fieldtrip学习——1.坐标系介绍（ctf坐标系和acpc坐标系简介)

-------------------------------------滴，菜鸟要从这里开始学习飞行啦！--------------------------------------------

今天刚好在跑程序就把我之前学习fieldtrip老碰到并且栽了好几次跟头的东西跟大家简单介绍一下啦。

我目前主要需要做的是头模型和源模型的搭建，以及正问题传导矩阵的搭建。

坐标的问题是贯穿这三者的非常重要的问题，坐标对不准将导致整个模型搭建的失败。

进行坐标系手动对准的时候主要要注意两点：坐标点的定位要准+坐标的方向是ALS（前左上）还是RAS（右前上）（右手定则），至此，准备完成啦！开始学习......

1. fieldtrip中关于坐标系的介绍链接：https://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined/     介绍得非常好，有疑问的时候可以看看。

2. ctf 坐标系介绍：lpa---左耳前、rpa---右耳前、nz---鼻根、z-point---头顶，定位好直接在键盘输入l,r,n,z即可。其方向是ALS，下面是定位介绍：

（来源链接：https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/CoordinateSystems）

我定位的时候主要看的是：解剖图像应该差不多一样，然后请注意：

        1）左右耳前的定位中的两条切线，这个对定位非常重要。

        2）鼻根不是在凹陷处，而是在凹陷处上面一点。

        3）头顶的话比较简单，定到顶点，然后注意从后面看应该在中线上。

        4）定位的时候还应注意看清解剖图像的方向，不要把左右耳弄反了，当然对准后必须要进行坐标系检查，后面代码介绍的时候会讲。

3. acpc 坐标系介绍： 前联合（a），后联合（p），顶点（z），右耳（r）。其方向是RAS，坐标定位如下：

（有一个维基网的介绍，写得非常清晰，但是很遗憾我好像没保存，如果后面我查到了补充在评论里面）

这个是应该算是一个比较权威的介绍图片了，acpc的定位其实只要学会了很好进行定位，还应该注意一点就是，从脑袋后面看的那个解剖图片的定位点应该在中线上。

这是我按照平时学习的记录进行整理的，希望对大家有一点点帮助，如有疑问或者建议欢迎大家留言。

4. 然后是fieldtrip里面的对准代码：（fieldtrip教程里面有）

% 1. ctf realign
% x轴：原点指向鼻根
% y轴：原点指向左耳
% z轴：原点指向头顶
cfg = [];
cfg.coordsys = 'ctf';
cfg.method = 'interactive';
mri = ft_volumerealign(cfg,mri);
mri = ft_determine_coordsys(mri,'interactive','yes');     %检查坐标系是否设置正确


% 2. acpc realign
% x轴朝右；y轴朝前；z轴朝上；原点AC
cfg = [];
cfg.method = 'interactive';
cfg.coordsys = 'acpc';
mri_acpc = ft_volumerealign(cfg, mri_rlc2);
mri = ft_determine_coordsys(mri,'interactive','yes');    %检查坐标系是否设置正确

第一段是 ctf 坐标系的对齐代码段，第二段是 acpc 坐标系的对齐代码段

这里非常非常重要的是两段代码的最后一句代码，用 ft_coordsys 函数进行检查，这是一个可视化检查，这一步非常非常非常重要！！！！！

最后说一下我为什么主要介绍了这两个坐标系，我目前是用 fieldtrip 里面的 ft_volumesegment 函数进行分割，然后进行头模搭建，然后用freesurfer进行源模搭建，然后载入 fieldtrip 进行后续计算。

so，ctf 坐标系相当于是 fieldtrip 所有模型的一个标准坐标系，也就是说所有模型对齐了它，那大家也就都对齐了。而，acpc 坐标系则是 freesurfer 所用的特定坐标系，故而需要将 ctf 坐标系下的MRI图片转换到acpc坐标系。

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最后，海纳百川，有容乃大。我写博客的目的是希望和大家相互学习交流，向大家介绍我学到的东西，也希望借此向大家学习，以补足自己存在的不足之处。可能会存在错误，故而，希望大家食用时请加入自己的思考，批评地看待他们。