Nnunet训练

1.新建环境

新建虚拟环境Python3.10，nnunetv2要求最低版本为Python3.9

conda create -n nnunetv2 python=3.10

新建环境时关闭代理，不然可能会新建环境失败

安装torch

查看cuda最高版本，安装适合版本torch和cuda

conda install pytorch==2.1.1 torchvision==0.16.1 torchaudio==2.1.1 pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia

安装所需环境

pip install -e .

2.更改path

直接在path.py输入指定数据集路径即可

3.数据预处理

数据预处理文件为

plan_and_preprocess_entrypoints.py  输入形参数据集ID ,运行该程序

nnUNetv2_plan_and_preprocess -d 7 --verify_dataset_integrity  

4.训练

nnUNetv2_train 7 3d_fullres 0 
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 1 
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 2 
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 3 
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 4 

nnUNetv2_train 7 3d_fullres 0  --val --npz
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 1  --val --npz
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 2  --val --npz
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 3  --val --npz
nnUNetv2_train 7 3d_fullres 4  --val --npz