lyyy98-CSDN博客

原创 ggtree/FigTree可视化系统发育树及bootstrap值

1.ggtree代码如下：library(ggtree)library(ggplot2)library(ape)library(phytools)library(maps)#读入一致树tree<-read.nexus(file="E:/paup4/paup/25tax50feature_cons.tree")#可视化，geom_nodelab()添加bootstrap值ggtree(tree)+geom_tiplab(size=4)+geom_nodelab(hjust=-0.05

2022-04-01 17:28:21 5121

原创如何使用TNT构建系统发育树

点击 analyze – new technology search/traditional search。打开 tnt.exe，点击 file – open input file 导入 .tnt 文件。点击 data – save data，导出结果。第一个62代表特征数，第二个34代表物种数。

2022-04-01 16:13:45 2423

原创 python如何调用MrBayes.exe

用os.popen()可以实现完整代码：import osdef run_MrBayes(): my_exe_path = r'D:\MrBayes-3.2.7-WIN\bin\mb.3.2.7-win64.exe' my_txt_path = r"D:\MrBayes-3.2.7-WIN\bin\test.nex" cmd = my_exe_path + " " + my_txt_path os.popen(cmd)run_MrBayes()注意：运行Mr

2022-03-12 09:54:19 1457

原创 File was loaded in the wrong encoding:UTF-8(python)

Reload其他编码试了很多次，依然出错突然反应过来，可以直接改文件的编码方式，用sublime打开，file-- save with encoding --UTF-8重新打开OK啦

2021-11-23 17:41:16 779

原创马尔可夫蒙特卡洛方法（MCMC）简单理解

标题转换到我们可操作的地方http://www.360doc.com/content/16/0312/16/25664332_541600694.shtml

2021-11-23 15:33:33 8259

原创 Mrbayes使用形态学数据构建系统发育树

首先，注意将数据格式改好，形态学数据datatype=standard读入数据使用prset设置模型的先验信息：prset statefreqpr设置字符平衡频率的先验概率，现在数据是0、1两个字符，所以我然而说要10个，我设置两个不对？？确实不知道为啥，但是改一下试试成了！！不过说我7个字符有问题，先不管再输入 mcmcp savebrlens=yes ngen=100000 samplefreq=1000 nchains=4;最后输入 mcmc有结果啦。。结果出来了，但

2021-10-30 16:52:02 1956 6

原创序贯蒙特卡洛的粒子简并性问题

粒子路径简并性问题：对于任何固定的k<n(n是总迭代次数)，代表pθ(dx0:k∣y0:n)p_θ(dx_{0:k}|y_{0:n})pθ(dx0:k∣y0:n) 的不同样本的数量随着n的增加而减少。

2021-10-29 15:11:23 223

原创生物中的超度量树(时钟树)，非时钟树

超度量：如果一棵树满足以下属性，那么它是超度量的：对于任何顶点v∈V，我们对于v的所有后代x，x’ 都有b(v，x)=b(v，x’) （b(v, x’)表示节点v与x’之间分支长度之和），如下图所示，这个假设意味着沿着从v到它的所有后代的路径有一个恒定的进化速率。个人理解这也就是时钟树的意思。非时钟树：要是不做超度量假设，产生的树称为非时钟树。例如：b(v，x)=0.4，b(v，x’)=0.5...

2021-09-25 22:04:54 1698 1

原创系统发育树的构建方法介绍及数据问题等（古生物形态学数据）

文章目录前言一、相关背景1.1 数据类型（本文介绍常见的两种）1.2 建树流程二、数据问题2.1数据集缺失2.2 数据不可适用问题三、建树方法介绍3.1简约法3.2似然法3.3贝叶斯法四、树如何进行最优化搜索4.1最近邻交换（NNI）4.2子树修剪和嫁接（SPR）4.3树分割和重连（TBR）五、系统发育树度量指标5.1树长5.2一致性指数5.3RF距离存在问题前言本文是古生物谱系建树相关内容分享。注：不论是古生物形态学数据或DNA数据，就建树方法来说是一样的，所以本文中也用DNA数据的例子。一、

2021-09-19 16:39:26 17572

原创 pycharm配置好运行环境却运行出错

pycharm配置好运行环境却运行出错选好虚拟环境运行代码出错错误原因解决选好虚拟环境我的虚拟环境phylo-master。运行代码出错运行我的runner.py报错：no module named numpy???检查一下：有numpy，也不是版本问题。错误原因压根没进入虚拟环境。。。解决从terminal一步步进入虚拟环境（我的是phylo-master，根据自己的虚拟环境替换），然后activate激活可以看到有 (phylo-master) 了，表示进入了虚拟环境

2021-09-14 17:29:31 589

原创树的分支交换操作（NNI,SPR,TBR）

（1）NNI 对树进行NNI 操作﹐首先从树中选择一条内部边，然后分别从与该内部边的两个端点相连的两个子树或者叶子节点中选择一个进行交换。（2）SPR 对树进行SPR操作﹐首先从树中任意选择一条内部边，将其剪断，这样整个进化树被分为两部分，即修剪下的分支和剩余的树，剪下的分支的断点随后被嫁接到剩余树。（3）TBR 对树T进行TBR操作﹐首先从进化树中任意选泽一条边，将其删除，这样当前进化树被分割成两个子树，然后通过连接任意这两个子树的边将其连接在一起，从而产生不同的拓...

2021-09-08 16:23:03 1041

原创 downloaded binary packages are inC:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpKwvpHC\downloaded_pac

install.packages("devtools") 报上面的错，试了各种各样的方法，都不行。。。气死解决：R版本从 3.6.2 改为 4.1.0然后library()终于有了，呜呜呜呜呜

2021-06-28 22:07:15 2041

原创合一树，超树

合一树：从一组基础树（例如简约法产生的一堆简约树）中总结归纳出的一棵树称为合一树。超树：不同数据集包含的OTU有部分重叠时，总结这些基础树的系统树称为超树。举例：红绿 +绿蓝红绿蓝（没找到树的图，看不懂请略过）补充：OTU:就是分类单元；基础树：直接分析原始数据集产生的系统树称为基础树；...

2021-06-23 22:48:20 612

m0_52603998的博客