R语言中应用ieu数据库(IEU OpenGWAS project)进行在线分析,发现报错 “Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : argument is of length zero” ,应如何解决这一问题?
自2024年5月之后都需要设置 token 才可以继续访问ieu服务器。具体详见:Perform fast queries against a massive database of complete GWAS summary data • ieugwasr
步骤一:登录 https://api.opengwas.io/profile/
步骤二:生成一个新令牌<token>
步骤三:在R中更新TwoSampleMR包和ieugwasr包,并加载这两个包
#更新TwoSampleMR包和ieugwasr包
devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
install.packages("ieugwasr")
#加载R包
library(TwoSampleMR)
library(ieugwasr)
步骤四:复制粘贴token
#将获取的token复制在token处
Sys.setenv(OPENGWAS_JWT="token")
完成以上四步后,即可使用ieu的数据进行分析。再次分析重复以上复制粘贴token即可。
若仍无法使用,可以查看token是否过期。若token过期,则重新在官网申请即可。
#查看token信息
ieugwasr::user()