Python调用PyMol

1. 下载pymol：PyMOL | pymol.org

2. 完成安装

3. 找到下图所示的Prompt， 并运行pymol -R命令打开pymol server

        

 4. 可以使用如下的简单代码运行pymol

from rdkit.Chem import PyMol
from rdkit import Chem

v= Chem.PyMol.MolViewer()
rdmol = Chem.MolFromSmiles('C')
v.ShowMol(rdmol, name='mol')
v.SaveFile('mol.pkl')

附：

需要下载python rdkit库：conda install -c conda-forge rdkit