OVITO使用（4）——如何显示晶界与点缺陷的相互作用

关于辐照损伤的研究中，在描述晶界与点缺陷的相互作用时，除了对晶界内/外的点缺陷进行分类统计（见推文OVITO使用（2）），我们还需要通过Ovito后处理输出对应的图片，使结果呈现更加直观。具体操作时要用到叠加图层(Add to scene)的方法，较新版本的Ovito（如3.8以上的版本）这个功能需要pro版，本着“能省则省”的原则，可以去下载旧的基础版（本文用到的是Ovito 3.6.0）。

Ovito的使用主要涉及到W-S缺陷分析法（在推文OVITO使用（1）有详细介绍）和CNA方法(Common neighbor analysis)。CNA方法又称“共近邻分析”，主要用于区分原子类型和结构[1]。如下图所示，使用CNA方法可以分析晶体中对应的结构类型和所占比例，其中Other表示结构类型为其他，对应Id为0；FCC表示面心立方结构，对应Id为1；HCP表示密排六方结构，对应Id为2；BCC表示体心立方结构，对应Id为3；ICO表示二十面体配位，对应Id为4。我们可以结合布莱尔表达式(Expression selection)选定某一种结构类型进行处理，如“StructureType==3”表示选择结构类型为BCC的原子。更多的扩展功能等你去探索~

具体操作步骤如下：

① 将结果文件拖入Ovito，选择CNA方法(Common neighbor analysis)，显示出晶体结构。这里的例子是一个BCC钨的双晶结构，因此通过布莱尔表达式(Expression selection)删去结构类型为BCC的原子(StructureType==3)，剩下的是组成晶界的原子以及辐照产生的无序化原子。

② 使用W-S缺陷分析法(Wigner-Seitz defect analysis)覆盖掉无序化结构，此时只剩下晶界结构。

③ 重新将任意一个结果文件拖入Ovito，根据提示选择“Add to scene”（叠加图层）。

④ 使用W-S法识别出间隙原子和空位，这里为了避免导出的图片中box边框重合产生加粗或者虚影的效果，可以勾选掉任意一个图层的Simulation cell。

⑤ 叠加图层后就能同时显示出缺陷与晶界，但晶界处的缺陷被覆盖无法显示，此时我们需要调整晶界的透明度。双击晶界使图层换到CNA分析的那一层，使用布莱尔表达式(StructureType==0)对晶界重新着色(Assign color)以及改变透明度。透明度的修改采用“Compute property”命令，选择“Transparency”，勾选上“Compute only for selected elements”，修改数值（数值越大，原子越透明，大家可根据自己的需求调整）。注意，一定要先用布莱尔表达式选中对象再调整透明度。

⑥ 最后，导出动画或者图片。

附上相关参考文献和手册命令：

[1]Common neighbor analysis — OVITO User Manual 3.9.1 documentation

冲鸭^_^