NCBI下载原始测序数据及SRA格式转换为fasta

NCBI下载原始测序数据

1. 在ncbi里面的SRRXXXX下面找到data access
   
2. 下载之后是SRA格式，是二进制文件，这时候就要用到SRAToolKIT

~/sratoolkit/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728
#生成两个fastq文件（--split-files），其中包含“ .1”和“ .2”读取对（-I），用于配对端数据

3.这时候得到的是fastq格式的数据，再用工具转换成fasta格式的文件

1 linux下直接： sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' in.fastq > out.fasta
2 perl:  perl -ne 'y/@/>/;print($_.<>)&&<>&&<>' your_file.fastq > output_file.fasta
3 seqtk包下载（bioconda），seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta
4 在线网址： https://test.galaxyproject.org/
#这边用的是方法3

这样就会把SRA格式的文件变为read1和read2两个文件，后续再进行过滤。