NCBI下载原始测序数据及SRA格式转换为fasta

最新推荐文章于 2025-01-09 14:20:54 发布
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NCBI下载原始测序数据

  1. 在ncbi里面的SRRXXXX下面找到data access
    在这里插入图片描述
  2. 下载之后是SRA格式，是二进制文件，这时候就要用到SRAToolKIT
~/sratoolkit/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728
#生成两个fastq文件（--split-files），其中包含“ .1”和“ .2”读取对（-I），用于配对端数据

3.这时候得到的是fastq格式的数据，再用工具转换成fasta格式的文件

1 li
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在进行二代测序数据分析时，如何利用SRAToolkit从NCBI SRA数据库下载特定的测序数据集，并完成序列读取和比对信息分析？
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要从NCBI SRA数据库下载特定的二代测序数据集并进行后续分析，你可以遵循以下详细步骤： 参考资源链接：[NCBI SRA数据库操作指南：从查询到下载测序数据](https://wenku.csdn.net/doc/57tm0nutaa?spm=1055.2569.3001.10343) 首先，确保你已经安装了SRAToolkit。你可以根据你的操作系统下载并安装相应的SRAToolkit版本。例如，对于CentOS系统，可以通过以下命令来下载和安装： ```bash wget *** *** *** ``` 安装完成后，你可以使用`prefetch`命令下载特定的SRA数据集。例如，如果你想下载SRR号为SRR123456的运行数据，可以使用以下命令： ```bash ./prefetch SRR123456 ``` 下载完成后，使用`srapath`命令可以将下载的SRA文件转换为更易于处理的文件格式，比如FASTQ。例如： ```bash ./srapath SRR123456.sra ``` 转换完成后，你将得到一个或多个FASTQ格式的文件。这些文件包含了测序读取的序列数据，现在你可以使用序列比对工具如BWA或Bowtie2来进行序列读取和比对信息分析。以下是使用BWA进行比对的一个示例： ```bash bwa index reference.fasta bwa mem reference.fasta SRR123456.fastq > SRR123456.sam ``` 最后，你可以使用samtools工具将SAM格式的比对结果转换为BAM格式，并进行排序： ```bash samtools view -Sb SRR123456.sam > SRR123456.bam samtools sort SRR123456.bam -o SRR123456.sorted.bam ``` 这些步骤将帮助你从NCBI SRA数据库下载特定的二代测序数据集，并进行序列读取和比对信息分析。在开始之前，建议你参考《NCBI SRA数据库操作指南：从查询到下载测序数据》这本书籍，以获得更深入的理解和操作指南。这本书详细介绍了NCBI SRA数据库的使用方法，包括数据的搜索、下载、转换以及后续的分析步骤，适合希望提高二代测序数据分析能力的读者。 参考资源链接：[NCBI SRA数据库操作指南：从查询到下载测序数据](https://wenku.csdn.net/doc/57tm0nutaa?spm=1055.2569.3001.10343)
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