化学信息学

化学信息学最新进展

分子绘图软件;

化学数据库：

化学反应体系模拟

   用计算机预测化学反应的进行，模拟化学反应的发生,来合成一个设计好的目标产物。两种反应物之间的反应结果的预测。
   目前，德国Gasteiger的化学信息研究小组，已经有了这样的一个系统，名叫EROS (elaboration of reactions for organic synthesis)，能够进行包括两种反应物之间的反应结果的预测，或提供采用何种反应物的建议。

计算机辅助波谱解析

现代分析化学对于仪器的依赖越来越多，谱学手段发展很快，各种光谱、色谱、质谱以及多种仪器联用已成为了分析化学研究的重要工具，因而，计算机辅助谱图解析也成为了研究人员关注的焦点。一般而言，计算机辅助谱图解析方法可以大致分为两类:一是直接对谱图库进行相似性检索（library search);二是采取波谱模拟、模式识别及人工智能的手段进行间接识别。由此涌现出了一大批谱图解析专家系统，如由斯坦福大学组建的用于质谱、13C NMR解析的DENDRAL系统;由日本左左木慎一等研制的用于质谱、13C NMR,1H NMR、红外光谱解析的CHEMICS系统，等等。

化合物结构与活性关系预测 QSAR

QSAR (quantitative structure-activity relationship〉定量构效关系方法尝试通过对一系列结构相似的药物分子进行分析，找出分子性质参数和生物活性之间的关系，并以此为依据去预测具有药效的新型分子的结构与性质。目前发展到三维的3D-QSAR 实际上是QSAR与计算机分子图形学相结合的研究方法，是研究药物与受体间的相互作用，推测受体的图像及进行药物设计的有力工具。3D-QSAR研究可分为受体结构已知及受体结构未知两种情况。受体结构已知（目前仅限于酶作为受体）时，可以根据QSAR的结果及计算机图形显示受体的三维结构，并随之进行有如“量体裁衣”式的设计。在受体结构未知的情况下(这是绝大多数情况)，则可以根据激动剂或（和）拮抗剂的构效关系及计算机图形显示的化合物优势构象，推测受体的结构，然后进行药物设计，亦可以起到“量体裁衣”的作用。

第二章 化学信息的来源

词典
手册
期刊
图书馆
信息资源平台

第三章 搜索引擎

本书提到的常用的搜索引擎：
1，学术：
BASE
SciTech Connect
CitesSeerX
2，元
Dogpile
Excite
Ixquick
Mamma
metacrawler
ProFusion
Savvysearch
…

第四章 文献检索概述

第5章 中文学术论文资源数据库

第6章 外文学术论文资源数据库

第7章 专利文献与技术标准

第8章 化学信息数据库资源

结构数据库：

ICSD CSD PDB

谱数据库：

SDBS

Spectral Database for Organic Compounds (SDBS，http:/ /sdbs. db. aist. go.jp)是一个有机化合物的综合光谱数据库（见图8-4)，包括6种不同类型的光谱数据，分别是:电子轰击质谱（EI-MS)、傅里叶变换红外光谱_(FT-IR)、'H核磁共振光谱（'H NMR)、13C核磁共振光谱（13C NMR)、激光拉曼光谱和电子自旋共振光谱:(ESR)。该数据库中约有34000个化合物的图形结构和光谱信息,大多数情况下光谱信息中都会有峰值归属。我们可以通过化合物的名称、分子式、分子量、CAS登录号、原子数或者元素、光谱数据等信息来搜索化合物。

NIST

ASD 原子光谱数据库

混合的

Reaxys

CSD有机晶体数据库

第9章 化学软件

绘图软件

ChemBioOffice
ACD/ChemSketch5. 0
Symyx Draw

化学分析仪器数据处理软件

分子模拟软件

分子对接软件

    AutoDock是用于预测生物大分子与药物小分子相互作用的软件，是目前计算机辅助药物设计中应用广泛的一种分子对接的免费软件。AutoDock通过**优化药物小分子在靶标大分子中的位置、方向以及构象，搜索大小分子结合的最佳模式，并计算其结合能，从而评估该小分子与大分子的结合能力**。随着分子结晶技术的发展，越来越多的生物大分子靶标的三维结构被人们解析出来，这也推动了基于分子对接的虚拟筛选在计算机辅助实验中进行药物设计方法的应用和发展。通过计算的方式可为实验减少工作量，节约时间和成本，而AutoDock就是为科研工作者提供的这样一个计算工具。此外，分子对接所获得的复合物结构可以作为量化计算和分子动力学模拟的初始结构。

量子化学计算软件

Gaussian是一个功能强大的量子化学综合软件包，是目前广泛使用的一种计算分子静态性质的软件。其可执行程序可在不同型号的大型计算机、超级计算机、工作站和个人计算机上运行，并相应有不同的版本。该程序的**功能包括可计算过渡态能量和结构、键合反应能量、分子轨道、原子电荷和电势、振动频率、红外和拉曼光谱、核磁性质、极化率和超极化率、热力学性质、反应路径等。**因此，Gaussian作为功能强大的工具，可以用于许多化学领域的研究，例如取代基的影响、化学反应机理、势能曲面和激发能等。

分子动力学模拟软件

    分子动力学模拟是一种研究分子动态性质的方法。它采用了分子力学的力场模型和势能函数，将分子的每一个原子均看成牛顿运动方程中的基本质点或粒子，利用牛顿定律求解作用到每个原子上的力，模拟分子中各原子的运动过程，获取所有的原子轨迹，并从原子轨迹中计算得到分子的各种性质。自1966年起发展至今，应用十分广泛。下面我们介绍两种应用广泛的分子动力学模拟软件。

AMBER软件

NAMD程序

第10章 信息处理与数据挖掘

第12章 生物信息学

偏最小二乘法
https://blog.csdn.net/fjsd155/article/details/93414969?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522161511910316780261985487%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334…%2522%257D&request_id=161511910316780261985487&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_alltop_click~default-1-93414969.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=%E5%81%8F%E6%9C%80%E5%B0%8F%E4%BA%8C%E4%B9%98%E6%B3%95
计算机辅助波谱分析？
化学反应体系模拟？分子动力学模拟？
遗传算法
系统生物学？