在进行DNA甲基化分析的时候,运用bismark做比对。
- 建立索引:
#bismark_genome_preparation用于建立索引
bismark_genome_preparation --path_to_aligner
/.conda/envs/py3.7/bin/ --verbose
/brassica/methylation/clean/
#--path_to_aligner 选择bowtie2的文件夹,--verbose输出文档
but,遇到问题输出error报错:error while loading shared libraries: libgd.so.2: cannot open shared object
error while loading shared libraries: libgd.so.2: cannot open shared object
各种建立软链接的方式都用了,结果又报错
symbol lookup error: /lustre/home/acct-
/.conda/envs/py3.7/bin/bowtie2-build-s: undefined symbol: _ZTIN3tbb4taskE
最后,通过查阅,降低libtbb的版本:
conda install tbb=2020.2
即可解决,提前删掉本有的tbb噢在环境文件夹lib中的。