OVITO使用（3）——如何统计缺陷团簇数量及其尺寸

在级联碰撞过程中，点缺陷经过长时间的演化可能聚集形成团簇，这些缺陷团簇的数目和尺寸分布会进一步影响材料性能。因此，关于缺陷演变的研究，团簇分析必不可少。通常，定义包含2个及以上的净缺陷数（间隙原子/空位）为缺陷团簇[1]。

Ovito中关于团簇的识别是通过截断半径来实现的[2]。相关文献中缺陷团簇截断距离判据为：间隙原子选取第3近邻（次次近邻），空位选取第2近邻（次近邻）[3,4]。即某一间隙原子与其第3近邻位置内的原子形成一个团簇，同样的，空位与其第2近邻位置内的原子形成一个团簇。

在进行分析之前，我们需要了解什么是第1近邻（最近邻）位置，第2近邻（次近邻）位置，第3近邻（次次近邻）位置？如下图，以体心立方结构为例，1号原子位置为第1近邻，2号原子位置为第2近邻，3号原子位置为第3近邻。因此，关于BCC钨的团簇分析，间隙原子团簇截断半径为a=4.47Å，空位团簇截断半径为a=3.16Å。

具体操作步骤如下：

① 对间隙原子团簇进行统计。用W-S法结合布莱尔表达式(Expression selection)识别出间隙原子和空位，删去空位。

② 采用团簇分析(Cluster analysis)，间隙原子团簇识别的截断距离为a=4.47Å。此时，在“Cluster analysis”栏下方显示出团簇的数量，点击“Show list of clusters”，左侧出现团簇编号及其对应团簇中包含的原子数量。最后，导出数据作图（一般只导出单帧的数据，如级联碰撞稳定阶段某一帧对应的数据）。

③ 一般进行统计时，涉及到的变量为相同尺寸团簇出现的数量及其对应的尺寸大小（包含的原子数量），因此，我们还需要对导出的数据进行处理，最后得到如下的柱状图。

④ 同样地，统计空位团簇。删去间隙原子，采用团簇分析(Cluster analysis)，空位团簇识别的截断距离为a=3.16Å。导出数据作图。

附上相关参考文献和手册命令：

[1] 金属钨级联碰撞中势函数的影响. DOI: 10. 7538/yzk. 2020. youxian. 0499

[2] https://ovito.org/manual/reference/pipelines/modifiers/cluster_analysis.html

[3] Molecular dynamics simulations of high-energy radiation damage in W and W-Re alloys. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jnucmat.2019.06.027

[4] 金属Nb级联碰撞的分子动力学模拟. DOI: 10.11900/0412.1961.2019.00203

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