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RSS订阅原创 温故知新：基于R语言的群体药代动力学数据探索
基于R语言的群体药代动力学数据探索一 、群体药代动力学数据探索目的和方法数据探索目的数据来源方法二、数据探索过程PK数据探索加载的包和设目录读取数据和数据处理平均血药浓度计算和作图每个受试者血药浓度图PD数据探索平均药效指标图每个受试者药效指标图一 、群体药代动力学数据探索目的和方法数据探索目的建模前通过图法和统计学方法，对研究数据探索可揭示数据特征，发现明显趋势，辨识离群值，异常值等。数据来源数据来自于焦正主编的基础群体药动学和药效学书籍第10章第二节模型数据方法R语言及代码中设计的包，作图
2020-05-31 19:49:14
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原创 群体药代动力学模型模拟
模型模拟简介原理模拟计划模拟一、协变量分布模型1. 抽样2. 重采样二、输入输出模型1. 改变模型参数2. 改变协变量3. 改变给药剂量等三、试验执行模型四、数据分析与解读五、注意事项种子数随机效应和因变量的限制...
2020-05-30 15:06:08
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原创 群体药动学药效学模型
群体药动学药效学模型一、药效学模型简介明确药物暴露、药效和时间之间的关系。经验性的药动学-药效学模型包括了直接效应模型，效应室模型和翻转模型机制性模型二、常用的药动学药效学模型直接效应模型可描述大多数药动学和药效学之间的关系。表达式如下：药物和效应也可以为线性关系：E=E0+slope*Cslope为斜率1. ADVAN模块$PROBLEM synchronous pd, pkpd_advan, direct Emax $INPUT ID TIME DV AMT MDV
2020-05-28 22:53:44
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原创 NONMEM软件自定义模型
常用模块一 、$PRED二、PREDPP子程序$MODEL$MODEL定义模型房室数量和属性，以COMP语句命名各房室并定义其属性。$MODEL COMP(DEPOT, DEFDOS) ；定义吸收室，DEFDOS：default doseing compartment COMP(CENTRAL, DEFOBS) ；定义中央室，DEFOBS：default observation compartment COMP(PeripheralSHALLOW) ；定义周边室，浅 COMP(
2020-05-28 00:32:01
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原创 R语言笔记：群体药动学数据探索
用到的包library(dplyr)library(ggplot2)library(gridExtra)加载资源source("D:\\工作文档\\R\\col_function.r")设置工作目录setwd("C:\\Users\\Administrator.ADMIN-20170618T\\Documents\\demo-data\\PPK\\iv infusion 3cp")读取数据#read data----SDTAB<-read.table("SDTAB1",sep
2020-05-27 00:12:22
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原创 常用群体药动学模型评价方法：诊断图
诊断图分类：基于预测的模型诊断图基于残差的模型诊断图基于贝叶斯估算的模型诊断图基于预测的模型诊断图呈现实际观测值与群体、个体预测值的一致性，反映模型对于实测值的拟合程度。1、因变量-群体预测值（DV-PRED）绘图：参考线，趋势线，x轴和y轴尺度一致。参考线一般为y=x的对角线；趋势线通常为LOESS回归线。一般坐标反映数值较大处偏差，对数坐标可反映数值较小处偏差。如果群体预测值偏差较大，则需要优化基础模型（结构模型或统计学模型）。将基础模型与最终模型的DV-PRED图进行比较，通常
2020-05-27 00:02:12
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原创 NONMEN 协变量模型
NONMEN 协变量模型协变量的定义描述药代动学和药效学的变异来源。包括：性别、年龄、体重、体表面积、种族、实验室检测指标，疾病状态等图解法协变量和协变量之间的关系图协变量和参数的相关性图统计学检验原理嵌套模型CLi=θ1+θ2×SEXFiCL_i=θ_1+θ_2×SEXF_iCLi=θ1+θ2×SEXFiCLi=θ2+θ1×WTiCL_i=θ_2+θ_1×WT_iCLi=θ2+θ1×WTi纳入协变量的模型目标函数下降大于3.84才具有统计学意义常用函数表达式
2020-05-25 00:29:21
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原创 NONMEM基础模型
结构模型结构模型：描述药动学群体的平均效应，给药途径和药物体内过程的。差异决定了药动学模型的多样性，所有模型均可通过一组公式及参数描述。结构模型可以根据药物的特征及数据的特点灵活地选择：如果所研究的药物的药动学特点已有文献报道，可以选用文献报道的药动学模型作为结构模型。若无现成的研究数据可以利用，可利用密集取样的数据，采用经典药动学方法拟合模型，初步判断结构模型。更为常用的方法是验证常见房室模型(一室、二室或三室等)，以及米-曼氏非线性模型，还可以根据数据特征自行建立微分方程表示，再通过不同结构
2020-05-24 22:15:14
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原创 NONMEN 控制文件
NONMEN 控制文件组成每一条命令行或者模块以特定符号“$”开头，可缩写。控制文件主要由 $PROBLEM、 $DATA、 $INPUT 、 $PRED 、 $THETA、 $OMEGA、 $SIGMA、 $ESTIMATION 、 $TABLE、等模块组成。一、$PROBLEM模块二、$DATA模块三、$INPUT模块四、$SUBROUTINES模块五、$PK模块六、$ERROR模块七、$ $PRED模块八、 $THETA、 $OMEGA、 $SIGMA模块九、 $ESTIMATI
2020-05-23 17:59:42
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原创 NONMEN软件概览及数据文件
NONMEN软件概览及数据文件一、NONMEN软件的组成NONMEN软件主要由3部分组成：NONMEN转译器——NM-TRNA群体药动学模型和参数计算子程序——PREDPP估算非线性混合效应的计算工具包——NONMEN其中NONMEN是整个软件的核心部分。二、数据文件1. 数据规则数据结构数据集要求：数据以数字形式保存，一般采用以逗号分隔符的csv文件保存。变量英文字母和数字组合，允许20个字母，变量总数少于50个。特定变量名：ID TIME DATE DAT1 DA
2020-05-23 17:32:36
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原创 群体药代动力学基本原理
第一节 基本原理一、个体模型和群体模型（一）个体模型结构模型：经典的药动学-药效学模型统计学模型：表征模型预测值与个体值差异的模型口服一级吸收和一级消除的一房室模型：Dose*F药物储存室中央室单次给药后血药浓度随时间变化可表示为：Cpred,i=ka∗F∗Dose/V∗(ka−ke)∗(e−ke∗ti−e−ka∗ti)Cpred,i= ka*F*Dose/V*(ka-ke)*(e^{-ke*ti}-e^{-ka*ti})Cpred,i=ka∗F∗Dose/V∗(ka−ke)∗(e−
2020-05-22 00:55:29
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空空如也
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