OVITO使用（1）——如何进行缺陷分析

我们在模拟辐照的级联碰撞过程时，常常需要观察辐照产生的缺陷（包含间隙原子和空位）变化，通过ovito中的Wigner-Seitz defect analysis方法（即W-S法）可进行相关分析。

它的原理如下图所示[1]，将完美晶体（未经辐照的晶体）视为参考模型，并对它进行网格划分，一个原子占据一个网格位置。辐照发生后晶体内的原子发生迁移，相较于参考模型，有的网格位置原子离开，留下一个空位，即没有原子占据；有的网格位置有其他原子进入，这些原子视为间隙原子，即存在两个及以上的原子占据。因此，我们在进行识别的时候，Occupancy==1表示未离位的原子；Occupancy==2表示间隙原子；Occupancy==0表示空位。

具体操作步骤如下：

①以单晶为例，我们将计算文件拉入ovito,选择W-S分析法，命令框下方给出了缺陷数量信息（一般来说，单晶中产生的空位和间隙原子数量相等）。

②为了更好的观察间隙原子和空位的变化，我们通过Expression selection命令，在Boolean expression框中输入Occupancy==1将未离位的原子删去。

③同样通过Expression selection命令选中间隙原子(Occupancy==2或者Occupancy>1)和空位(Occupancy==0)，并分别赋予不同的颜色，这样就能够帮助我们更好的观察和分析他们的变化规律。

④最后，我们可以输出动画，将整个过程呈现出来（以输出整个动画为例，选择Complete animation；每1步输出一帧(Every Nth frame，类似于视频倍速，数值越大，输出动画播放越快)；这里画质选择1024×768，大家可以根据自己的需求更改；勾选Save to file,选择存储位置；背景默认为白底，有需要的可以更改；最后点击图中②位置的Render即可导出，文件导出时动画注意选择gif或者mp4格式）

⑤还可以导出数据绘制成图。选择File，选中Export File,选择存储路径，编辑文件名，选择要输出的数据信息（这里我们选取时间步长、间隙原子和空位数量信息），这样就可以了。

[1] https://ovito.org/manual/reference/pipelines/modifiers/wigner_seitz_analysis.html

附上手册命令网址，有不足之处欢迎大家补充~