NONMEN 控制文件

NONMEN 控制文件组成

每一条命令行或者模块以特定符号“$”开头，可缩写。

控制文件主要由 $PROBLEM、 $DATA、 $INPUT 、 $PRED 、 $THETA、 $OMEGA、 $SIGMA、 $ESTIMATION 、 $TABLE、等模块组成。

一、$PROBLEM模块

描述文件的信息，作为控制文件的标题或者注释

$PROB 3cp_PK

二、$DATA模块

指定所需数据文件及读取路径，后面和附加选项 IGNORE：

$DATA infusion_3cp.csv IGNORE=C

IGNORE还可以指定特定数据：

$DATA infusion_3cp.csv IGNORE= (AGE.LT.12)

FORTRAN 常用的判断逻辑

==或.eq. 判断是否相等
/=或.ne. 判断是否不等
>或.gt. 判断是否大于
>=或 .ge. 判断是否大于等于
<或.lt. 判断是否小于
<=或.le. 判断是否小于等于

IGNORE还可以增加条件选项，如：

$DATA infusion_3cp.csv IGNORE=C  IGNORE= (AGE.LT.12)

$DATA infusion_3cp.csv IGNORE=C  ACCEPT= (WK.GT.40,AGE.GT.12)

三、$INPUT模块

指定数据文件的数据结构。模块定于的变量顺序需和数据文件的每列

$INPUT C ID TIME TAD NMT CONC=DV AMT RATE MDV DOSE GROUP sex=DROP age weight height bmi

CONC=DV
表示用CONC取代保留变量DV 即为CONC为药代动力学浓度的观测值
sex =DROP
表示忽略改变量

四、$SUBROUTINES模块

$SUBROUTINES用于确定调用哪种子程序。

ADVAN指定房室模型种类

TRANS指定基本药动学参数

ADVAN1-4、10-12是内置的药动学模型，分别指一室静脉、一室口服、二室静脉、二室口服、米氏模型、三室静脉、三室口服。选择了以上的ADVAN子程序后，还需选择相应的TRANS子程序。
如：

$SUBROUTINES ADVAN11 TRANS4

ADVAN和TRANS所需的参数表：

五、$PK模块

ADVAN和TRANS所需的必须参数和附件参数，$PK模块指定这些参数的典型值和体间变异。

定义参数：

TVCL = THETA(1)

定义体间变异和类型：

CL = TVCL +ETA(1)            ;加和型
CL = TVCL * (1+ETA(1))       ;比例型
CL = TVCL * EXP(ETA(1))      ;指数型

以TV开头的变量名表示参数的典型值，如TVCL表示清除率的典型值，CL表示特定的个体值。

如：

$PK

   TVCL=THETA(1)
   CL=TVCL*EXP(ETA(1)) 

   TVV1=THETA(2)
   V1=TVV1*EXP(ETA(2))

   TVV2=THETA(3)
   V2=TVV2*EXP(ETA(3))

   TVQ2=THETA(4)
   Q2=TVQ2*EXP(ETA(4))
   
   TVV3=THETA(5)
   V3=TVV3*EXP(ETA(5))

   TVQ3=THETA(6)
   Q3=TVQ3*EXP(ETA(6))

附加参数定义

   TVALAG1=THETA(7)
   ALAG1=TVALAG1*EXP(ETA(7))

IF= (DOSE.GT.3)  F1=1
IF= (DOSE.LT.3)  F1=THETA(8)

定义换算系数

定义 Sn 可使给药量和药物浓度单位纲保持一致。 n表示观测事件发生的隔室, Sn 表示分布容积和无单位标量值得乘积：
$$S$$