Rosalind Java| Counting DNA Nucleotides

Rosalind

Rosalind是一个生物信息编程学习网站。抛出了一系列生物学问题，引导使用者通过编程语言解决。网站官方推荐使用python解决，python得益于丰富的开源包，其解决方法在CSDN中也多有涉及。小编使用的主语言是java，因此简单通过CSDN社区进行Java学习笔记记录，不足之处也请大家多多指点~

先来看一下问题描述：

Counting DNA Nucleotides

Problem
A string is simply an ordered collection of symbols selected from some alphabet and formed into a word; the length of a string is the number of symbols that it contains.

An example of a length 21 DNA string (whose alphabet contains the symbols ‘A’, ‘C’, ‘G’, and ‘T’) is “ATGCTTCAGAAAGGTCTTACG.”

Given: A DNA string s of length at most 1000 nt.
Sample input：

GAGTTAGGAATTCGGTCGCGAAACTTGCGATCGTGTTACGGCCTGGGTCATTACGAAATTCCCTAGCTCCGCAGTGTTCCTGGAGTGCCATGTCGTCGCTGCCATGCTCAACCGAGAGCAGCCCGTACTACGTGTCTGGTCCTTACAGGACCTAAGCGAATCAATGTGACTACTTTCATAGGTAGGGTTTGTCGTGTCATGGATACGTCTGACAACAACTCGTGGTTGGGGCTGCGCGCATTGATTGTGAGCGAAATACTCGCAAACCAGACTGTCTGAGATAGTCACATCAGACAACCCTGGTCTCTAGCAAAAATCGTTTTCCTATAAATCACGTAACGCAGTAATCTTCAGGCCTCGCGCCAGTCCGCGATAAGACCATCCCCTGCCCTATCCCGCTAATGGCGAGACCCAAAGGACGAGCCTACGACGATCATCGGACAATCAAGGCGGAAGACGCTAGCACTGATTCTTCGGCTCCTAGACAGCGTAGATTTCAGCTATCACCATAATTTTGGTCGTACGGAGGCCCTTTCCCTCGTCAACTCTGTGTCCACGTACGTAACCAGCCACGACAGTATCTTAAACTCCATGGGTCATATATTCGTACAAGTCCGTCGATTAAGCGTTATGGGCTGCTAATTAGACTCCACCTATGCAGGAGTTGTTGTACCGCATCGGCGATTATCCGCCACTCGAAGAAGTTTAACTGCCTATTATATCTTTGGAGACACTGGTTATGTTTTAATACGCACGCATCTTAGTTCAACGGGACGTGGGCGCACGAGCTATCCTGCTAGGATACTTCACTCGCTTCAGTCACCTATGTCTAGGCCCACTATAAGCCGTGACAT

Return: Four integers (separated by spaces) counting the respective number of times that the symbols ‘A’, ‘C’, ‘G’, and ‘T’ occur in s.

---

简单来说就是通过输入核酸序列，以ACGT的顺序返回相应的碱基数目。解决方法如下~~

import java.util.Scanner;

public class Counting_DNA_Nucleotides {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        System.out.println("请输入核酸序列：");//键盘录入核酸序列
        String line = sc.nextLine();//存储录入的核酸序列为String类型
        int a=0;
        int c=0;
        int g=0;
        int t=0;
        for (int i = 0; i <line.length();i++){
            switch (line.charAt(i)){
            //括号中的输出类型为char类型，匹配后面的字符时需要将字符加单引号转化为对应的ASCII码方可匹配。
                case 'A':
                case 'a':
                    a++;
                    break;
                case 'C':
                case 'c':
                    c++;
                    break;
                case 'G':
                case 'g':
                    g++;
                    break;
                case 'T':
                case 't':
                    t++;
                    break;
                default:
                    System.out.println("第"+(i+1)+"位不是ACTG");
                    break;
            }
        }
        System.out.println("ACGT分别为："+a+" "+c+" "+g+" "+t);
    }
}

Sample output：

ACGT分别为：207 229 198 220

但是有些小伙伴不想通过手动输入核酸序列，这里也为大家提供了读取txt文本文件并输出碱基数的方法。两个方法都可行，下述代码只是在上述代码基础上增加了读取文本文件的步骤。

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;

public class Counting_DNA_Nucleotides_ReadFile {
    public static void main(String[] args) {
    //手动输入Rosalind网站下载的输入文件rosalind_dna.txt的路径地址到filePath中
        String filePath = "C:/Users/Administrator/Desktop/rosalind_dna.txt";
        System.out.println("核酸序列读取完毕，结果如下：");
        System.out.println(readFileContent(filePath));
        String line = readFileContent(filePath);
        int a=0;
        int c=0;
        int g=0;
        int t=0;
        for (int i = 0; i <line.length();i++) {
            switch (line.charAt(i)) {
                //括号中的输出类型为char类型，匹配后面的字符时需要将字符加单引号转化为对应的ASCII码方可匹配。
                case 'A':
                case 'a':
                    a++;
                    break;
                case 'C':
                case 'c':
                    c++;
                    break;
                case 'G':
                case 'g':
                    g++;
                    break;
                case 'T':
                case 't':
                    t++;
                    break;
                default:
                    System.out.println("第" + (i + 1) + "位不是ACTG");
                    break;
            }
        }
        System.out.println("ACGT分别为："+a+" "+c+" "+g+" "+t);
    }

    //定义方法，输入文本文件路径，以字符串类型返回文本内容
    public static String readFileContent(String fileName) {
        File file = new File(fileName);
        BufferedReader reader = null;
        StringBuffer sbf = new StringBuffer();
        try {
            reader = new BufferedReader(new FileReader(file));
            String tempStr;
            while ((tempStr = reader.readLine()) != null) {
                sbf.append(tempStr);
            }
            reader.close();
            return sbf.toString();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        } finally {
            if (reader != null) {
                try {
                    reader.close();
                } catch (IOException e1) {
                    e1.printStackTrace();
                }
            }
        }
        return sbf.toString();
    }
}

Sample output：

核酸序列读取完毕，结果如下：
GAGTTAGGAATTCGGTCGCGAAACTTGCGATCGTGTTACGGCCTGGGTCATTACGAAATTCCCTAGCTCCGCAGTGTTCCTGGAGTGCCATGTCGTCGCTGCCATGCTCAACCGAGAGCAGCCCGTACTACGTGTCTGGTCCTTACAGGACCTAAGCGAATCAATGTGACTACTTTCATAGGTAGGGTTTGTCGTGTCATGGATACGTCTGACAACAACTCGTGGTTGGGGCTGCGCGCATTGATTGTGAGCGAAATACTCGCAAACCAGACTGTCTGAGATAGTCACATCAGACAACCCTGGTCTCTAGCAAAAATCGTTTTCCTATAAATCACGTAACGCAGTAATCTTCAGGCCTCGCGCCAGTCCGCGATAAGACCATCCCCTGCCCTATCCCGCTAATGGCGAGACCCAAAGGACGAGCCTACGACGATCATCGGACAATCAAGGCGGAAGACGCTAGCACTGATTCTTCGGCTCCTAGACAGCGTAGATTTCAGCTATCACCATAATTTTGGTCGTACGGAGGCCCTTTCCCTCGTCAACTCTGTGTCCACGTACGTAACCAGCCACGACAGTATCTTAAACTCCATGGGTCATATATTCGTACAAGTCCGTCGATTAAGCGTTATGGGCTGCTAATTAGACTCCACCTATGCAGGAGTTGTTGTACCGCATCGGCGATTATCCGCCACTCGAAGAAGTTTAACTGCCTATTATATCTTTGGAGACACTGGTTATGTTTTAATACGCACGCATCTTAGTTCAACGGGACGTGGGCGCACGAGCTATCCTGCTAGGATACTTCACTCGCTTCAGTCACCTATGTCTAGGCCCACTATAAGCCGTGACAT
ACGT分别为：207 229 198 220