如何使用ICA(独立成分分析)来去除伪影

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#python #numpy #机器学习

本文介绍如何利用Python中的mne库实施独立成分分析(ICA)以去除伪影。ICA通过寻找时间独立和空间固定的信号分量，帮助识别并移除脑电(EEG)信号中的噪声。首先，从原始脑电信号[n_channel, times]开始，经过ICA处理，去除已识别的伪迹分量，最终得到无伪影的大脑活动信号。" 111668726,7888729,Python Numpy中的爱因斯坦求和约定,"['Python', 'Numpy', '矩阵运算', '向量运算', '科学计算']

关于使用ICA，可以采用mne的库来进行实现。具体可以查看官网：ICA使用

ICA的大致原理是：找到一个分解的矩阵，将原始数据分解成时间独立和空间固定的分量之和。然后先根据自己的经验去除伪迹分量，再通过将无伪影的ICA成分的总和投影回头皮。获得了无伪影事件相关的大脑信号。

今天我是想要记录如何将一个原始脑电信号【n_channel,times】进行ICA处理：

batch_channel = ['Fp1', 'Fp2', 'Fz', 'F3', 'F4', 'F7', 'F8', 'FC1', 'FC2', 'FC5', 'FC6', 'Cz', 'C3', 'C4', 'T7', 'T8', 'CP1', 'CP2', 'CP5', 'CP6', 'Pz', 'P3', 'P4', 'P7', 'P8', 'PO3', 'PO4', 'Oz', 'O1', 'O2', 'A2', 'A1']

types = ['eeg']*32

def butter_bandpass(low_cut, high_cut, fs, order=4):
    """
    :param low_cut: low frequency
    :param high_cut: high frequency
    :param fs: sampling rate of the signal
    :param order: order of the filter
    :return: numerator (b) and denominator (a) polynomials of the IIR filter
    """
    nyq = 0.5 * fs
    low = low_cut / nyq
    high = high_cu
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26、EEG信号伪影去除算法：基于信号统计和独立成分修正
water的专栏
08-06 35
本文提出了一种基于信号统计和独立成分修正的EEG信号伪影去除算法。该方法结合平均参考蒙太奇、滤波、ICA分解、伪影识别与消除以及信号重构五个步骤，有效去除眼动、肌肉、心脏等常见伪影。算法支持手动与自动两种伪影识别模式，利用欧几里得距离匹配噪声模板，并基于概率密度函数替换噪声段，具有较低的计算复杂度且无需额外参考通道。实验流程清晰，适用于提升脑电数据质量，为脑机接口和疾病诊断提供可靠信号基础。
Python专栏 | ICA应用：如何识别伪影信号？（三）
周毅航的博客
02-28 1218
系列文章目录 Python专栏 | 脑电图和脑磁图(EEG/MEG)的数据分析方法之载入数据 Python专栏 | MNE脑电数据(EEG/MEG)可视化 Python专栏 | MNE数据预处理方法——独立成分分析 Python专栏 | 独立成分分析(ICA)的实例应用：消除伪影信号 Python专栏 | ICA应用：如何识别伪影信号？（一） Python专栏 | ICA应用：如何识别伪影信号？（二） 持续更新中…… 文章目录系列文章目录Selecting ICA components using te.
脑电数据预处理八：基于 ICA 的伪迹去除
qq_32516809的博客
09-02 1343
摘要： 脑电图（EEG）数据分析中，伪迹（如眼电、心电、肌电）与脑电信号频谱重叠时，独立成分分析（ICA）成为有效工具。ICA通过盲源分离将混合信号分解为统计独立的成分，识别并移除伪迹后重建干净信号。MNE-Python实现步骤包括：数据预处理（滤波、坏导处理）、ICA分解、人工与自动结合识别伪迹成分、剔除后重建数据。实践建议强调人工检查的重要性，避免过度使用ICA，并保存模型以提高效率。该方法显著提升数据质量，为后续分析奠定基础。
MNE-python学习笔记——数据预处理
ahaoskr的博客
10-26 549
上一个笔记采用的时jupyter内嵌式显示，是因为作者的mne环境中python版本较高，存在不兼容问题，最好还是使用外部弹窗进行交互，可操作的部分也更多。它的目标是：从一堆混合信号中，找回原本相互独立的源信号。可根据眼动的心跳信号的具体特征：例如空间分布区域（如果集中在前额大概率为眼动信号）或者是频率分布（如果大部分在1~2HZ大概率为心跳伪迹）。第三行：官方将一，二独立成分规定为伪迹成分，但具体标记的细节未进行介绍。第四行：绘制被标记成分（1号、2号）的详细属性图，帮助验证是否真的是伪迹。
Python 中MNE库去伪迹(ICA)
zhoudapeng01的专栏
07-29 8398
脑电数据处理过程中如何去除伪迹是很重要的一个步骤，伪迹的处理主要包括眼电、心电、肌肉点以及工频干扰。实际处理过程中通过滤波0.5-45赫兹的带通滤波器可以去除掉大部分的噪音，在我接触到的实际脑电数数据中心电的伪迹大多数还真不是很明显，去伪迹的时候眼电的伪迹相对更加明显一些。MNE库中也有很多去伪迹的方法，这里给大家介绍一种ICA的方式。查看了一些文章，ICA在脑电数据处理中应用的也比较普遍。 采用ICA的方式去除伪迹，主要的工作就是分辨出ICA成分中的伪迹，实际上在你做完ICA后如果伪迹明显，还是很容
mne进行ica分析
m0_49015921的博客
03-10 2103
最近在做有关的项目，根据mne文档写的内容 就不写注释了。 import numpy as np import mne import matplotlib.pyplot as plt from mne.preprocessing import ICA from mne.time_frequency import tfr_morlet import pandas as pd from itertools import chain # Read the CSV file as a NumPy array
ICA独立成分分析去除EEG伪影
脑机接口社区
03-26 6295
目录介绍ICA假设方法组件投影实验数据样本移除眨眼和肌肉伪影一些严重污染的脑电数据 本分享为脑机学习者Rose整理发表于公众号：脑机接口社区(微信号：Brain_Computer).QQ交流群1：903290195(已满，请加群2)，群2：941473018 介绍 眼动，眨眼，肌肉，心脏和线的噪音会严重污染脑电图活动，这在脑电解释和分析中会产生非常严重问题。研究人员已经提出了许多方法来消除EEG...
脑电数据预处理-ICA去除伪影
脑机接口社区
11-09 4226
‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍ICA/BSS的理论与模型独立成分分析(ICA)是一种盲信号分离(Blind Signal Separation,BSS)方法。ICA可线性建模如下图所示.假设X为”通...
独立成分分析（Independent Component Analysis, ICA）详解
不迁怒，不贰过。小知识，大智慧。
12-01 6450
独立成分分析（ICA）作为一种强大的统计信号处理技术，广泛应用于多个领域，包括信号处理、图像分析、生物医学信号处理和语音分离等。通过从混合信号中提取出相互独立的成分，ICA不仅能够有效地去除噪声和伪影，还能实现盲源分离，帮助我们更好地理解和分析复杂的数据。在本文中，我们通过多个具体项目代码示例，展示了ICA在实际应用中的实现过程和效果。这些示例不仅为读者提供了实用的代码框架，也为深入理解ICA的理论基础和应用场景奠定了基础。
脑影像独立成分分析（ICA）的自动化流程
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
09-10 1590
我们提供了一个工具箱来完成建议程序的第二步，并通过生成与“运动功能”及其他九个脑功能系统相对应的ICA模板来演示我们的流程，从而产生与脑的灰质/白质边界非常吻合的ICA图。我们的工具箱以两种不同的文件格式生成数据：基于体积（Volumetric-based）的（NIFTI）和结合表面/体积（surface/volumetric）的文件（CIFTI）。与现有的10个模板相比，我们的程序输出的成分图在9/10的情况下至少有2倍的灰质对ICA z值的贡献，相对于白质体素。
使用独立成分分析来消除由视神经电刺激引起的视觉皮层React中的伪影
03-29
独立成分分析（Independent Component Analysis，ICA）是一种强大的统计分析技术，用于将多变量信号分解成加性子成分。这些子成分彼此相互独立，并且比原始信号更容易解释。在神经工程学和视觉假肢研究中，该技术被...
利用python-mne进行EEG数据分析(ICA拟合）
09-25
利用python-mne进行EEG数据分析——ICA拟合和去除眼电部分，可进行多个被试循环处理，jupyter notebook打开的文件。
【补充：脑电绘图教程 2】如何手动去除ICA伪迹分量
qq_40735196的博客
10-18 3731
ICA可以将脑电信号分解为多个IC分量，由每个分量的平均功率地形图可以看出哪些分量属于伪迹，去除伪迹分量后，即可得到“干净”的脑电信号。本教程主要总结如何人工识别出ICA伪迹分量，不涉及ICA的原理讲解。本教程的主要知识来源是ICLabel官网ICLabel致力于自动识别IC分量属于哪种伪迹，并标记伪迹占比，可以在eeglabel中很方便地使用。ICLabel给出了几种常见伪迹的特点，本教程主要是根据ICLabel给出伪迹特点，对自己的数据集手动去除伪迹，以更深入了解自己数据集的质量和伪迹特点。
EEGLAB系列教程5：数据预处理2（ICA去伪迹）
Chen Rui blog
12-18 7436
眨眼成分成分判断：眨眼成分在头皮地形图的前端分布；ERP图像中有小方块；随机分布；功率谱图中，低频能量高；成分排序较为靠前，像这个示例中，为IC3颜色的深浅有意义，但是红还是蓝无所谓，大红大蓝都可以的。眼动成分成分判断：眼动成分在头皮地形图的前端两侧分布，红蓝相对；在ERP图像中，长条状，红蓝相间；随机分布；在功率谱图中低频能量高分量排序靠前，但一般在眨眼后面，在该示例中为IC5.头动成分成分判断：头动成分在头皮地形图中分布在周围；在ERP图像中呈现长条状；
letswave7中文教程3：脑电数据预处理-ICA去除伪影
脑机接口社区
05-12 3537
目录ICA/BSS的理论与模型第5步：计算ICA矩阵第6步：识别伪影成分 本分享为脑机学习者Rose整理发表于公众号：脑机接口社区(微信号：Brain_Computer).QQ交流群：941473018 ICA/BSS的理论与模型 独立成分分析(ICA)是一种盲信号分离(Blind Signal Separation,BSS)方法。ICA可线性建模如下图所示. 假设X为”通道x时间”的脑电信号，S为”成分x时间”的源信号，A为混合矩阵。ICA的目的是找到混合矩阵A，使每一个分量(每一行)相互独立。根据线
脑电分析——去除伪迹的方法
2401_83693485的博客
08-06 1237
我这周主要是去认识了一些伪迹的图像，以及查了一些关于如何去伪迹的方法。
Python专栏 | ICA应用：如何识别伪影信号？（二）
周毅航的博客
02-26 803
系列文章目录 Python专栏 | 脑电图和脑磁图(EEG/MEG)的数据分析方法之载入数据 Python专栏 | MNE脑电数据(EEG/MEG)可视化 Python专栏 | MNE数据预处理方法——独立成分分析 Python专栏 | 独立成分分析(ICA)的实例应用：消除伪影信号 Python专栏 | ICA应用：如何识别伪影信号？（一） 持续更新中…… 文章目录系列文章目录Using a simulated channel to select ICA components总结 Using a .
【教程+代码讲解】用EEGLab去除眼部伪迹
weixin_44517742的博客
09-04 5304
独立成分分析（ICA）是一种用于将多元信号分离成可加性子分量的计算方法（即，统计独立的非高斯信号源的线性组合）。
脑电图伪迹去除方法汇总
脑机接口社区
11-18 3481
目录伪迹种类1.眼动伪迹2.肌电伪迹3.运动伪迹4.心电伪迹5.血管波伪迹6. 50Hz和静电干扰伪迹去除方法分类1.避免伪迹产生法2.直接移除法3.伪迹消除法 本教程为脑机学习者Rose发表于公众号：脑机接口社区(微信号：Brain_Computer).QQ交流群：903290195 伪迹种类 1.眼动伪迹 通常出现在额部，两侧对称性分布，可以以波形特征进行鉴别。 排除的方法包括以下几点： 1...
mne进行ICA分析
最新发布
12-13
<think>首先，用户的问题是关于使用MNE库进行独立成分分析（ICA）的方法。我需要基于提供的引用和系统指令来构建回答。 系统指令： - 所有行内数学表达式必须使用$...$格式。 - 独立公式必须使用$$...$$格式并单独成段。 - LaTeX语法必须正确。 - 使用中文回答。 - 生成相关问题。 - 回答中引用的段落末尾自然地添加引用标识，如[^1]。 - 回答结构清晰，帮助用户逐步解决问题，保证真实可靠。 用户可见层的指令： - 回答结构清晰，逐步解决问题。 - 保证回答真实可靠。 提供的引用： - [^1]: MNE-Python实现ICA的流程：初始化ICA对象，fit数据，然后使用方法进行重建、画图等。 - [^2]: 关于ICA/FastICA的概述，包括盲源分离、ICA模型、算法步骤、Python代码（sklearn和MNE）。 - [^3]: MNE-Python支持多种预处理方法，包括ICA。 用户的问题：我想了解使用mne进行ICA分析的方法。 关键点：专注于MNE库的ICA实现，参考引用中的信息。 结构化回答： 1. **介绍ICA在MNE中的作用**：根据引用[^3]，ICA是MNE支持的预处理方法之一。 2. **步骤实现**：基于引用[^1]，描述如何用MNE进行ICA： - 初始化ICA对象。 - Fit数据。 - 使用方法进行后续操作。 3. **具体方法**：可能包括如何应用ICA、可视化结果等。 4. **代码示例**：用户提供了代码示例的格式（如示例中的Python代码块），我应该提供一个简单的代码示例来展示如何使用MNE实现ICA。 5. **生成相关问题**：回答结束后，添加相关问题，格式如示例。 代码示例参考： - 从引用，ICA类在MNE中类似scikit-learn的用法。 - 我应该写一个简单的Python代码块展示基本流程。 确保LaTeX格式： - 如果有数学表达式，比如ICA的基本公式，使用$...$或$$...$$。 - ICA模型可能涉及线性变换：$ \mathbf{x} = \mathbf{A} \mathbf{s} $，其中$\mathbf{x}$是观测信号，$\mathbf{s}$是源信号。 - 引用[^2]提到ICA的形式化表达。 回答结构： - 先简要介绍ICA在MNE中的角色。 - 然后逐步描述方法步骤。 - 提供代码示例。 - 最后生成相关问题。 步骤细化： 1. 导入必要的模块。 2. 加载或创建数据（假设用户已有EEG数据）。 3. 初始化ICA对象。 4. Fit数据。 5. 应用ICA，例如去除伪迹。 6. 可视化结果。 从引用：MNE的ICA类可以fit数据，然后调用方法如plot_components、apply等。 完整回答大纲： - 开头：解释什么是ICA和它在MNE中的应用。 - 步骤： - 步骤1: 准备数据。 - 步骤2: 创建ICA对象。 - 步骤3: Fit数据。 - 步骤4: 检查和选择成分。 - 步骤5: 应用ICA（如去除伪迹）。 - 代码示例。 - 结束：总结。 - 相关问题。 数学表达式： - 如果需要，添加ICA的数学公式：假设观测信号$\mathbf{X}$由源信号$\mathbf{S}$通过混合矩阵$\mathbf{A}$混合：$\mathbf{X} = \mathbf{A} \mathbf{S}$。ICA的目标是估计解混矩阵$\mathbf{W}$使得$\mathbf{U} = \mathbf{W} \mathbf{X}$是独立的源估计。 生成相关问题： - 类似示例，基于主题生成2-3个问题，如： - 如何选择ICA成分？ - ICA在EEG分析中的常见应用？ - 如何评估ICA的性能？ 确保引用标识： - 在回答中，当引用信息时，在末尾添加, , 。例如，提到MNE实现时引用。 最终回答： - 用中文。 - 清晰步骤。 </think> ### 使用MNE进行独立成分分析(ICA)的方法 独立成分分析(ICA)是一种盲源分离技术，常用于脑电(EEG)或脑磁图(MEG)数据中去除伪迹（如眼动、肌电干扰），提取独立神经信号源。MNE-Python通过`ICA`类实现ICA，其流程类似于scikit-learn的API：初始化对象、拟合数据、应用结果。下面我将逐步解释具体方法，并附上代码示例。整个过程基于真实可靠的MNE文档和实践。 #### 步骤1: 准备数据和导入模块 首先，确保已安装MNE库（`pip install mne`）。加载EEG/MEG数据（如.fif格式），并进行基本预处理（如滤波、分段）。假设已有一个`raw`对象（原始数据对象）。 ```python import mne from mne.preprocessing import ICA from mne.datasets import sample # 加载示例数据 data_path = sample.data_path() raw_fname = data_path / 'MEG' / 'sample' / 'sample_audvis_filt-0-40_raw.fif' raw = mne.io.read_raw_fif(raw_fname, preload=True) # 预加载数据 raw.filter(1, 40) # 带通滤波1-40Hz，减少噪声[^3] ``` #### 步骤2: 初始化ICA对象 创建`ICA`对象，设置关键参数： - `n_components`: ICA成分数量（通常基于数据维度或经验值）。 - `method`: 算法类型（默认`'fastica'`，基于FastICA算法）。 - `max_iter`: 最大迭代次数（默认200）。 - `random_state`: 随机种子（确保可复现）。 ICA的数学模型假设观测信号$\mathbf{X}$由独立源$\mathbf{S}$通过混合矩阵$\mathbf{A}$生成： $$ \mathbf{X} = \mathbf{A} \mathbf{S} $$ ICA通过优化估计解混矩阵$\mathbf{W}$，使得输出$\mathbf{U} = \mathbf{W} \mathbf{X}$逼近独立源[^2]。 ```python # 初始化ICA对象 ica = ICA(n_components=15, method='fastica', max_iter=500, random_state=42) ``` #### 步骤3: 拟合(Fit)数据 使用`fit`方法将ICA模型应用于数据。这一步计算解混矩阵$\mathbf{W}$。通常建议在去除基线漂移后拟合。 ```python # 拟合数据（raw为Raw对象） ica.fit(raw) print(f"ICA拟合完成，成分数: {ica.n_components_}") ``` #### 步骤4: 检查和选择成分 拟合后，可视化成分以识别伪迹： - 使用`plot_components`显示各成分的空间分布。 - 使用`plot_sources`查看成分的时间序列。 - 手动或自动标记伪迹成分（如眼动成分通常位于前额区域）。 ```python # 可视化ICA成分 ica.plot_components(inst=raw) # 显示成分拓扑图 ica.plot_sources(raw) # 显示成分时间序列 ``` #### 步骤5: 应用ICA重建数据 去除伪迹成分后，重建“干净”数据： - `apply`方法：直接修改原始数据对象。 - `get_sources`方法：提取源信号用于后续分析。 ```python # 假设标记眼动成分为0和1 ica.exclude = [0, 1] # 设置排除成分索引 # 应用ICA重建数据（去除伪迹） raw_clean = ica.apply(raw.copy()) # 复制原始数据以避免修改原对象 ``` #### 步骤6: 验证和保存结果 - 比较处理前后数据：`raw.plot()` vs `raw_clean.plot()`。 - 保存ICA模型和数据：`ica.save('ica_model.fif')`。 #### 注意事项 - **成分数量选择**：根据数据维度或方差解释率（如PCA预降维）确定`n_components`。 - **算法选择**：MNE支持`'fastica'`（默认）和`'infomax'`，前者计算高效，后者鲁棒性强。 - **伪迹识别**：结合生理知识（如眼动伪迹在额叶），或使用自动方法如`find_bads_eog`。 - **性能优化**：大数据集可分时段拟合或使用GPU加速。 通过以上步骤，你可以有效利用MNE去除EEG/MEG数据中的噪声，提升信号质量[^3]。实践中，建议参考MNE官方文档调整参数。
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