[软件安装]在M1 macbook air 安装python生物信息多组学分析基本框架omicverse

最新推荐文章于 2025-02-13 15:19:08 发布

m0_58678512

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分类专栏：生信文章标签： python 开发语言 macos conda 数据分析

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_58678512/article/details/136148137

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本文详细介绍了如何在苹果M1芯片的设备上，避开Anaconda原生ARM版本的潜在问题，通过创建conda环境、安装必要的Python库（如torch、numpy和scipy），以及设置OmicsVerse并进行测试的过程。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

写在前面

苹果M系列芯片发布至今已经三年有余, 各种常见应用已经原生适配arm, 但是在一些领域仍然有很多未适配的软件. 尽管anaconda已经发布原生适配m1的版本, 但是在这里仍然建议安装intel版本, 安装原生arm版可能会出现各种个样的报错(我就踩了这个坑,最后不知道怎么办了, 把anaconda卸载了重新安装才弄好😭)

第一步 conda建立新环境

conda create -n omicverse python=3.8 
conda activate omicverse

上面代码里的omicverse仅作为环境的名字,可以换成任意的名字

python的版本要3.8 否则torch无法正常使用

第二步安装torch需要的模块

pip install numpy
pip install scipy

第三步安装pytorch

pip3 install torch torchvision torchaudio

第四步安装omicverse

pip install -U omicverse
pip install -U numba

第五步测试安装是否成功

打开jupyter notebook, 运行以下代码

import omicverse as ov
import pandas as pd
import numpy as np
import scanpy as sc
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns

#设定绘图格式，分辨率300dpi等
ov.utils.ov_plot_set()

出现以下运行结果提示安装成功