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RSS订阅原创 超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（下）: 蛋白互作界面分析
默认的氢键颜色为黑色，点击Color可以更改显示氢键的颜色。知道氢键位点后可以对这个位点进行标注，依次选择Actions>>Label>>Residues就可以选择想要的标签，这里的标签颜色也是可以更改的，如果对标签位置不满意也可移动标签。当分析出互作位点后需要对其进行观察和标注，根据Log界面的信息我们选中互作的位点,然后依次选择Graphics>>View selected就可以查看氢键位点的细节图。还有很多可以开发的用法满足蛋白可视化中很多需求，大家可以在使用中点击Help了解具体用法。
2023-09-13 16:52:57
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原创 超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（中）: 蛋白结构美化篇
而一般需要的背景颜色是无色（白色），有三种方法可以更改背景颜色，这里我们介绍两种方法，第三种在下一小节中讲解。如果想选中蛋白链中的某一结构区域或者某些位点，可以用Ctrl+Shift+鼠标左键，或在软件窗口中点击。在这个窗口中可以对蛋白的主链、侧链、表面等颜色进行修改，只用在。，即可在右下角看到我们蛋白的序列信息，在这里面直接用鼠标选择要选择的结构域。就会有更多的颜色供我们选择，如果有特定的色号还可以在这个界面继续选择。后面的颜色（②），就可以选择想要的任何背景颜色（③）。就可以选择软件推荐的常用颜色。
2023-09-13 16:49:34
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原创 超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（上）
可以从PDB数据库中直接导入蛋白结构，也可以将AlphaFold预测的结果进行可视化，该软件能展示蛋白三级结构的形状、蛋白之间互作界面预测的结果。我们主要看图⑤，可以清楚的看到蛋白不同区段的预测精准度，峰值越高则越精准，通过该图我们选择预测结果最精准的PDB文件进行可视化，在此选。文件，这里面存放着我们预测的蛋白结构结果，如果我们对一个蛋白预测了好几个模型，那么我们该如何选择哪个模型进行可视化？后依次点击File、Open选择我们要打开的PDB文件，就可以看到我们预测的蛋白模型。类格式文件，我们需要的是。
2023-09-13 16:38:47
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原创 跟着theranostics学做图｜ggplot2加tidyverse强强联合画相关性热图
ggplot2加tidyverse强强联合画相关性热图
2023-03-14 20:34:19
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空空如也
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