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原创如何在 CentOS linux操作系统中将路径全显示并设置为彩色--bash shell中

如何在 CentOS linux操作系统中将路径全显示并设置为彩色--bash shell中

2022-06-19 22:29:11 1060 1

原创 [bowtie2, libtbb.so.2]error while loading shared libraries: libtbb.so.2: cannot open shared object

在进行DNA甲基化分析的时候，运用bismark做比对。1 建立索引：#bismark_genome_preparation用于建立索引bismark_genome_preparation --path_to_aligner /lustre/home/acctagrfyd/agrfyd/.conda/envs/py3.7/bin/ --verbose /lustre/home/acctagrfyd/agrfyd/brassica/methylation/clean/#--path_to_aligne

2021-12-30 16:08:08 1719 1

原创 NCBI下载原始测序数据及SRA格式转换为fasta

NCBI下载原始测序数据在ncbi里面的SRRXXXX下面找到data access下载之后是SRA格式，是二进制文件，这时候就要用到SRAToolKIT~/sratoolkit/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728#生成两个fastq文件（--split-files），其中包含“ .1”和“ .2”读取对（-I），用于配对端数据3.这时候得到的是fastq格式的数据，再用工具转换成fasta格式的文件1 linux下直接： sed -n '

2021-03-29 21:41:19 4911 3

原创解决已经下载了包但是报错ModuleNotFoundError: No module named ‘bx.interval’

解决已经下载了包但是报错ModuleNotFoundError: No module named ‘bx.interval’在跑hic-pro的test文件的时候，总是在一步卡住，追溯到log文件显示：前面显示的是from intervals import intersection in啥啥的，然后就显示没有这个‘bx.intervals’的模块。ModuleNotFoundError: No module named 'bx.intervals'错误的尝试那查询了一下，说可能就是bx-pyt

2021-03-27 21:56:17 2161 1

原创字符串

#字符串的比较`单字符串比较>>> A='a'>>> B='b'>>> A>BFalse>>> A='1'>>> B='2'>>> A>BFalse>>> A<BTrue>>> A==BFalse#多字符串比较从0的位置开始比较，比较并行的两个单字符>>> 'ab'>'abc'False

2021-03-25 21:58:56 78

原创浮点数和复数

浮点数int()#可以将浮点数转化为整数round（）#可以将小数部分四舍五入math.floor()#math.ceil()#可以将浮点数转换为最邻近的整数floor()#仅仅保留整数ceil（）#小数部分一律向整数部分进位float.as_integer_ratio(x)#浮点数的小数表示可以使用float.hex()#将浮点数以16进制形式表示为字符串复数#复数由实数和虚数部分组成z=-3.2+5.4jz.real,z.img(-3.2,5.4)z.conjugate

2021-03-24 21:42:49 756

原创 hicpro在mergeSAM报错的检查过程

hicpro.out$ cat r_hicpro.out Run HiC-Pro 3.0.0--------------------------------------------Wed Mar 17 10:45:59 CST 2021Bowtie2 alignment step1 ...Logs: logs/sample/mapping_step1.log--------------------------------------------Wed Mar 17 13:05:18 CS

2021-03-18 21:21:13 1950 7

原创 2021-03-18

linux一些学习心得sh 和 py结尾的都是脚本文件，一般放在scripts文件夹里面，可以运行。例如最近用到的mergeSAM.py ,cat打开以后可以看到详细的使用参数：def usage(): """Usage function""" print("Usage : python mergeSAM.py") print("-f/--forward <forward read mapped file>") print("-r/--reverse &lt

2021-03-18 21:05:44 81

原创 hic-pro运行报错Makefile执行过程中出错：make: *** No rule to make target ` ‘Stop

hic-pro运行报错Makefile执行过程中出错：make: *** No rule to make target ` ‘解决办法：创建了指定路径，把相关文件移动进去

2021-03-16 21:35:36 820

原创 The ‘ice‘ command is not in your path. Please check where the ‘iced‘ python

The ‘ice’ command is not in your path. Please check where the ‘iced’ python在运行hic-pro软件后，确定传参都没有问题，但是报错找不到ice:The ‘ice’ command is not in your path. Please check where the ‘iced’ python.错误原因：指定的python下没有ice包解决办法：打开软件对应环境，找到安装hic-pro时候运用的python，pip3 下载ic

2021-03-16 21:27:10 215

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