孟德尔随机化问题:Error in if (out == “[]“) { : argument is of length zero

R语言中应用ieu数据库(IEU OpenGWAS project)进行在线分析,发现报错 “Error in if (out == "[]") { : argument is of length zero” ,应如何解决这一问题?

例如在提取数据运行代码

exposure_data <- extract_instruments(
  outcomes = "ieu 查询 GWAS ID",  # 指定 GWAS 数据集 
  p1 = 5e-08,                       # 过滤 SNP 的 p 值阈值
  clump = TRUE,                     # 进行 SNP clumping
  r2 = 0.001,                       # clumping 的 r^2 阈值
  kb = 10000,                       # clumping 的窗口大小
  opengwas_jwt = ieugwasr::get_opengwas_jwt() # 使用访问令牌
)

运行后出现报错

Error in if (out == "[]") { : argument is of length zero

将阈值  p1 = 5e-08, 放宽松至p1 = 5e-07或p1 = 5e-06,即可解决问题。

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