分析分子的一些方法（VMARD+IGMH+EDA-FF+FMO+FuKui）

最新推荐文章于 2025-05-03 10:31:57 发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_52563687/article/details/145901686

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一、VMARD（贝叶斯线性回归的振动模式自动关联判定方法）

首先打开powershell，最好将目录定在vibAnalysis包中含有va.py的同级目录上

1.下好vibAnalysis的数据包，安装好两个数据库numpy和scikit-learn(在命令行输入如下两个命令)

 pip3 install numpy
 pip3 install -U scikit-learn

2.安装好后直接运行下面的命令，会弹出很多条命令提示文档，这个不用管

 python va.py

3.我需要的是分析Gaussian09 算出来的.log文件，直接运行下面的命令，计算的.log文件必须包含raman的信息，也就是在计算的时候就要将raman的信息在参数中加上，完了会弹出.nma文件，里面会有所有的信息，包括模式总成分之类的。

python va.py --input g09 --vmard E:\project\multiwfn\test\car2suc8_freq.log

二、IGMH（independent gradient model based on Hirshfeld partition）

1.初步了解

对于该方法最终的效果图主要是如下效果：一般是一个3-D平面图和2-D散点图

在这里插入图片描述

文章可以看这篇文章 [VMARD+IGMG文章.pdf]
The combination of terahertz spectroscopy and density functional theory for vibrational modes and weak interactions analysis of vanillin derivatives

要研究这篇文章，首先要看懂一个图如下

在这里插入图片描述

强吸引力：氢键，卤素键等

范德华力

强斥力

该图是判断左边的力是什么力的一个图，大概的意思是蓝色区域表示吸引力相互作用，绿色区域表示范德华相互作用，红色区域表示排斥相互作用。

2.跑出左边的3-D图

可以之家在B站看此链接IGMH方法画出分子图

3.跑出右边2-D散点图

1.打开multiwfn软件，添加要分析的文件，该文件最好用.fchk文件然后输入如下命令

20//弱相互作用图形分析

                    ************ Main function menu ************

 0 Show molecular structure and view orbitals
 1 Output all properties at a point       2 Topology analysis
 3 Output and plot specific property in a line
 4 Output and plot specific property in a plane
 5 Output and plot specific property within a spatial region (calc. grid data)
 6 Check & modify wavefunction
 7 Population analysis and calculation of atomic charges
 8 Orbital composition analysis           9 Bond order analysis
 10 Plot total DOS, PDOS, OPDOS, local DOS, COHP and photoelectron spectrum
 11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum
 12 Quantitative analysis of molecular surface
 13 Process grid data (No grid data is presented currently)
 14 Adaptive natural density partitioning (AdNDP) analysis
 15 Fuzzy atomic space analysis
 16 Charge decomposition analysis (CDA) and plot orbital interaction diagram
 17 Basin analysis                       18 Electron excitation analysis
 19 Orbital localization analysis        20 Visual study of weak interaction
 21 Energy decomposition analysis        22 Conceptual DFT (CDFT) analysis
 23 ETS-NOCV analysis                    24 (Hyper)polarizability analysis
 25 Electron delocalization and aromaticity analyses
 26 Structure and geometry related analyses
 100 Other functions (Part 1)            200 Other functions (Part 2)
 300 Other functions (Part 3)

11//IGMH分析

            ============ Visual study of weak interaction ============

 0 Return
 1 NCI analysis (also known as RDG analysis. JACS, 132, 6498)
 2 NCI analysis based on promolecular density (JACS, 132, 6498)
 3 Averaged NCI analysis (NCI analysis for multiple frames. JCTC, 9, 2226)
 4 Interaction region indicator (IRI) analysis (Chemistry-Methods, 1, 231)
 5 DORI analysis (JCTC, 10, 3745)
 6 Visualization of van der Waals potential (JMM, 26, 315)
 9 Becke/Hirshfeld surface analysis (CrystEngComm, 11, 19)
 10 IGM analysis based on promolecular density (PCCP, 19, 17928)
 11 IGM analysis based on Hirshfeld partition of molecular density (IGMH) (JCC, 43, 539)
 12 Averaged IGM analysis (aIGM)

定义片段

 ***** Please cite this introductory paper of IGMH *****
 Tian Lu, Qinxue Chen, J. Comput. Chem., 43, 539 (2022) DOI: 10.1002/jcc.26812
 An erratum to the IGMH paper is also suggested to cite together:
 Tian Lu, Qinxue Chen, ChemRxiv (2022) DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-g1m34
 Review article: Tian Lu, Qinxue Chen, Visualization Analysis of Weak Interactions in Chemical Systems DOI: 10.1016/B978-0-12-821978-2.00076-3

 How many fragments will be defined? e.g. 3
 Note: At least one fragment should be defined. Union set of all fragment atoms will be taken into calculation

选择输出模式密度：一般在1，2，3里面自行选择

Please select a method to set up grid
 -10 Set extension distance of grid range for mode 1~4, current:  2.000 Bohr
 1 Low quality grid,    covering whole system, about 125000 points in total
 2 Medium quality grid, covering whole system, about 512000 points in total
 3 High quality grid,   covering whole system, about 1728000 points in total
 4 Input the number of points or grid spacing in X,Y,Z, covering whole system
 5 Input original point, grid spacings, and the number of points
 6 Input center coordinate, number of points and extension distance
 7 The same as 6, but input two atoms, the midpoint will be defined as center
 8 Use grid setting of another cube file
 10 Set box of grid data visually using a GUI window
 11 Select a set of atoms, set extension distance around them and grid spacing

分析完了之后选择2，他会输出到当前文件夹下的output.txt文件

2.将图画出，下载一个软件gnuplot

将multiwfn目录下的examples\scripts\IGMscatter.gnu文件放到gnuplot文件的子目录下，或者直接点击该文件拖到gnuplot软件的界面上，报错的话需要修改文件内容，一般是文件内地址的问题，如下

set terminal postscript landscape enhanced color 'Helvetica' 20
set encoding iso_8859_1
set output 'E:\software\gunplot\gnuplot\bin\IGMscatter.ps' 
set key 
set ylabel '{/Symbol d}g (a.u.)' font "Helvetica, 20" 
set xlabel 'sign({/Symbol-Oblique l}_2){/Symbol-Oblique r} (a.u.)' font "Helvetica, 20"
set pm3d map
set palette defined (-0.05 "blue",0.0 "green", 0.05 "red")
set format y "%.2f"
set format x "%.2f"
set format cb "%.3f"
set border lw 2
set xtic  -0.05,0.01,0.05 nomirror rotate font "Helvetica"
set ytic   0.0,0.01,0.08 nomirror font "Helvetica"
set cbtic  -0.05,0.01,0.05 nomirror font "Helvetica"
set xrange [-0.05:0.05]  
set yrange [0.0:0.08] 
set cbrange [-0.05:0.05]
plot 'E:\software\gunplot\gnuplot\bin\output.txt' u 4:1:4 with points pointtype 31 pointsize 0.3 palette t ''

在第三行设置输出文件格式和地址，在最后一行设置之前跑出来的output.txt文件的地址，将.gnu文件再次拖入gnupot软件界面，会跑出一个.ps文件，将这个文件打开就是我们要的图，如果没有的话可以直接打开简介转换网页https://cloudconvert.com/image-converter

三、EDA-FF（分子力场能量分解法）

1.首先要计算出原子的电荷信息

定义一个.txt文件，两列，第一列是原子名称，可以在gview里面的atomlist中查看AMBER列将该列作为.txt文件的第一列，第二列的电荷信息需要计算

2.获取.fchk文件

要计算电荷信息需要获取.fchk文件，可直接在服务器上根据.chk文件转成.fchk文件，在服务器对应地址输入如下命令

/home/hoo/g09/formchk 名称.chk

将获取的.fchk文件在multiwfn中打开

7//布局分析

13//MK计算

1//开始计算

将算出的电荷信息添加到1中的.txt文件

3.能量分解+定义片段

在做能量分解之前，要先将定义的几个片段的电荷信息从1中的.txt文件中取出，取出的每个片段信息都要单独列一个.txt文件，文件中按照1中的.txt文件的顺序进行排列，然后还要在相同的目录下再定义一个mollist.txt文件,这里面包含几个片段文件的地址和名称，大概如下

E:\project\multiwfn\test\1.txt 1
E:\project\multiwfn\test\2.txt 1
E:\project\multiwfn\test\3.txt 1
E:\project\multiwfn\test\4.txt 1

然后载入.fch文件到multiwfn软件中，输入如下命令

21//能量分解

1//基于立场的能量分解

3//载入原子类型和原子电荷（mollist文件的路径）

2//定义片段

数字//定义几个片段写几个，比如我定义了四个片段写4，然后将定义片段的原子序号依次写入，这个再之前的四个片段当中应该有记录，比如我定义的四个片段记录了原子的序号信息

f1:1-30
f2:31-44
f3:45-74
f4:75-88

4//如果要再确认一遍原子的信息可以输入选项4重新确定一下

1//计算分析

-3//如果在能量分解界面选择一次-3，将状态转换成yes，在选1分析计算，会在该目录下出现一个interatm.txt文件里面会有片段间每一对原子的距离，相互作用能，以及成分都在里面。

4.将电荷信息换成色散和总能在VMD中进行着色

数据有了如何对原子信息进行着色,首先需要获得.pqr文件

在multiwfn程序主功能7在计算完原子电荷后可以导出记录原子左边和原子电荷的.cshg文件，将该.chg文件在multiwfn软件中打开，在主功能100中的子功能2导出文件的.pqr格式，.pqr格式的文件可以直接在VMD中打开,文件的倒数第二列的数据为电荷信息，所以在VMD中打开的着色方式也是按照电荷数字的大小进行排列，如何要按照总结和能和色散信息进行排列，需要手动将.pqr文件的倒数第二电荷数据转换成能量分解中的总结和能信息和色散信息即可。

四、前线轨道（FMO）理论

1.原理介绍

将已填有电子的能量最高的轨道称为HOMO（最高已占轨道），能量最低的空轨道称为LUMO（最低未占轨道）。LUMO和HOMO即为前线轨道。

2.前线轨道可以反应分子活性这个怎么理解

最高占据分子轨道（HOMO）能级和最低未被占据分子轨道（LUMO）能级与分子间作用力存在着多方面的关系，具体如下：

从电子转移角度影响分子间作用力**

**HOMO 能级较高时：**分子的 HOMO 能级较高，意味着电子更容易从该轨道跃迁出去，即分子具有较强的电子给予能力。当这样的分子与其他分子靠近时，其 HOMO 轨道上的电子可能会转移到其他分子的 LUMO 轨道上，从而形成电荷转移复合物，产生额外的分子间作用力，使分子间的结合更加紧密126.
LUMO 能级较低时：分子的 LUMO 能级较低，说明其对电子的亲和力较强，容易接受电子。当它与具有较高 HOMO 能级的分子接近时，能够更容易地接纳对方提供的电子，进而促进分子间的电子转移，增强分子间的相互作用128.
影响分子的极化与诱导偶极矩

**HOMO 能级影响分子的电子云分布：**HOMO 能级较高的分子，其电子云相对更容易发生变形和极化。当与其他分子相互作用时，该分子的电子云会在其他分子的电场作用下发生偏移，产生诱导偶极矩，从而增加分子间的吸引力，即诱导力.
LUMO 能级影响分子接受电子的能力：LUMO 能级较低的分子，由于其更容易接受电子，在与其他分子相互作用时，可能会使其他分子的电子云向其偏移，导致其他分子产生诱导偶极矩，进而增强分子间的作用力.
对分子轨道重叠与共价键形成的作用

**HOMO 与 LUMO 轨道重叠程度：**当两个分子靠近时，它们的 HOMO 和 LUMO 轨道可能会发生重叠。如果 HOMO 和 LUMO 的能级匹配较好，轨道重叠程度较大，电子可以在两个分子之间更有效地共享，从而形成共价键或类似共价键的相互作用，增强分子间的结合力。这种轨道重叠程度与 HOMO、LUMO 的能级以及分子的几何结构等因素都有关系57.
能级差对轨道重叠的影响：HOMO 与 LUMO 之间的能级差也会影响分子轨道的重叠程度。一般来说，能级差较小，电子从 HOMO 跃迁到 LUMO 所需的能量就较低，轨道重叠的可能性和程度就会增加，有利于形成更强的分子间作用力。相反，能级差较大时，轨道重叠相对困难，分子间作用力也会较弱17.
与分子间作用力类型的关联

**与范德华力的联系：**范德华力包括色散力、诱导力和取向力。HOMO 和 LUMO 能级通过影响分子的极化率和电子云分布，对色散力和诱导力产生影响。较高的 HOMO 能级和较低的 LUMO 能级会使分子的极化率增大，从而增强色散力和诱导力，进而影响分子间的范德华力大小.
与氢键的关系：在氢键的形成过程中，虽然主要是氢原子与电负性较大的原子之间的静电相互作用，但 HOMO 和 LUMO 能级也会间接影响氢键的强度。例如，给体分子的 HOMO 能级较高时，其氢原子上的电子云密度相对较大，更容易与受体分子形成氢键；受体分子的 LUMO 能级较低时，对氢原子的吸引力更强，也有助于氢键的形成和稳定 。

想细看的化建议看这个链接http://sobereva.com/131和绘制NAO轨道http://sobereva.com/134

对于计算原子轨道的贡献，最建议用其中的NAO方法（自然原子轨道方法）关于文献《含哒嗪功能结构酰胺醚类化合物的合成及其缓蚀性能的实验评价与理论模拟》中表3-5的数据应该是要在计算结构和频率的时候加上NAO的参数才会在log文件中看到，后续我会再算一遍

结构优化和频率计算的时候都可以加：

结构优化与 NAO 计算结合
- 如果你想在结构优化过程中同时考虑 NAO 相关的计算，可以在结构优化的输入文件中直接添加pop = nboread和$NBO NAOMO $END这两个部分。
- 优点是可以在优化结构的同时得到 NAO 相关信息，用于分析结构和电子结构之间的关系。例如，通过 NAO 分析了解原子轨道在分子轨道中的占比变化如何影响分子的几何结构优化过程。
- 缺点是会增加计算量和计算时间。因为在结构优化的每一步迭代过程中，都需要额外进行 NBO 分析来获取 NAO 相关的数据。
频率计算与 NAO 计算结合
- 同样地，在进行频率计算时，也可以添加pop = nboread和$NBO NAOMO $END来计算 NAO。
- 当进行频率计算时，通常是在已经优化好的结构基础上进行的。这样得到的 NAO 信息可以用于研究分子的振动模式与原子轨道成分之间的关系。例如，分析某些振动模式下，特定原子轨道成分的变化对振动频率的影响。
- 计算频率本身也需要一定的计算资源，再加上 NAO 计算，计算量会相应增加。

无论是结构优化还是频率计算，添加 NAO 计算参数的方式是一样的（即添加pop = nboread关键词和$NBO NAOMO $END指令），具体选择取决于你的研究目的。如果更关注结构变化过程中的电子结构变化，可在结构优化时计算；如果想了解振动过程中的电子结构变化，就在频率计算时添加 NAO 计算参数。

3.结合multiwfn计算NAO方法分析原子轨道，壳层，原子的贡献

细看也是再该链接http://sobereva.com/131学的，这里我值说明NAO部分的分析

在multiwfn中打开计算完成的log文件，然后输入命令：

8//Orbital composition analysis

7//进入NAO分析模块

选0再输入分子轨道序号就能输出这个分子轨道的详细成份信息。输出哪些项可以通过2 Select output mode选项来控制，默认是只输出贡献大于0.5%的Cor和Val型的NAO和壳层

比如我选择2

在这里插入图片描述
此时根据需要选择，比如我选的

最后可以看到Rydberg composition=0.015%，比较小，说明对这个轨道做NAO轨道成份分析是有意义的.后续应该是观察需要了解那个轨道的原子贡献，然后再统一用软件的计算方法导出结果。

4.multiwfn+VMD绘制HOMO和LUMO轨道步骤

1.获取并操作fchk文件//在三章二节讲到如何获取，这里就不赘述了

将fchk文件复制到multiwfn下载的目录下

在这里插入图片描述
查看showorb.bat文件内容如下

Multiwfn 1.fch < showorb.txt
move /Y *.cub "E:\software\VMD"

因此将car2suc8.fchk的名称也改成1.fchk

2.在multiwfn中计算分子的HOMO和LOMO轨道和能量数据

在multiwfn软件中打开1.fchk文件，下面操作指令

0//可以看到分子界面和轨道的信息如下（建议建立一个文件将其保存好，后续会用到）文件不要乱放，命名好。

 Note: Orbital   186 is HOMO, energy:   -0.235576 a.u.   -6.410360 eV
       Orbital   187 is LUMO, energy:   -0.064433 a.u.   -1.753304 eV
       HOMO-LUMO gap:    0.171144 a.u.    4.657057 eV    449.337779 kJ/mol

主要是查看轨道数，如上便是186，187.及其能量，到时候可以列表之类的

再在multiwfn目录下打开showorb.txt文件，大概如下所示

200
3
20-30//186-187
2
1

将第三行数据改成之前算的轨道数据186-187

在这里插入图片描述

双击showorb.bat文件，会在如上图的目录下生成两个轨道文件orb000186/187.cub

3.配置orb的运行环境

在这里插入图片描述

如此，计算HOMO和LUMO轨道的环境搭建完成

4.在VMD中对轨道分子进行图形界面的导出以及表征

打开VMD,在程序中输入

orb 186//HOMO轨道

在这里插入图片描述

图形优化

在这里插入图片描述

修改分子电子密度大小//默认应该是0.05，调到0.03会变大

在这里插入图片描述

后续要修改也可以自己来调节

orb 187//LUMO轨道类似

5.导出图片

导出高精度图片看如下图（下图是car2suc8的HOMO）

在这里插入图片描述

carsuc8(LUMO)

在这里插入图片描述

五、轨道权重福井（Fukui）函数

看此链接即可http://sobereva.com/533

该方法其实也可以画图，但是我按照链接中的方法画不出图，所以直接看数据即可，具体的可直接参考文献http://www.cjcu.jlu.edu.cn/article/2024/0251-0790/0251-0790-2024-45-10-97.shtml中的表3-7，以及图10

打开multiwfn软件，打开.fchk文件

22 //计算概念密度泛函框架下定义的各种量

在这里插入图片描述

4//的功能类似于设置精度

5//选了之后就会根据当前的Δ参数以及轨道能级输出计算f+时用的最低10个空轨道以及计算f-时用的最高10个占据轨道的权重值。如果低能占据轨道或高能空轨道的权重过高，有时可能就不太合理了，因而需要适当减小Δ参数(调整4的参数可以改变这个权重值)

在这里插入图片描述

该图最上面的HOMO energy数据可参考文献表6和图11进行对照（应该在共晶中可以列出）。

6//该选项的值即是上述参考文献表7的值（注意没有H原子的值，应该是分子轨道中H原子过轻导致）

在这里插入图片描述

大概长上述这样，到时候列表把H去掉

7//选项就是画图了，但是老师画不出好的效果图，所以做吧，后面有人要研究的话接着研究即可。

按照如上操作即可跑出跟文献一样的表了。

六、共晶能够提高药物水溶性主要基于以下几方面原理：

改变晶体结构与晶格能
• 药物分子在形成共晶前，其自身晶体结构具有特定的晶格排列，晶格能相对较高，分子间作用力较强，使得药物分子在水中溶解时需要克服较大的能量障碍。而当药物与合适的共晶形成物形成共晶后，会构建出一种新的晶体结构，这种新结构的晶格能相较于原药物晶体往往有所降低。晶格能降低意味着药物分子从晶体状态进入溶液状态时需要克服的能量阻碍减小，从而更易于溶解在水中，提高了水溶性。
破坏原有分子间作用力
• 药物分子本身可能存在如氢键、范德华力等较强的分子间作用力，这些作用力使得药物分子紧密聚集在晶体内部，不利于水分子与药物分子相互作用并使其溶解。在形成共晶的过程中，药物分子与共晶形成物之间会产生新的分子间相互作用，比如形成新的氢键等，这样就改变了原有的分子间作用模式，打乱了药物分子原本紧密的堆积状态，使得水分子能够更顺利地插入到药物分子之间，促进药物的溶解，进而提高药物在水中的溶解度。
调节药物分子的极性
• 部分药物分子极性较低，与水分子之间的亲和力较弱，所以水溶性较差。共晶形成物的选择通常可以是一些极性相对较强的化合物，当它们与药物形成共晶后，能够在一定程度上调节整个共晶的极性，使其整体极性更趋近于水分子的极性，增强了共晶与水分子之间的相互作用，便于水分子将共晶中的药物分子包裹、分散，最终实现提高药物水溶性的效果。
改变药物的溶出行为
• 从溶出动力学角度来看，药物共晶可以改变药物的溶出速率和程度。共晶的形成改变了药物的表面性质、粒径大小等物理特性，使其在接触溶剂（水）时，有更大的比表面积暴露出来，加快了水分子与药物分子接触、作用的速度，使得药物能更快地从共晶状态进入到溶液状态，也就是提高了药物的溶出性能，间接提升了药物的水溶性。

子原本紧密的堆积状态，使得水分子能够更顺利地插入到药物分子之间，促进药物的溶解，进而提高药物在水中的溶解度。
调节药物分子的极性
• 部分药物分子极性较低，与水分子之间的亲和力较弱，所以水溶性较差。共晶形成物的选择通常可以是一些极性相对较强的化合物，当它们与药物形成共晶后，能够在一定程度上调节整个共晶的极性，使其整体极性更趋近于水分子的极性，增强了共晶与水分子之间的相互作用，便于水分子将共晶中的药物分子包裹、分散，最终实现提高药物水溶性的效果。
改变药物的溶出行为
• 从溶出动力学角度来看，药物共晶可以改变药物的溶出速率和程度。共晶的形成改变了药物的表面性质、粒径大小等物理特性，使其在接触溶剂（水）时，有更大的比表面积暴露出来，加快了水分子与药物分子接触、作用的速度，使得药物能更快地从共晶状态进入到溶液状态，也就是提高了药物的溶出性能，间接提升了药物的水溶性。