Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程

OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。欲了解更多信息，请阅读我们的论文：OmicVerse: A single pipeline for exploring the entire transcriptome universe

omicverse最初的名字是Pyomic，但我们希望涵盖整个转录组学的领域，因此将其改名为OmicVerse，旨在解决RNA-seq中的所有任务。目前omicverse已加入scverse生态。您可以在scverse的官网上找到我们。

安装前准备

OmicVerse可以通过conda或pypi进行安装，不过您需要先安装pytorch

为避免潜在的依赖冲突，建议在conda环境中安装。并使用pip install -U omicverse进行更新。

平台

在不同的平台上，最合适的安装方法有所不同。

• Windows：我们建议安装wsl子系统，并在wsl子系统中安装conda以配置omicverse环境。
• Linux：我们可以选择安装anaconda或miniconda，然后使用conda来配置omicverse环境。
• Mac Os：我们建议使用