 py 代码：

"```{python}
import pandas
flights = pandas.read_csv(
  "https://raw.githubusercontent.com/mwaskom/seaborn-data/master/flights.csv"
  )
flights = flights.dropna()
"```

在 调用 python 变量的地方用 py$变量名，r 针对 numpy 和 pandas 数据类型做了识别和优化：

"```{r,fig.width=7,fig.height=3}
library(ggplot2)
ggplot(py$flights, aes(year, passengers)) + geom_point() + geom_jitter()
"```

其他：

1. 如果没有指定本地的 py，而且使用 r 命令 Sys.which("python") 是空串，那么 reticulate 会提示下载安装 miniconda。所以本地安装了 py 的话就指定一下。
2. python 也可以使用 r 的变量，例如 r 的内置数据集 cars 可以被 py 块用 r.cars 调用，且数据框可以自动转化
3. 更多细节内容参考：https://rstudio.github.io/reticulate
4. 不是很建议 r 与 py 在一个脚本中互用。大部分情况应该是在一个编程语言中处理数据，把结果输出再放到另一个语言继续处理；或者完全用一个语言处理数据更直接。
5. 以下为完整例子
   Rmd 输入内容：
   
   PDF 输出结果：