初识蛋白质设计

蛋白质工程的研究前景

从头设计包含有想要的结构的蛋白质不能直接用AF2生成大量蛋白质结构，进行筛选吗？

论文：A backbone-centred energy function of neural networks for protein design

“SCUBA+ABACUS”构成了能够从头设计具有全新结构和序列的人工蛋白完整工具链
用其进行蛋白质从头设计的基本流程包括：

1，首先根据需求提出设计目标（例如要求蛋白质结构的整体或局部满足特定条件），根据设计目标搭建近似的初始主链结构（可基于简单的几何规则计算搭建或在计算机图像系统帮助下人工搭建，也可以随机产生）

2，从初始结构出发，用SCUBA方法对主链结构进行连续自动优化，获得真正能通过选择氨基酸序列来实现的主链结构（即“可设计性”高的主链结构）进行自动优化

3，基于优化后的主链用ABACUS选择合适的氨基酸序列，并根据该序列对主链结构进行进一步修正；对经过多轮结构优化-序列选择迭代后的最终序列进行评估筛选后，用实验方法获得并表征人工蛋白

理论计算和实验证明，用SCUBA设计主链结构，能够突破只能用天然片段来拼接产生新主链结构的限制，显著扩展从头设计蛋白的结构多样性，设计出不同于已知天然蛋白的新颖结构，是RosettaDesign之外目前唯一经充分实验验证的蛋白质从头设计方法，并与之互为补充。

SCUBA（侧链未知主链排列）模型旨在表示对主链可设计性至关重要的因素，包括肽主链的局部构象偏好和氢键几何形状以及手性连接和紧密堆积侧链所需的主链间空间3、4 , 5

没看懂，以后再说吧