1.今天寻找CAFA3工具对以下格式文件进行数据处理
相关网站参见:
CAFA-evaluator: A Python Tool for Benchmarking Ontological Classification Methods,arXiv - CS - Performance - X-MOL
CAFA-evaluator:用于对本体论分类方法进行基准测试的 Python 工具 |生物信息学进展 |牛津学术 (oup.com)
卡法瓦尔 ·PyPI
CAFA-evaluator:用于本体分类方法基准测试的 Python 工具,arXiv - CS - Performance - X-MOL
遇到的问题记录:
1.试图下载cafaeval
pip install cafaeval
成功下载,但是无法正常使用
关于什么问题:
1)
说我可能python版本落后,但是我的版本是按照论文要求来的,可能论文不是按照这个方法安的cafaeval,或者下载的就不是cafaeval,虚拟环境下修改python可能略微麻烦,最后再说吧,保留意见。
2)
无疑版本最新,试了没有用。
3)
手动修复没有给出明确修改内容,看起来不靠谱,没有尝试。
4)
正在尝试ing
出现错误
重新寻找方法进行解决:
按照README要求先下载数据存储库:
下载成功
ls打开发现有setup.py文件,安装
最后安装cafaeval1.2.1成功
保险起见修改环境路径: