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RSS订阅原创 实用生信作图可视化在线工具大盘点-持续更新
国人做的网站其实挺好，功能丰富多样，对初学者友好。后面会继续挖掘类似网站，也请大家积极交流和分享自己用过的在线kesh。
2023-05-12 23:20:48
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原创 Oxford Nanopore Technologies实战应用之电信号比对工具Tombo
对于纳米孔测序常规用途，如基因组比对、SNV鉴别、宏基因组物种分析而言，用户一般使用碱基识别软件输出的fastq文件即可展开相应分析。但对于某些特殊用途，如甲基化鉴别、碱基识别算法开发，则需要深入分析纳米孔测序产生的fast5文件中原始电信号与碱基(A/T/G/C)之间的对应关系。那么，有没有软件可以实现这种功能呢？答案是ONT官方发布的软件Tombo。其实使用tombo resquiggle进行电信号比对还有许多细节需要注意，有兴趣的读者可以参考其说明书(
2023-04-17 23:24:50
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原创 长读长序列快速比对工具Minimap2实战之cs tag
但需要注意的是，由于Minimap2针对的是长读长的三代测序数据，其产生的比对结果可能会比较复杂，体现在CIGAR上就是操作符可能超过了65535个，这显然超过了bam文件能够接受的上限，比如使用Picard或Samtools将sam文件转为bam文件时，就会报错。cs标签是CIGAR的细化，打头的字符代表相应的CIGAR操作，紧随其后的就是相应的序列，cs标签需要"--cs"参数来打开，默认为"--cs=short"。当使用"--cs=long"参数时，cs标签会将完全匹配的碱基也显示出来，如。
2023-04-10 22:58:56
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原创 Oxford Nanopore Technologies碱基识别软件Guppy的关键参数“-c”
Oxford Nanopore Technologies(ONT)在持续更新试剂耗材的同时，也在同步更新其碱基识别软件Guppy，目前已更新至6.4.6版本。Guppy既可单独下载部署于PC端或服务器端，也可以通过ONT测序控制软件MinKNOW进行调用。值得注意的是，PC端或服务器端部署有与Guppy匹配的GPU时，可在进行碱基识别(basecalling)时调用这些GPU进行加速计算，可大大减少碱基识别流转时长。
2023-04-07 14:47:16
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原创 Oxford Nanopore Technologies工具之Medaka
随着三代纳米孔测序技术的不断发展，Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司在持续更新其测序试剂耗材(比如发布R10版本的Flow cell和Kit14系列测序试剂)的同时，也在同步更新其配套分析软件。纳米孔测序技术虽然有着便捷、实时、读长长等特点，但其本身存在一定的测序错误。使用ONT发布的Medaka，可以生成一致性序列并鉴别突变。
2023-04-04 15:57:53
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R语言经典可视化包ggplot2速查手册
2023-04-19
空空如也
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