NONMEN 控制文件组成
每一条命令行或者模块以特定符号“$”开头,可缩写。
控制文件主要由 $PROBLEM、 $DATA、 $INPUT 、 $PRED 、 $THETA、 $OMEGA、 $SIGMA、 $ESTIMATION 、 $TABLE、等模块组成。
一、$PROBLEM模块
描述文件的信息,作为控制文件的标题或者注释
$PROB 3cp_PK
二、$DATA模块
指定所需数据文件及读取路径,后面和附加选项 IGNORE:
$DATA infusion_3cp.csv IGNORE=C
IGNORE还可以指定特定数据:
$DATA infusion_3cp.csv IGNORE= (AGE.LT.12)
FORTRAN 常用的判断逻辑
==或.eq. 判断是否相等
/=或.ne. 判断是否不等
>或.gt. 判断是否大于
>=或 .ge. 判断是否大于等于
<或.lt. 判断是否小于
<=或.le. 判断是否小于等于
IGNORE还可以增加条件选项,如:
$DATA infusion_3cp.csv IGNORE=C IGNORE= (AGE.LT.12)
$DATA infusion_3cp.csv IGNORE=C ACCEPT= (WK.GT.40,AGE.GT.12)
三、$INPUT模块
指定数据文件的数据结构。模块定于的变量顺序需和数据文件的每列
$INPUT C ID TIME TAD NMT CONC=DV AMT RATE MDV DOSE GROUP sex=DROP age weight height bmi
CONC=DV
表示用CONC取代保留变量DV 即为CONC为药代动力学浓度的观测值
sex =DROP
表示忽略改变量
四、$SUBROUTINES模块
$SUBROUTINES用于确定调用哪种子程序。
ADVAN指定房室模型种类
TRANS指定基本药动学参数
ADVAN1-4、10-12是内置的药动学模型,分别指一室静脉、一室口服、二室静脉、二室口服、米氏模型、三室静脉、三室口服。选择了以上的ADVAN子程序后,还需选择相应的TRANS子程序。
如:
$SUBROUTINES ADVAN11 TRANS4
ADVAN和TRANS所需的参数表:
五、$PK模块
ADVAN和TRANS所需的必须参数和附件参数,$PK模块指定这些参数的典型值和体间变异。
定义参数:
TVCL = THETA(1)
定义体间变异和类型:
CL = TVCL +ETA(1) ;加和型
CL = TVCL * (1+ETA(1)) ;比例型
CL = TVCL * EXP(ETA(1)) ;指数型
以TV开头的变量名表示参数的典型值,如TVCL表示清除率的典型值,CL表示特定的个体值。
如:
$PK
TVCL=THETA(1)
CL=TVCL*EXP(ETA(1))
TVV1=THETA(2)
V1=TVV1*EXP(ETA(2))
TVV2=THETA(3)
V2=TVV2*EXP(ETA(3))
TVQ2=THETA(4)
Q2=TVQ2*EXP(ETA(4))
TVV3=THETA(5)
V3=TVV3*EXP(ETA(5))
TVQ3=THETA(6)
Q3=TVQ3*EXP(ETA(6))
附加参数定义
TVALAG1=THETA(7)
ALAG1=TVALAG1*EXP(ETA(7))
IF= (DOSE.GT.3) F1=1
IF= (DOSE.LT.3) F1=THETA(8)
定义换算系数
定义 Sn 可使给药量和药物浓度单位纲保持一致。 n表示观测事件发生的隔室, Sn 表示分布容积和无单位标量值得乘积:
S n = V × u s v S_n = V ×usv S