超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（上）

我们前面介绍了 如何通过AlphaFold在线版对蛋白结构进行预测，但预测仅仅是一个开始，对于预测得到的PDB文件我们还需要选择 Pymol、 Chimera等软件对结果进行可视化。 Pymol需要大量的代码来得到我们想要的结果，上手难度较高；而今天我们介绍的 ChimeraX是一款简单易上手的软件，本次主要介绍 ChimeraX软件和蛋白结构的导入。

01: ChimeraX 介绍

UCSF ChimeraX（简称 ChimeraX ）是一款由美国加州大学开发的免费分子可视化工具，目前已经更新到1.5版本(点击阅读原文跳转下载)。该软件下载速度慢，需要科学上网（VPN），后台回复ChimeraX可得到软件安装包。ChimeraX 可以从PDB数据库中直接导入蛋白结构，也可以将AlphaFold预测的结果进行可视化，该软件能展示蛋白三级结构的形状、蛋白之间互作界面预测的结果。软件的安装比较简单，本文不再赘述，着重介绍模型选择和简单可视化操作。

02: PDB 文件的选择

AlphaFold预测结束后我们会得到一个 .zip 格式的压缩包，解压缩打开后主要有 .JSON 、 .PDB 、.PNG 和文本文档类格式文件，我们需要的是 .PDB 文件，这里面存放着我们预测的蛋白结构结果，如果我们对一个蛋白预测了好几个模型，那么我们该如何选择哪个模型进行可视化？因此我们还要关注 .PNG 格式文件和文本文档格式中的settings文件，因为通过这些文件可以判断我们蛋白结构预测的质量高低。当然为了我们后续可以更好的实验，建议最好选择所有预测的模型来进行可视化分析，毕竟AlphaFold只是预测出来的结果，其可信度仍有待验证。

.PDB格式文件是我们需要在ChimeraX中打开的文件；.PNG格式文件反馈蛋白结构预测质量；settings文件反馈蛋白结构预测质量

打开所有 .PNG 格式文件如下图，每一张图都是对我们预测的蛋白模型的精准度反映。我们主要看图⑤，可以清楚的看到蛋白不同区段的预测精准度，峰值越高则越精准，通过该图我们选择预测结果最精准的PDB文件进行可视化，在此选rank1用于后续的分析。（如果我们想看结构域之间的互作，可直接在AlphaFold预测时只输入结构域蛋白序列，小编认为这样预测更可信）

我们还可以通过settings文件看到预测时的参数pLDDT和pTMscorc值，结果也表明rank1为可信度高的模型。

03:使用 ChimeraX 可视化蛋白预测结果

打开 ChimeraX 后依次点击File、Open选择我们要打开的PDB文件，就可以看到我们预测的蛋白模型。

下面我们简单介绍一下这个界面包含的信息：

图中1位置是我们常用到的可视化指示命令工具，可满足对蛋白结构进行各种操作。当然如果个人对代码比较了解可以直接在最下面的Command中输入命令来执行操作。

图中2位置是蛋白可视化的界面，用于查看蛋白结构。使用鼠标滚轮可以进行蛋白缩放，使用左键可以选择和转动模型，使用右键可以移动模型。

图中3位置会实时显示所执行的命令以及执行完命令后的结果反馈，例如想选中某一条蛋白链可以在Chain中直接选择，后在此界面可以看到该蛋白链的数据。

图中4位置是所打开的Models目录，如果打开多个PDB文件这里就会显示每个文件，我们选择需要的Model进行观察。

关于 ChimeraX 具体怎么使用我们很快会给大家介绍，如果大家有什么问题或者想要了解的内容，欢迎关注同名公众号。