超实用!用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化(中): 蛋白结构美化篇

上期我们简单介绍了 ChimeraX软件和AlphaFold预测结果的导入( 点击此处阅读),本期我们将介绍如何使用 ChimeraX美化蛋白结构。

01:更改背景颜色

如下图所示在ChimeraX中打开PDB文件默认背景颜色是黑色,蛋白序列是茶色。而一般需要的背景颜色是无色(白色),有三种方法可以更改背景颜色,这里我们介绍两种方法,第三种在下一小节中讲解。

1、直接在软件上方Home子窗口的Background中改为White(白色)。

### 使用ChimeraXAlphaFold结合进行蛋白结构预测和可视化 在处理蛋白结构预测方面,AlphaFold2已经取得了显著进展[^2]。对于希望将这些先进的预测工具集成到日常研究中的研究人员而言,了解如何在ChimeraX中有效应用AlphaFold结果变得至关重要。 #### 下载并安装必要的软件包 为了能够在本地环境中运行AlphaFold模型并对结果进行分析,在开始之前需确保已正确设置了计算环境,并且可以访问最新的AlphaFold版本以及其依赖项。此外,还需要下载最新版的ChimeraX应用程序来加载和查看由AlphaFold产生的三维结构文件。 #### 获取蛋白质序列数据 准备待预测的目标蛋白质氨基酸序列FASTA格式文件作为输入给AlphaFold程序。这一步骤通常涉及从公共数据库如UniProt检索特定条目或将实验获得的一级结构转换成适当的形式。 #### 运行AlphaFold预测服务 如果不想自行搭建复杂的深度学习框架,则可以选择通过官方提供的Colab Notebook在线平台提交作业请求;也可以考虑其他第三方托管的服务端解决方案来进行快速而便捷的大规模预测任务执行。完成之后会得到一系列PDB格式的预测构象集合连同置信度评分一起返回给用户。 #### 加载预测结果ChimeraX 一旦获得了来自AlphaFold服务器输出的数据集——即包含多个可能状态下的原子坐标描述文档(通常是`.pdb`扩展名),就可以借助ChimeraX强大的图形界面轻松导入上述资源: ```bash open /path/to/predicted_structure.pdb ``` 此命令将会打开指定路径处存储的一个或几个分子对象供后续操作之用。 #### 可视化设置优化 针对所关心的具体案例调整显示参数以突出重点特征,比如采用不同颜色映射策略区分各个残基间的可靠性差异等特性。值得注意的是,虽然PyMOL提供了专门用于基于pLDDT着色的脚本[^3],但在ChimeraX里实现相似效果同样简单直接: ```python # 定义按pLDDT值渐变填充方案 colormap plddt 0,red;70,yellow;90,green # 应用该配色规则于当前选中的链上 color byattribute :plddt chain A ``` 以上代码片段展示了怎样创建一个自定义的颜色梯度表并将它关联到选定链条上的每一个位置对应的可信区间内。 #### 高质量图像渲染导出 最后一步就是精心布置场景视角角度、光源布局等因素直至满意为止,再利用内置功能保存最终成果为静态图片形式分享交流研究成果或是进一步加工美化用途。
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