PyMol Python API

PyMol还提供了一个Python API，它允许您从一个PYhon脚本访问所有PyMol功能。所有PyMol命令都封装为“PyMol”模块中封装的PyMol.com类中的Python函数。调用这些函数可以执行任何分子可视化任务。

1. 显示结构

pdf_file = 'pdb1ns6.ent'
pymol.cmd.load(pdf_file)
pymol.cmd.hide('everything')
pymol.cmd.color('gray')
pymol.cmd.bg_color("white")
pymol.cmd.show('cartoon') # surface,sticks,cartoon
pymol.cmd.set('cartoon_transparency',0.5)
pymol.cmd.save('pdb1ns6_1.pse')

pdb1ns6_1.pse 可以用pymol打开查看

2.标记选定的氨基酸

res_idx = [1,2,3,8]
sel = '+'.join(str(idx) for idx in res_idx)

pymol.cmd.select('C1','resi ' + sel)
pymol.cmd.show('sticks','C1')
pymol.cmd.color('red','C1')

pymol.cmd.label('n. CA and i. '+sel,'resi')

pymol.cmd.set('label_size',15)
pymol.cmd.set('stick_radius',0.5)
pymol.cmd.set('stick_transparency',0.5)

pymol.cmd.save('pdb1ns6_2.pse')

3. 显示结构准确性

pdf_file = 'pdb1ns6.ent'
pymol.cmd.load(pdf_file)

pymol.cmd.hide('everything')
pymol.cmd.color('gray')
pymol.cmd.bg_color("white")
pymol.cmd.show('cartoon') # surface,sticks,cartoon
pymol.cmd.set('cartoon_transparency',0.5)

pymol.cmd.spectrum('b','rainbow_rev',minimum = 10,maximum = 50)
pymol.cmd.save('pdb1ns6_3.pse')

 B因子越高, “模糊度”越大, 相应部位的构象就越不稳定. 红色（稳定）- 紫色（不稳定）

 4. 选择配体

pymol.cmd.hide('everything')
pymol.cmd.color('gray')
pymol.cmd.bg_color("white")
pymol.cmd.show('cartoon') # surface,sticks,cartoon

pymol.cmd.set('cartoon_transparency',0.5)

# 文本方式打开pdb文件，查找到HEM为147和142位。
#pymol.cmd.select("ligand","resi 147+142")

pymol.cmd.select("ligand","resn HEM")

#pymol.cmd.show("spheres","ligand")
#pymol.cmd.set('sphere_scale',0.5)

pymol.cmd.show("sticks","ligand")
pymol.cmd.set('stick_radius',0.5)

pymol.cmd.color("black","ligand")
pymol.cmd.set('sphere_transparency',0.5)

pymol.cmd.save('pdb1ns6_4.pse')

参考：

https://pymol.org/pymol-command-ref.html

https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?id=api:cmd:alpha

http://pymol.chenzhaoqiang.com/intro/startManual.html