matlab脑电图绘画：2D头皮电位拓扑图和3D皮质层拓扑图

今天刚好又再等实验数据，那我就来分享一下最近写论文所涉及到画图的知识好啦！

1. 本文涉及的背景：

        a. 针对脑电正问题模型，设置电偶极子强度计算了头皮电位，为了直观显示绘制了2D的头皮电位拓扑图；

        b. 分别激活不同偶极子，分析各偶极子引起头皮电位差的整体情况，分别计算了RDM（相对差异度）和MAG（放大系数），为了直观显示各电偶极子对RDM和MAG的影响情况，需要绘制3D皮层拓扑图。这个不知道大家是否能理解，如果不能理解那就只需要关注一句话，就是绘制了3D皮层拓扑图就是了。

2. 看本文最重要的是看清楚输入：

        a. 2D头皮电位拓扑图的输入是：eeglab读入的电极结构体和头皮电位向量

        b. 3D皮层拓扑图的输入是：源模型+各源点的RDM值（为：偶极子数*1的矩阵，也可以是你想要定义的各源点所对应的强度）

3. 所采用的函数：

        a. 2D电位电位拓扑图：eeglab中的topoplot函数

        b. 3D皮层拓扑图：fieldtrip自带函数ft_plot_mesh

     好了，现在准备工作做好了，可以开始了。首先，明明fildtrip里面自带了函数，为什么我要介绍呢？因为再我作图的时候发现：fiedtrip教程中给的作图教程虽然两个图形都包含了，比如可以用函数 ft_topoplotER 但是它的输入不直观，类似于如下的情况

也就是，我不能直接输入我的头皮电位向量值。所以我只好求助于eeglab的绘图函数了，3D图的话我则确实受了fieldtrip函数里面的教程的启发。

那我们直接上代码：

2D头皮电位拓扑图的绘制：

1）首先我们需要上eeglab的官网下载eeglab的工具包，下载链接如下：

https://eeglab.org/others/How_to_download_EEGLAB.html

下载好放在自己的路径下就好了。

2）用eeglab的函数 readlocs 读入导联的模板，比如：

chanlocs = readlocs('D:******\template\electrode\standard_1020.elc');

3）如果你的导联是经过对准后的，那么为了显示位置的准确性，你需要现更新自己chanpos的位置坐标。再这里我们需要注意：topoplot的坐标看的是 theta 和 radius 两栏。而我们fiedtrip中的坐标是用的xyz，因此需要将笛卡尔坐标系转化为极坐标系，而这个转化当然不是自己乱转了，我们采用eeglab自己写的函数 convertlocs 进行转换。代码如下：

 for i=1:channum
     chanlocs(i).X = elec_aligned.chanpos(i,1);
     chanlocs(i).Y = elec_aligned.chanpos(i,2);
     chanlocs(i).Z = elec_aligned.chanpos(i,3);
 end    % 将chanlocs的 xyz 用自己对准后的 xyz 替换

chanlocs = convertlocs(chanlocs, 'cart2all');   %将笛卡尔坐标系转化为极坐标系

4）最后输入chanlocs和自己的导联电位向量就行了

figure
topoplot(potential,chanlocs,'style','both','electrodes','on');

这样就可以画出头皮电位拓扑图了

至于标签什么的，就自己添一下就好了。

3D皮层拓扑图：

这个就很简单了，直接上代码：

ft_plot_mesh(sourcemodel,'vertexcolor',rdm); lighting gouraud; material dull;light

这里的输入一个是sourcemodel，一个是rdm，其中rdm的维度为偶极子数*1，其实就是表示sourcemodel里面每个pos点的强度就可了。其他也没什么可需要注意的了，直接上图。

感觉在这里写的时候好像很轻易似的，但是自己在下面研究的时候花了老鼻子劲了，fieldtrip的教程做得真的不咋地，他的站内搜索功能还时灵时不灵，让人很是无奈啊。今天写出来希望给能跟我一样苦恼的人一点帮助，如有问题也希望大家批评指正，谢谢！

-----------------------------------------------------思想觉悟的分割线----------------------------------------------------

好了正事讲完，这两天感触颇多，和大家共分享一下。

        首先，这两天刷了《觉醒年代》，跟着剧中的人物去经历，去悲喜。内心着实被深深震撼，为那个时代的友谊感动，为那个时代为了家国勇于献身的精神动容，为那个时代大家为了救国不断修炼自身品德的精神而振奋，也被那个时代的和而不同，极具包容性深深吸引，但是也为那个时代的种种病态现象而愤怒伤心……看完之后我想到了一句话：这是最坏的时代，也是最好的时代。那个时代动荡不堪，人民处于水生火热之中，是最坏的时代，却因为有这样一群可爱的人们而让人深深感受到了人性的美好！

        然后，我看到了大家在上面评论说：“你们看到了吗?你们所追求的时代已经来临”，我也不知道是不是真的来了。或许未必，他们所心向往之的那个时代至少应该是一个包容的时代，而现在呢？因为受不了学业压力而自杀的情况频频出现，云南劫持小学生的事件，复旦大学的事件……之前也在朋友圈看到一句话：这个世界好奇怪啊。把好好活着的人往死里逼，然后告诉想死的人好好活着。虽然我觉得无论生活给我们的是什么，我们都不应该轻生，但是当时看到这句话觉得感触和难过。总觉得这个看似言论自由，应该极具包容性的世界似乎比之前更压得人难以喘息，那些所谓的大家都赞同的生活方式深深包围住了我们，使我们不敢越雷池一步。每个人都被推着走，内卷越来越严重，但是有几个人真正问过自己最喜欢，最想要的是什么？

        有时候就在想这真的已经是他们想见的那个时代了吗？如果他们知道自己不惜牺牲生命换回来的和平年代，却有人不好好珍惜自己的生命会不会非常气愤，我们仲甫先生那样的真性情会不会直接破口大骂？这明明应该是一个自由的时代啊，为什么我们却看不到那片广阔的天地？仅仅因为眼前的一时失意就想不开了，我很喜欢仲甫先生在狱里唱的苏轼先生的《定风波》，如果失意了，那“何妨吟啸且徐行”呢？

        最后，我觉得没有接触过那便没有话语权，不管是什么，唯心主义也好，形而上也好，如果你要批评它那便先了解它，仲甫先生对儿子陈延年说的不凡放开眼界多接触一些新思想，愿与诸君共勉！