install.packages(“survminer“) 问题

我用的版本是3.6.0

下到最后会报如下错误 /usr/bin/id: cannot find -lnlop

这是 因为 nloptr 这个依赖太高我们系统没有这个 找不到 lnlopt 导致下面的依赖都不能安装失败

我们需要nloptr 降一下版本 执行以下代码

packageurl = 'https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/nloptr/nloptr_1.2.2.tar.gz'
install.packages(packageurl, repos = NULL, type = 'source')

执行完显示如下就代表成功

 再执行install.packages("survminer")

然后会报这个错 这是因为系统没有这依赖需要 退出R 再执行以下命令

yum install libxml2-devel

然后重新进入R执行 install.packages("survminer")安装 会发现还是报错 但不是之前那个错！说明刚刚那个已经解决了

 这问题因为系统缺少了libcurl依赖再退出R然后执行

yum install libcurl-devel

然后重新进入R执行 install.packages("survminer")安装 会发现还是报错 但不是之前那个错！说明刚刚那个也解决了

因为这是 gridtext这个依赖的代码 用到了C++11 所以要升到C++11

退出R执行

sudo yum install centos-release-scl 
sudo yum install devtoolset-9
sudo mkdir -p /root/.R 
sudo vim /root/.R/Makevars
#写入
CXX11=/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/g++ -std=c++11

然后回到R重新执行

install.packages("survminer")

就成功啦