图神经网络
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这个作者很懒,什么都没留下…
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pymol的安装(anaconda)和入门
使用anaconda进行安装,windows版本的,linux版本的也安装成功了,但是没有搞好可视化(需要xshell)步骤创建环境,激活环境(python3.7)安装两种方式都可以,1,下载whl包(二进制文件),我从这里下载的 pymol-2.5.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl 用pip install进行安装安装成功2,按照anaconda官网的步骤安装 https://anaconda.org/conda-forge/pymol-open原创 2022-03-04 19:02:33 · 2948 阅读 · 1 评论 -
unicon学习
软件开发者:汉堡大学链接:https://software.zbh.uni-hamburg.de/users/zimeizhng功能:转化分子将包含多个组件的文件转换为多个条目从蛋白质数据库(PDB)文件中提取小分子产生互变异构体和/或质子化状态生成标准化互变异构形式生成二维/三维坐标生成一组一致性...原创 2022-03-04 13:51:36 · 250 阅读 · 0 评论 -
论文:学习用于分子构象生成的梯度场
confGF:Learning Gradient Fields for Molecular Conformation Generation利用基于深度学习的力场实现小分子的构象生成好像并不是我想的那样,有一点新意Experimentally, such struc-tures are determined by expensive and time-consuming crystallography. Computational approachesbased on Markov chain Mon原创 2022-02-25 20:17:53 · 481 阅读 · 0 评论 -
分子生成 - 口袋based
NeurIPS | 一个3D分子生成模型用于基于结构的药物设计A 3D Generative Model for Structure-Based Drug Design蒋师兄发给我的那篇原创 2022-02-25 15:20:12 · 381 阅读 · 0 评论 -
初识蛋白质设计
蛋白质工程的研究前景从头设计包含有想要的结构的蛋白质不能直接用AF2生成大量蛋白质结构,进行筛选吗?论文:A backbone-centred energy function of neural networks for protein design“SCUBA+ABACUS”构成了能够从头设计具有全新结构和序列的人工蛋白完整工具链用其进行蛋白质从头设计的基本流程包括:1,首先根据需求提出设计目标(例如要求蛋白质结构的整体或局部满足特定条件),根据设计目标搭建近似的初始主链结构(可基于简单的几何原创 2022-02-25 15:01:56 · 768 阅读 · 0 评论 -
graphormer 代码阅读
看论文论文中找到github代码连接一开始论文刚发表时代码是没有公布的,后来过了一两个月才发布运行他的代码https://hub.xn–gzu630h.xn–kpry57d/microsoft/Graphormergithub链接下载到服务器上运行进行环境准备和所需要的包安装时遇到问题:主要是torch-geometric的安装问题最终解决方案是将下图中的最后两步换掉安装torch按照pytorch官网步骤来,这里我的cuda版本是11.4,所以我安装了最新版本,1.9.1,使用conda原创 2021-10-15 13:32:50 · 3005 阅读 · 8 评论 -
torch_geometric (PyG) 图数据可视化
代码import torchimport numpy as npimport networkx as nximport matplotlib.pyplot as pltdef graph_showing(data): ''' args: data: torch_geometric.data.Data ''' G = nx.Graph() edge_index = data['edge_index'].t()# print(edg原创 2021-10-23 11:15:10 · 1911 阅读 · 0 评论 -
GNN图神经网络
CNN图神经网络b站台大视频教程视频中的截图原创 2020-10-23 18:09:03 · 139 阅读 · 0 评论