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高通量测序
文章平均质量分 77
nkuyfq
这个作者很懒,什么都没留下…
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长读长序列快速比对工具Minimap2实战之cs tag
但需要注意的是,由于Minimap2针对的是长读长的三代测序数据,其产生的比对结果可能会比较复杂,体现在CIGAR上就是操作符可能超过了65535个,这显然超过了bam文件能够接受的上限,比如使用Picard或Samtools将sam文件转为bam文件时,就会报错。cs标签是CIGAR的细化,打头的字符代表相应的CIGAR操作,紧随其后的就是相应的序列,cs标签需要"--cs"参数来打开,默认为"--cs=short"。当使用"--cs=long"参数时,cs标签会将完全匹配的碱基也显示出来,如。原创 2023-04-10 22:58:56 · 1007 阅读 · 1 评论 -
Oxford Nanopore Technologies碱基识别软件Guppy的关键参数“-c”
Oxford Nanopore Technologies(ONT)在持续更新试剂耗材的同时,也在同步更新其碱基识别软件Guppy,目前已更新至6.4.6版本。Guppy既可单独下载部署于PC端或服务器端,也可以通过ONT测序控制软件MinKNOW进行调用。值得注意的是,PC端或服务器端部署有与Guppy匹配的GPU时,可在进行碱基识别(basecalling)时调用这些GPU进行加速计算,可大大减少碱基识别流转时长。原创 2023-04-07 14:47:16 · 1732 阅读 · 12 评论 -
Oxford Nanopore Technologies工具之Medaka
随着三代纳米孔测序技术的不断发展,Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司在持续更新其测序试剂耗材(比如发布R10版本的Flow cell和Kit14系列测序试剂)的同时,也在同步更新其配套分析软件。纳米孔测序技术虽然有着便捷、实时、读长长等特点,但其本身存在一定的测序错误。使用ONT发布的Medaka,可以生成一致性序列并鉴别突变。原创 2023-04-04 15:57:53 · 1260 阅读 · 1 评论