Mrbayes使用形态学数据构建系统发育树

lyyy98

已于 2022-07-29 11:50:15 修改

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分类专栏： MrBayes 文章标签： mr

于 2021-10-30 16:52:02 首次发布

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首先，注意将数据格式改好，形态学数据 DATATYPE=standard，SYMBOLS包含特征的所有状态。
在这里插入图片描述
在文本文件后面加入以下命令：

BEGIN MRBAYES;
set autoclose=yes nowarn=yes;
LSET coding=variable rates=gamma;
mcmc ngen=1000000 samplefreq=1000 printfreq=10000;
sump Burninfrac=0.25;
end;

然后打开 MrBayes.exe，输入exe 文件名.nex，回车即可(MrBayes.exe和文件放在同一个文件夹)
注：
rates=gamma //可以忽略，因为软件默认使用的进化速率就是gamma模型；
ngen=1000000 //这里运行代数100万代。物种数少于30个，100万差不多够了，较大的数据集建议1000万或者更多，代数越多越准确，但是代数越多运行时间也是越长的；
samplefreq=1000 //采样频率，一般设置为1000；
Burninfrac=0.25 //燃烧率25%，就是将运行的前25%样本删掉，因为一开始采样不稳定，采到的样本不准确。