R语言：利用survminer包实现生存分析及可视化

总述

survminer包是生物信息学中实现生存分析曲线绘制最常用的包，包含函数ggsurvplot()，还可使用ggplot2. ggsurvplot() 轻松绘制美观并且格式工整的生存曲线。同时还能给出p值，风险值等参数。

下载和安装

install.packages("survminer")

或者，也可以选择从GitHub上安装

if(!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("kassambara/survminer")

加载安装好的包

library("survminer")

单一组别生存曲线的绘制

#调用生存曲线中另一常用的survival包
require("survival")
#survival包自带肺癌数据集：lung，查看数据样式
head(lung)
#survival包中的Sruv函数可以创建一个生存对象
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = lung)
#survival包中的survfit函数用Kaplan-Meier法进行生存曲线的拟合
ggsurvplot(fit, color = "#2E9FDF")

两组生存曲线的绘制

• 基本方法

require("survival")
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit)

改变文字大小，字体和颜色

• 只改变字号

title = “Survival curve”	设置标题
font.main	标题字体大小
font.x	x轴标注字体大小
font.y	y轴标注字体大小
font.tickslab	坐标轴数字大小

ggsurvplot(fit, title = "Survival curve",
   font.title = 18,
   font.x =